光纤通道与电力系统继电保护装置的配合方式目前来看，电力系统继电保护的纵联保护采用光纤通道的方式，得到了越来越广泛的应用。在现场运行设备中，主要有以下几种方式。
(1)专用通道光纤保护。光纤与纵联保护(如WXB–11C、LFP–901A)配合构成专用光纤纵联保护。采用允许式，在光纤通道上传输允许信号和直跳信号。此种方式，需要专用光纤接口(如FOX–40)，使用单独的专用光芯。优点:避免了与其他装置的联系(包括通信专业的设备)，减少了信号的传输环节，增加了使用的可靠性。缺点:光芯利用率降低(与复用比较)，保护人员维护通道设备没有优势。而且，在带路操作时，需进行本路保护与带路保护光芯的切换，操作不便，而且光接头经多次的拔插，易造成损坏。
(2)复用通道光纤保护光纤与纵联保护(如WXH–11、CSL101、WXH–11C保护)配合构成复用光纤纵联保护。采用允许式，保护装置发出的允许信号和直跳信号，须经音频接口传送给复用设备，然后经复用设备上光纤通道。优点:接线简单，利于运行维护。带路进行电信号切换，利于实施。提高了光芯的利用率。缺点:中间环节增加，而且带路切换设备在通信室，不利于运行人员巡视检查，通信设备有问题要影响保护装置的运行。
(3)通道时钟方式选择。在使用64kbit/sPCM复接通道方式时，由于通信系统要求进行同步复接，数据的时钟只能用PCM设备的时钟，所以在装置中必须采用从时钟方式。在使用专用光纤通道方式或者2Mbit/s口复接通道方式时，因为我国在SHD和PDH网中采用异步复接技术，所以2Mbit/s口上可以进行异步复接，通过码速调整接入外部的数据。对于专用光纤通道和2Mbit/s口复接通道方式，保护装置可以采用主时钟方式来传输数据。
