寿光市食用菌研究所 - 从事食用菌高科技开发，食用菌新技术推广及加工等。
浙江常山宝新果蔬菌有限公司 - 生产珍珠菇、金针菇、猴头菇、鸡腿菇、平菇、草菇、蘑菇、香菇等系列菌草。
浙江常山石龙食品饮料有限公司 - 生产各种食用菌，鲜菇，猴头菇，金针菇，水果及干品。
浙江宏兴菇业有限责任公司 - 从事菇类的国内、国际贸易。
浙江龙泉纳富特有限公司 - 生产、销售香菇、平菇、木耳、灰树花、松茸、笋干、茯苓等食（药）用菌产品。
浙江庆元县金源真菌多糖制品有限公司 - 以药食用真菌为原料，生产真菌多糖产品：灰树花多糖、香菇多糖、灵芝多糖、姬松茸多糖、云芝多糖。
浙江省龙泉市真菌研究所 - 提供食用菌，如：灵芝、香菇、黑木耳、杏孢菇、鸡腿蘑、茶薪菇、姬松茸等菌种及产品。
浙江省武义金星食用菌有限公司 - 开发、生产、加工“武香牌”食用菌产品。
所内机构设有国家级泥蚶原种场、中国水产科学研究院海洋贝类研究室、中泰海洋技术联合实验室、水产增养殖研究室、海洋资源与环境研究室和病害与生物技术研究室等科研部门。在后勤管理方面，设有科技办公室、党政办公室和计划财务科。在科技创新体系方面，着力构建科技创新平台，设有乐清清江、洞头胜利岙和龙湾永兴三大科研基地，积极开展海洋与渔业技术推广、咨询、服务及培训和合作教育等社会公益性工作，承担建设“浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室”，与泰国东方大学共建“中泰海洋联合实验室”，与温州医学院共建海洋生物技术实验室。所标本室拥有包括鱼类、藻类、软体动物、甲壳动物等四大类、50个门的标本848种，其中鱼类375种，大型藻类104种，贝类206种，甲壳类172种，是浙南地区品种最为齐全、最具研究价值的标本室。所图书馆藏书达2万册，涉及海洋资源、生物、水化、养殖、加工等系列学科，并编辑发行《浙江海水养殖》专业期刊。所部科研人员迄今已在国内海洋与水产核心期刊上发表论文200余篇。
