《仙剑奇侠传三》故事发生在《仙剑》第一代的五十年前，永安当的一个叫景天的伙计随着一对玉仙剑三玦的互相吸引，遇到了刁蛮的堂堂唐家大**。渝州出现了咬人的毒人，景天和雪见在五毒兽花楹的帮助下，和蜀山大弟子徐长卿一起消灭了毒人，却引得雪见无家可归。魔尊重楼纠缠着凡人景天，给了他一把魔剑并要求比武，可魔剑里居然蹦出来一个女孩拉着景天喊王兄。蜀山五老派景天和徐长卿去找五灵珠，上天界消灭五老邪灵，征途漫漫。 事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始的，但是，更深层的因果却要追溯到千年前的神界。 神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意。 重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下，飞蓬碍于神界天规而犹豫再三，最终经不起重楼诱惑而答允。 两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败。 光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天。 一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及霹雳堂的毒人事件之中，而后与蜀山大弟子长卿被蜀山派往天界天池销毁五位长老的邪念，但是由于长卿的一时心软，却给六界带来了一场劫难。
景天用自己的寿命换来了百姓和长卿等人的性命,他和雪见回到了永安当，唐雪见不知道景天活不长了,徐长卿回到了蜀山，当了掌门,紫萱离开了徐长卿，慢慢变老,茂茂为了让人们有饭吃，割肉而死。重楼就这样一直想着紫萱,5个长老在景天的牺牲下没死。
结局1：紫萱结局（前提是紫萱的好感度为最高）。
四长老死前将掌门之位传给长卿，紫萱明白已经没有希望跟长卿长相厮守，便将一直在体内苦炼的内丹吐给长卿，让长卿飞升成仙。紫萱正准备牺牲自己，用五灵珠来修补锁妖塔时，重楼及时出现救下紫萱，并耗费自己的魔力将锁妖塔修补成功，然后重楼也失去了力量，在数年内都将是一个普通人类。
重楼定下了与景天决斗的约会，便扬长而去，不愧是“仙剑三”中最潇洒的男人！数年后在女娲遗址，重楼在紫萱的家门口找到景天，这几年来景天就住在距离紫萱家半里之外的地方，并不时过来照料紫萱和她与长卿前世生下的女儿。重楼约景天稍后去他家饮酒，便先行离去，而雪见或龙葵的下落交待不详。
结局2：花楹结局（前提是花楹的好感度为最高）。
在铸剑厅时景天选择了魔剑，雪见牺牲。紫萱为修补锁妖塔牺牲了自己，迟来一步的重楼怒不可遏，想将蜀山毁灭以发泄胸中怒火，龙葵上前阻止重楼，却被气头上的重楼一击打死。但是重楼立刻醒悟过来，虽然表面上仍然不可接近，但马上施法将龙葵复活，顺便还将两个龙葵分离开来作为致歉。数年后，龙葵返回古城镇去（原因不详），景天一个人在江湖中流浪，偶遇小女孩形象的花楹，二人从此结伴行走江湖。
如果以上两种结局没有出现，将会出现重楼挟持雪见或龙葵（谁活着就是谁）要求景天前往新仙界与他决斗的剧情。御剑飞往新仙界，与雪见或龙葵谈过话去找重楼。新仙界分为两层，迷宫非常简单，第一层的传送点在东南角上。来到第二层，直接从平台西北角上的阶梯走上去，一条路走到头就可以到达第三层，与重楼的决斗当然最困难，第一次打倒重楼后他会变身，战斗力更加恐怖，而我方只有景天一人。无论如何，全力去争取胜利吧！因为只有战胜重楼，才会迎来最后的大团圆结局！
3：雪见结局（前提是雪见好感度最高，铸剑厅时龙葵牺牲，最后的决斗输给楼）。决斗失败之后景天返回人间，到处寻找雪见，数年之后，终于在二人曾经约定的渝州竹林相遇，这时雪见身边还有一位小女孩，竟然就像是转世投胎后的龙葵……
4：龙葵结局（前提是龙葵好感度最高，铸剑厅时雪见牺牲，最后的决斗输给重楼）。决斗失败之后景天返回人间，而龙葵体内那妖媚的另一半也主动离开，因为景天已经足够可以保护龙葵。临走之前，她叮嘱龙葵道：“喜欢他就一定要说出来……”
结局5：完美团圆结局（前提是最后的决斗必须战胜重楼）。最终景天在招式上胜了一招，重楼很是欣慰，以复活在铸剑厅死去的龙葵（或雪见）作为自己对朋友的心意，这二人今后想必会无休止地友好战斗下去吧！而景天携雪见与两个龙葵返回渝州当铺，在人间过起了幸福而又平凡的生活……
