1、乡镇环保所无权查处。
2、由县级以上地方人民政府环境保护主管部门处理。
3、依据：
根据2014年1月1日起施行的《畜禽规模养殖污染防治条例》国务院令第643号：
第十三条 畜禽养殖场、养殖小区应当根据养殖规模和污染防治需要，建设相应的畜禽粪便、污水与雨水分流设施，畜禽粪便、污水的贮存设施，粪污厌氧消化和堆沤、有机肥加工、制取沼气、沼渣沼液分离和输送、污水处理、畜禽尸体处理等综合利用和无害化处理设施。已经委托他人对畜禽养殖废弃物代为综合利用和无害化处理的，可以不自行建设综合利用和无害化处理设施。
未建设污染防治配套设施、自行建设的配套设施不合格，或者未委托他人对畜禽养殖废弃物进行综合利用和无害化处理的，畜禽养殖场、养殖小区不得投入生产或者使用。
畜禽养殖场、养殖小区自行建设污染防治配套设施的，应当确保其正常运行。
第二十条 向环境排放经过处理的畜禽养殖废弃物，应当符合国家和地方规定的污染物排放标准和总量控制指标。畜禽养殖废弃物未经处理，不得直接向环境排放。
3、需要承担的责任：
第三十七条 违反本条例规定，在禁止养殖区域内建设畜禽养殖场、养殖小区的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为；拒不停止违法行为的，处3万元以上10万元以下的罚款，并报县级以上人民政府责令拆除或者关闭。在饮用水水源保护区建设畜禽养殖场、养殖小区的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，处10万元以上50万元以下的罚款，并报经有批准权的人民政府批准，责令拆除或者关闭。
第三十九条 违反本条例规定，未建设污染防治配套设施或者自行建设的配套设施不合格，也未委托他人对畜禽养殖废弃物进行综合利用和无害化处理，畜禽养殖场、养殖小区即投入生产、使用，或者建设的污染防治配套设施未正常运行的，由县级以上人民政府环境保护主管部门责令停止生产或者使用，可以处10万元以下的罚款。
第四十条 违反本条例规定，有下列行为之一的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，限期采取治理措施消除污染，依照《中华人民共和国水污染防治法》、《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》的有关规定予以处罚：
（一）将畜禽养殖废弃物用作肥料，超出土地消纳能力，造成环境污染的；
（二）从事畜禽养殖活动或者畜禽养殖废弃物处理活动，未采取有效措施，导致畜禽养殖废弃物渗出、泄漏的。
第四十一条 排放畜禽养殖废弃物不符合国家或者地方规定的污染物排放标准或者总量控制指标，或者未经无害化处理直接向环境排放畜禽养殖废弃物的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令限期治理，可以处5万元以下的罚款。县级以上地方人民政府环境保护主管部门作出限期治理决定后，应当会同同级人民政府农牧等有关部门对整改措施的落实情况及时进行核查，并向社会公布核查结果。
规模以下养殖场违法排污查处方法
《畜禽规模养殖污染防治条例》第二条规定：“本条例适用于畜禽养殖场、养殖小区的养殖污染防治。”表明该法适用范围为规模化畜禽养殖场、养殖小区。《水污染防治法》第四十九条：“畜禽养殖场、养殖小区应当保证其畜禽粪便、废水的综合利用或者无害化处理设施正常运转，保证污水达标排放，防止污染水环境。”表明该条款适用范围亦为规模化畜禽养殖场、养殖小区。
同时，《水污染防治法》第七十六条第八款规定：“利用渗井、渗坑、裂隙或者溶洞排放、倾倒含有有毒污染物的废水、含病原体的污水或者其他废弃物的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，限期采取治理措施，消除污染，处以罚款。”该条款所指“含病原体的污水或其他废弃物”现阶段缺乏明确法律界定，难以直接用于畜禽养殖污染案件中。
《固体废物污染环境防治法》中未对农业、畜禽养殖业固体废物处置做出明确规定。
综上，环境保护主管部门现阶段对规模以下畜禽养殖经营户污染环境无法依法做出罚款等行政处罚。
2.怎样移送公安机关
公安部、工业和信息化部、环境保护部、农业部、国家质量监督检验检疫总局印发的《行政主管部门移送适用行政拘留环境违法案件暂行办法》第二条规定：“本办法适用于县级以上环境保护主管部门或者其他负有环境保护监督管理职责的部门办理尚不构成犯罪，依法作出行政处罚决定后，仍需要移送公安机关处以行政拘留的案件。”
因此，对违法行为已做出处罚决定，是向公安机关移送的前置条件。在本案中，日照市环保局做出的“责令停止排污”行政命令，不属于《行政处罚法》规定的处罚类型。
但是根据公安部治安管理局编写的《<行政主管部门移送适用行政拘留环境违法案件暂行办法>理解与适用》释义，“在实践中，对违法行为做出的处理虽不属于《行政处罚法》规定的处罚类型，但只要有专门的文书，并加盖县级以上部门公章的，应视为已作出行政处罚决定。”
针对该养殖经营户不正常运行污染防治设施、养殖废弃物通过渗坑直接外排的违法事实，可以将“责令停止排污”视为行政处罚措施，并依据《环境保护法》第六十三条第三款移送公安机关。
当前未达到规模化标准的中小养殖经营户不配套建设或不正常运行污染防治设施，养殖污水粪便直排外部环境等现象仍然存在。
实践中，对规模以下养殖经营户的具体监管责任在属地政府，目前没有明确法律法规限定其生产经营行为，环保部门基本不直接办理这类案件，多转由乡镇街道通过说服教育或其他方式解决，难以取得良好效果。
2014年1月1日起施行的《畜禽规模养殖污染防治条例》（国务院令第643号）是现行针对畜禽养殖污染治理的专项法律法规，其中第四十三条明确规定：“畜禽养殖场、养殖小区的具体规模标准由省级人民政府确定。”
按照《山东省畜禽养殖业污染物排放标准》中关于畜禽养殖场适用规模的界定，肉鸭养殖规模标准为1.5万只（按存栏数计），而涉案养殖场存栏仅6500只左右，未达到规模化标准。
