阿里巴巴网络技术有限公司是以曾担任英语教师的马云为首的18人于1999年在浙江杭州创立。
1999年9月，马云带领下的18位创始人在杭州的公寓中正式成立了阿里巴巴集团，集团的首个网站是英文全球批发贸易市场阿里巴巴。
2001年12月，阿里巴巴注册用户数超越100万。 2003年5月，购物网站淘宝网于马云公寓内创立。
2004年2月，阿里巴巴集团从数家一线投资机构融资8200万美元，成为当时中国互联网届最大规模的私募融资。
2004年7月，淘宝网发布让买家与卖家进行即时文字、语音及视频沟通的PC版通讯软件阿里旺旺。
2004年12月，阿里巴巴集团关联公司的第三方网上支付平台支付宝推出。
2005年8月11日，阿里巴巴与雅虎宣布双方已签署合作协议，阿里巴巴收购雅虎中国全部资产，同时获雅虎10亿美元投资，并享有雅虎品牌及技术在中国的独家使用权；雅虎获阿里巴巴40%的经济利益和35%的投票权。
2006年7月，淘宝大学课程推出，向买家和卖家提供电子商务培训及教育。
2007年1月9日，阿里巴巴集团在上海宣布旗下公司阿里软件正式成立。
2007年11月，阿里巴巴网络有限公司在香港联交所主板挂牌上市。同月，阿里巴巴集团成立网络广告平台阿里妈妈。
2008年6月4日，阿里巴巴集团把旗下的中国雅虎与口碑网整合成立雅虎口碑公司
2010年3月，阿里巴巴更改其中国交易市场的名称为“1688”。同月，淘宝网推出团购网站聚划算。
2010年4月，阿里巴巴正式推出全球速卖通，让中国出口商直接与全球消费者接触和交易。
2010年8月，阿里巴巴收购两家服务美国小企业的电子商务解决方案供应商Vendio及Auctiva。同月，手机淘宝客户端推出。
2010年11月，阿里巴巴宣布收购国内的一站式出口服务供应商一达通。
2011年6月16日，阿里巴巴集团宣布将淘宝网分拆为三家公司一淘网、淘宝网、淘宝商城。
2011年10月，聚划算从淘宝网分拆，成为独立平台。 2012年1月11日，淘宝商城正式更名为“天猫”。
2012年7月23日，阿里巴巴集团宣布将调整公司组织架构，从原有的子公司制调整为事业群制，把现有子公司的业务调整为淘宝、一淘、天猫、聚划算、阿里国际业务、阿里小企业业务和阿里云七个事业群。
2014年10月，阿里巴巴集团关联公司蚂蚁金融服务集团正式成立。同月，淘宝旅行成为独立平台并更名为“去啊”。
2015年2月10日，阿里巴巴集团宣布与蚂蚁金服集团完成重组，蚂蚁金服为支付宝的母公司。
2015年3月11日，阿里巴巴集团宣布旗下全球批发贸易平台和英国创新借贷机构ezbob及iwoca达成战略合作，协助英国中小企业在向平台上的中国供应商购买货物时，可更方便获得营运资金。
2015年6月23日，阿里巴巴集团与蚂蚁金融服务集团联合宣布，双方将合资成立一家本地生活服务平台公司，合资公司名为“口碑”，双方各自注资30亿元，共60亿元，各占股50%。
2015年7月15日，阿里巴巴集团宣布成立阿里音乐集团，高晓松出任董事长，宋柯出任CEO。
2015年8月10日，阿里巴巴集团与苏宁云商集团股份有限公司共同宣布达成全面战略合作。根据协议，阿里巴巴集团将投资约283亿元人民币参与苏宁云商的非公开发行，占发行后总股本的19.99%，成为苏宁云商的第二大股东。与此同时，苏宁云商将以140亿元人民币认购不超过2780万股的阿里巴巴新发行股份。
2015年8月12日，阿里巴巴集团与美国百货零售巨头梅西百货共同宣布，双方正式达成长期独家战略合作。梅西百货将入驻天猫国际。
2015年9月10日，阿里巴巴集团荣膺2015年世界零售大会最高奖项“年度最佳零售商”。
2015年9月24日，斯坦福商学院校友会宣布，2015年ENCORE奖授予阿里巴巴集团。这是ENCORE奖第一次颁给中国公司，阿里巴巴集团是ENCORE奖历史上第38个获奖的公司，也是全球第一个获奖的非美国本土公司。
2015年11月11日，阿里巴巴双11购物狂欢节当天交易量达到912.17亿元人民币，比2014年双11成交额提升近60%，而2009年阿里巴巴第一次双11的销售额5200万元人民币。这次双11阿里巴巴将申请坚果、牛奶、蜂蜜、汽车、手表、手机等八项吉尼斯世界纪录。
2015年12月17日，阿里巴巴集团斥资12.5亿美元，成饿了么第一大股东。
2015年12月29日，阿里巴巴影业集团在香港召开股东特别大会，投票表决淘宝电影和娱乐宝资产注入交易，其中已投票股东支持有关交易的比率超过99%，该项交易获得正式通过。
2016年4月6日，阿里巴巴集团CEO张勇宣布，合一集团正式完成私有化，成为阿里大家庭一员。古永锵仍将担任合一集团主席及首席执行官。
2016年4月11日，阿里巴巴集团CEO张勇宣布，任命蒋芳为阿里巴巴集团首席人才官。
2016年5月18日，阿里巴巴集团宣布，旗下 “闲鱼” 和 “拍卖” 业务将 “合并同类项”。]
2016年6月15日，阿里巴巴集团CEO张勇宣布，正式成立“阿里巴巴大文娱版块”。该版块囊括了阿里巴巴集团旗下的阿里影业、合一集团、阿里音乐、阿里体育、UC、阿里游戏、阿里文学、数字娱乐事业部。
2017年8月3日，2017年“中国互联网企业100强”榜单发布，阿里巴巴排名第二位。
2018年5月8日，巴基斯坦电商公司Daraz宣布被阿里巴巴集团全资收购，标志着中巴两国跨境电商发展迈出重要一步。2018年8月2日，阿里巴巴与星巴克宣布达成新零售全面战略合作，星巴克将依托饿了么配送体系，逐步上线外送服务；同时，基于盒马以门店为中心的新零售配送体系，共同打造星巴克“外送星厨”。
2018年8月8日，阿里巴巴宣布推出“88VIP”全新会员计划，打通了阿里巴巴旗下多个平台的会员体系。“88VIP”有较高门槛，目标是持续获得中高端用户。淘气值以1000为界，1000分以上的超级会员花88元即可获得会员权益，1000以下的普通会员则须花费888元。
2019年9月10日将不再担任董事局主席，CEO张勇接任。
2018年9月19日，阿里巴巴首席技术官张建锋在云溪大会上表示，阿里巴巴将成立平头哥半导体有限公司，这使得阿里巴巴成为继IBM、微软、谷歌和英特尔之后，全球第五家启动量子硬件研发项目的大型科技企业。
