《三体》中，三体人居住的三体星系昼夜颠倒，温度极端，迫使三体人在宇宙中寻找新的栖息地空，而严酷的三体星系实际上属于一个混沌系统，揭示了现实世界不可预测的复杂性，从而给了科学决定论一击。混沌理论指出，对于某些系统，只要初始条件稍有偏差或稍有扰动，系统的最终状态就会大不相同。因此，混沌系统的长期演化行为是不可预测的。这通常被称为蝴蝶效应。1890年，庞加莱证明，一般情况下，三体系统的轨迹不是周期性的，即不能重复。
庞加莱发现三体系统的演化往往是混乱的。即使初始状态有微小的偏差，这个微小的偏差也会随着时间无限放大，也就是说我们根本无法预测他的状态。这是理论上的不确定性，不是技术上的不确定性。
著名的“蝴蝶效应”是混沌理论中众所周知的。美国气象学家爱德华·洛伦茨在1963年提交给纽约科学院的一篇论文中分析了这种效应。“南美洲亚马逊河热带雨林中的一只蝴蝶，偶尔扇动一下翅膀，两周后就能在美国得克萨斯州引起一场龙卷风。”原因是蝴蝶翅膀的运动使周围的空空气系统发生变化，产生微弱的气流，进而会引起周围空空气或其他系统的相应变化，从而引起连锁反应，最终导致其他系统的巨大变化。他称之为混乱。“蝴蝶效应”主要是一个关于混沌的比喻，但一个不起眼的小动作却能引起一系列巨大的反应。
混沌是指初始条件的一个非常小的变化，经过不断的放大，会对其未来的状态产生巨大的影响。有些小事可以忽略，有些小事如果系统放大，对一个组织或一个国家非常重要，不容忽视。这也印证了中国的一句古话:不为善，不为恶。我不得不佩服中国古人的智慧。
