EM菌主要有以下几方面优点：
一是减少病原微生物和不良藻类、明显增强养殖对象的免疫力和抗病性，降低发病率，提高成活率。该市白驹镇沿堤村2011年在1600亩虾蟹混养养殖过程中使用EM菌，养殖户反映EM菌原液可使蟹苗成活率提高近一倍。
二是增加有益微生物数量。水面浮游动物、有益藻类增多。
三是稳定和改善水质，水体颜色清爽，不臭不腐，无硫化氢、氨气等异味，能见度在25－50cm的时间长且较稳定，换水时间可延长2倍以上，在资源利用起到节约的作用。
四是鱼虾粪、池底杂质和下脚料不会变成淤泥而呈散沙状
五是促进生长，增重率明显提高
EM菌液在水产上的应用
这个好操作，直接用em菌把有机肥发酵一下，或者混合后撒到池塘肥水就可以了，很简单的，em菌和有机肥一起用不仅不可以有很好的肥水效果，而且是可以平衡池塘的自然生态的，比如好旺农em菌可以增加池塘红虫和浮游生物，这些都是更利于养殖动物生长的。
般肥水的常规做法是先清塘、毒塘，进而进水消毒肥水，水基本能肥起来，但很多时候，一个星期、最多半个月左右水就变清或倒藻、转藻，如若只用含化肥之类的产品肥水见效都比较快，但维持时间不长。可能有不少养殖户用鸡粪、鸭粪、猪粪、次粉（俗称"黄粉"）、花生麸、豆粕、米糠再加些化肥、市售的肥水产品等方法肥水，肥水效果也蛮不错，但往往十天半个月左右水就容易变清、倒藻、转藻，那是因为所施肥的营养还是不全面不平衡而导致某些营养缺乏（大多氮肥够而磷肥不足），某些种类藻类生长受到抑制，而恰好适合另外品种的藻类生长而转藻。
也有人用活菌产品肥水如光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌等，有的见效，有的效果不明显，为什么呢？打个比方，活菌就相当于我们的电饭锅和电，所施肥水产品（鸡粪、米糠、豆粕等）就好比我们所放的米，有多少米才能煮出多少饭。活菌主要是起分解作用，且是逐渐分解，所投营养物不多或淤泥不多，肥力当然不够，肥力不够难免水会变，特别是新塘、养殖前期投料少、虾排泄物很少，塘水里营养物少，施菌效果怎么可能维持太长时间呢？除非在普通活菌产品中添加些营养全面的物质。
效果：
* 增进健康，降低发病率及死亡率；
* 促进生长发育、增重，增加产量；
* 改善肉质；
* 净化水质，改善环境，延长换水间隔。
* 减少抗生素的使用。
使用方法：
一、养鱼：
1、鱼塘预处理：排干水后，向干塘内散布EM玻卡西，每亩约30公斤左右。1~2周后再放入水。
2、水面处理：放养前3~10天，用100倍EM稀释液泼洒水面，每亩约需EM-1号2~4公升（视鱼塘深浅而定）。以后可视情况每月泼洒一次（用量可适当减少）。
3、饲料处理：可用EM稀释液对饲料进行发酵（操作方法可参考EM玻卡西的制作），将发酵好的饲料按1~3%的比例均匀掺和入鱼饲料中投喂。也可用100倍左右浓度的EM稀释液喷洒饵料，以喷湿为度，马上投喂。或者用500稀释液均匀拌和饲料后投喂。
二、甲鱼：
1、饲料中添加EM，每公斤饲料用EM-1号约3毫升，稀释后均匀拌入饲料。
2、养殖池中泼洒EM稀释液，使水体含EM-1号浓度为10mg/L。每次换水时泼洒。
3、饲料加工处用EM-1号稀释1000倍喷洒，可有效消除臭味，改善环境。
三、对虾：
1、养殖池中泼洒EM：在对虾体长0.5~2.5CM时，使水体含EM-1号浓度2~3mg/L，每4天泼洒一次；对虾体长至2.5以上时，使水体含EM-1号浓度4~6mg/L，每3天泼洒一次。
2、换水方法：前期每8天换水一半并吸污；后期每6天换水一半并吸污。
3、饲料中添加EM：以饲料0.2%的比例取EM原液，稀释后拌入饲料。
