黑衣人首领：被称为“那位先生”
干部：琴酒，杀人不眨眼的组织成员，给新一灌下毒药导致身体变小的罪魁祸首。出场：第一集
伏特加：经常跟随在琴酒身边的组织成员。出场：第一集
贝尔摩德（又译：苦艾酒）：真实身份为美国的大明星莎朗·温亚德，诈死后将身份转换为自己的女儿克丽丝·温亚德。曾经试图追杀叛离组织的雪莉（灰原哀）。精于变装。由于在纽约受过新一和小兰的救命之恩，因此一直刻意保护两人。出场：176集
基安蒂：组织的狙击手，与科恩搭档。很讨厌贝尔摩德。出场：425集
科恩：组织的狙击手。425集
宫野明美：宫野志保（灰原哀）的姐姐。组织的基层人员，为了让自己和妹妹脱离组织而参与了10亿元抢劫，但后来组织却出尔反尔，明美也被琴酒所杀。曾经和潜入组织卧底的赤井秀一交往。出场：128集
爱尔兰：剧场版原创人物，登场于剧场版《漆黑的追踪者》。为了调查某个与组织成员有关的案件而被黑衣组织安插进警视厅搜查小组。通过指纹对比得知柯南身份。最后被基安蒂射杀。出场：名侦探柯南剧场版第十三弹《漆黑的追踪者》
《名侦探柯南》首先是青山刚昌的漫画作品，现已出TV版（动漫），还无结局，内容陆续更新中……所以，柯南最后有没有变成新一，还是个谜……
