你是学单片机的？使用MCU来控制PWM？
先入正题。
1、PWM的DUTY（占空比）设置有两种方式：
[1]、根据电池的情况（是否充满和充电程度）来设置PWM的DUTY。比如电池已经接近充满，单个12V铅酸电池达到13.8V，且电流小于电池容量的40分之一时（10AH电池小于0.25A）认为电池充满，这个时候不管外部光电池板功率可以输出很大的情况也只是很小的功率为电池充电，虽然保护了电池，但浪费了电能；
[2]、根据光电池板的最大输出功率为电池充电。这种是为光电池最大功率跟踪状态，是最节约电能的做法，但电池充满时一样会过充。但在实际使用中，过充较少发生，所以对电池只有很小的危害。 在实际使用中，电池经常处于半饱状态，如果电池经常处于4分之3饱状态时则最高效，电池不受损且整个系统工作在最高效率模式。这是最推荐的使用的工作方式。
2、PWM的工作频率不会像你说的那么低，0.1秒的周期，只能算是间歇工作，而不是脉冲工作。真正带有铅酸电池修复功能的脉冲频率是8.333KHZ。所以，你也不用考虑在它开或关的时候去检测电压和电流了。你不可能用这么快速准确的AD转换器，不是买不到，而是价格非常贵，AD公司的模拟AD转换器，高速的一颗十几美金，而且非常不好买。况且，快速处理大量数据进行分析计算处理本身数据离散性大，设计高精密高速的算法编程也是一个较难的问题。也许你想问，为什么是高精密的？因为，如果你的电池容量非常大，也就意味着内阻极小，较小的充电电流比如5A，对于电池电压的上升也是非常小的，可能是毫伏特级，不用超精密的AD转换器能行吗？
3、电压电流都必须电容滤波后检测，不用管是开是关。
我还发现了你设计思路问题。你说的检测到电池电压比光电池高的情况，这是肯定有的了。为什么，当然是光电池电压被拉低后MCU检测到低光电池电压关闭。总之，不止是你的控制方式有问题，而且你的M1工作在非DC/DC下很容易发热发烫而使寿命减少。
求一个4v铅酸电池充电器电路图，不要容阻的，最好是脉冲的，有去硫的更好了。^-^
蓄电池没有必要刻意做脉冲充电器。
直接将交流电整流，输出已经是100HZ的脉冲，是最简单的脉冲充电器（没有负脉冲）。
脉冲充电的作用是消除或减少极化，使蓄电池充电电流大时电压不会升高太多。
目前市面上的脉冲充电器价格高，对电动自行车电池充电，大概是用-100A电流放电1/1000秒，然后恒压充电1秒，形成一个周期。
脉冲充电对于要求快速充电的电池有一些作用。但快速充电是会缩短电池使用寿命的，最好还是用正常的充电，按照蓄电池说明书上的要求进行。如果是电动自行车电池，直接用配套的充电器就可以了。
4v铅酸电池充电器电路如图。
4V的免维护蓄电池充电电压应该在5V左右，充电电流应该看电瓶的容量，一般的充电电流设为电瓶容量的十分之一，如果容量是5AH的电瓶，充电电流就设为0.5A，如果容量为100AH的电瓶，充电电流就设为10A。
