与其说是阿米巴经营的弊端，不如说是企业没有找到适合自己的阿米巴。为自己的企业选择最适合的阿米巴方式，阿米巴经营显然对企业有帮助。
阿米巴经营帮助企业:
1)通过独立核算，将企业分成几个部门进行结算，不仅知道哪个部门赚钱，哪个部门不赚钱，哪个部门效率高，哪个部门效率低，还知道产品子流程的成本，对企业的定价决策和管理决策有很大帮助，从而成就阿米巴成功企业；
2)每个部门都有阿米巴经营会计报表，部门负责人有独立运作的感觉。按照这种说法，部门运作的结果一目了然，然后通过分析不断提出改进课题，在提升业绩的同时为企业不断培养业务人才；
3)部门负责人通过简单易懂的阿米巴经营会计报表，通过绩效陈述会，通过发现企业和部门有针对性的瓶颈，进行绩效分析和循环改进，打破部门围墙，进行有针对性的绩效改进，从而快速提升部门和企业的经营利润；
4)阿米巴经营模式不断提升中高层管理人员绩效，调动全体员工参与，形成“人人成为经营者”的文化氛围；
5)通过阿米巴经营哲学的引入，引发“做人何为正”的哲学思考，确立企业管理的本源，形成凝聚人心的企业文化。
