潜艇甲板炮的装填和普通炮一样使用甲板炮时，潜艇必须处于附近无空中威胁的正常水面航行状态，同时还需要3名艇员在甲板上排成一排从控制舱下方的主锁柜中将炮弹传送到火炮处。潜艇的甲板上有一个小型的水密弹药锁柜，这样在命令下达后火炮可快速反应并及时开炮射击。甲板炮的防水处理很简单，就是在炮口处加个罩子，覆盖炮衣。但实际上要做到每次下潜都加炮口罩，几乎是不可能的，同理，要想在每次开炮前摘下炮口罩也是不可能的。因为战时，潜艇的上浮和下潜是极为平常的事。艇员很是嫌麻烦，因此经常发生开炮仓促而来不及摘下炮口罩而发生炸膛事故，整个二战期间由于此类原因造成的人员伤亡不下百位数。早期潜艇在水面上的时间远比水下长，尤其是反潜技术成熟以前，就连艇艏也设计成适宜水面航行的V字型，由于在基本是攻击时才下潜，甲板炮防水防锈问题并不是特别严重。到了后期，为了躲避反潜力量，潜艇也有了通气管，水下潜航占据多数时间，甲板炮也逐渐失去了作用，德国基本拆光了甲板炮，美国还好，掌握制空权、制海权就是安全。甲板炮相比普通炮应该是有更好的防锈措施，炮膛镀层，特殊油漆，应该还是可以防锈的，虽然锈蚀不可避免，但是可以避免锈蚀严重到影响甲板炮使用。潜艇每次返航，都要修整一番，对于甲板炮肯定要进行处理，除锈、更换零件，但是寿命肯定不如普通炮。
