股东协议通常是全体股东就与公司有关的事项达成的协议。它调整股东之间的内部权利和义务，对全体股东具有约束力。一般来说，股东协议优于公司章程。
来源:北京04敏特250号
案情简介:
2015年9月1日戴政、阙登峰等。与天舟公司签订了附生效条件的投资协议，其核心内容为增加标的公司决胜教育的注册资本。天舟公司作为出资人以人民币认缴新增注册资本，同时约定出资人的股份转让权、优先购买权、联合出售权等。同时，双方同意，因履行本协议而产生的任何争议应提交中国国际经济贸易仲裁委员会根据其仲裁规则进行仲裁，仲裁地点为北京。
2018年8月24日，果断教育公司召开董事会，修改公司章程。第二十六条“公司董事、监事、高级管理人员和持有公司5%以上股份的股东，自买入之日起6个月内卖出其持有的公司股份，或者自卖出之日起6个月内再次买入的，由此获得的利润归公司所有。公司董事会将收回其收入。但是，证券公司因承销剩余股份而持股5%以上的，卖出该股份的期限不为6个月。公司董事会不遵守前款规定的，股东有权在三十日内要求董事会予以纠正。公司董事会在上述期限内不执行的，股东有权为了公司的利益，以自己的名义直接向人民法院提起诉讼”。
天舟公司出资认购决胜教育公司股权后，决胜教育亏损严重，约定的回购条件已经触发。因此，天舟公司向中国国际经济贸易仲裁委员会提交仲裁，请求戴政、阙登峰以现金方式回购天舟公司持有的决胜教育全部股权，并支付投资收益。
戴政于2019年5月15日向北京市第四中级人民法院申请确认附生效条件的投资协议中的仲裁条款无效，理由是天舟公司是持股5%以上的股东。根据公司章程，相关争议的管辖权应为法院。
法院认为:
附生效条件的投资协议中的仲裁条款符合仲裁法规定的条件，不存在仲裁法规定的无效情形；《公司章程》第二十六条是关于公司特定人员在特定时间买卖公司股份及收益的结算条款，而附生效条件的投资协议是投资者认购教育公司新增资本及相关权利义务的协议。两者是不同的法律关系，故认定仲裁条款有效，驳回戴政的申请。
律师声明:
本案中，法院并未讨论在股东协议与公司章程有冲突的情况下，以股东协议还是公司章程为准。如果两个协议对同一事项有冲突，我们认为在调整股东之间的内部权利义务时，当公司章程与股东协议发生冲突时，应当探究股东的真实意思表示，而不是简单地通过关系的代入来判断适用效力。当二者发生冲突时，应以“内外有别”为标准:在处理股东之间的权利和责任时，应适用股东协议中的相关规定；当公司章程有规定时，应根据实际情况进行区分，以区分股东的“真实意思表示”。在处理与第三方和公司有关的事项时，应优先适用公司章程的有关规定。当公司章程规定不明确或没有相关规定时，可以适用股东协议的相关规定作为补充。
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