农村商业银行作为金融市场中重要的一部分，利率市场化对其产生了较为深远的影响，有风险，但也伴随着较大的机遇。从理论逻辑上分析利率市场化对农村商业银行盈利产生影响的机制，提出理论假说。
一、利差机制
利率市场化通过利差的影响途径来对农村商业银行的盈利产生影响。随着利率市场化改革政策的不断施行，利率限制逐步放开，银行可以自主进行产品定价。为了吸引更多的客户，提高竞争力，农村商业银行必然会选择提高存款利率，这使得其获取资金的代价大幅增加。同理，在贷款方面，为了提高信贷质量，降低业务风险，各银行必然会通过降低贷款利率来留住信誉良好的客户，这会导致银行净利差不断缩小。
在过去，央行统一制定全国商业银行的存贷款利率，长期的利率管制使得商业银行通过存贷款业务就可以获得稳定的利差收入，达成经营的目标，因此缺乏创新业务品种、提升经营效率的动力。而农村商业银行由于经营地域、资金规模、运营水平等条件的限制，其收入依赖传统信贷业务的现象更为严重。净利差的逐年降低使得农村商业银行的利息业务盈利空间不断压缩，从而使农村商业银行受到了很大的冲击。利率市场化影响农村商业银行盈利的利差机制张启文等提出股份制商业银行的利差收入随着利率市场化改革减少，
利率市场化引起的利差缩减导致了银行盈利性降低。
刘小瑜和彭瑛琪研究发现商业银行的盈利能力受利率市场化影响显著，其中最主要的负面因素是利率市场化带来的利差收窄。2015年央行放开了存款利率浮动上限限制，净利差进一步缩小，2019年平均净利差仅为2.340%。利率市场化通过降低农商银行净利差，影响了利息收入，从而导致其盈利能力下降。
二、收入结构机制
利率市场化通过收入结构的影响途径来对农村商业银行的盈利产生影响，其传导路径如图8所示。随着利率市场化改革不断深入，农村商业银行难以仅仅依靠传统信贷业务获得的利润就能维持较高的发展水平，随着市场竞争加剧，为了获得稳定长足发展，农村商业银行必然会调整盈利结构，
加大对非利息业务的重视。非利息业务是银行利用其在信誉、资本规模、人力、客户资源、网点机构等方面的优势，通过提供各种金融服务来获取收益的一类业务。
它不仅期限比较灵活，占用资金少，可以较少受到市场波动的影响，稳定性高，还能在一定程度上优化农村商业银行收入结构问题，缓解其由于过度依赖信贷业务导致的经营困难。同时咨询业务、委托代理业务等非利息业务的快速发展除了能为客户提供高质量的服务赚取收益，还有利于农村商业银行维持与客户之间长期、稳定的关系，有效地留住客户的资金。大力发展非利息业务影响了农商银行的收入结构，从而影响到盈利水平。
利率市场化影响农村商业银行收入结构的机制苏芳、蔡莎和王煊分析认为商业银行的利差与非利息收入之间存在显著的负向关联，利差越大，非利息收入越低，并且这种关联是同时发生的。左晓慧和马云提出非利息收入占比的增加促进了我国商业银行收入多元化，能够提高银行的盈利能力。
各农村商业银行经营不确定性较大导致各年平均数据波动幅度大，但从2011年占比6.74%到2019年的12.03%，总体呈现上升态势，这说明农村商业银行逐渐开始重视非利息业务的重要性，非利息业务收入在银行营业收入中所占比重呈现上升态势。利率市场化倒逼农商银行积极开发创新新的产品与业务，大力发展非利息业务，影响了收入结构，从而影响了银行的盈利能力。
三、风险机制
利率市场化通过风险的影响途径来对农村商业银行的盈利产生影响，
利率市场化加剧了农村商业银行面临的利率风险、信用风险和操作风险。首先是利率风险的增加，利率市场化使得金融机构可以根据资金供求以及自身对市场的判断决定利率水平，市场利率波动加大，期限结构更加复杂，导致商业银行面对的不确定性增加。同时由于农村商业银行发展时间较短，对利率风险的认识还不够充分，对于市场利率变动不能作出及时的判断，缺乏专业的团队进行利率定价与风险控制。
其次是信用风险的增加，市场化后商业银行信贷业务成本增加，使得银行放宽贷款标准去追求愿意承受更多成本的客户，但获取的收益与承受的风险是对等的，愿意承受较高贷款成本的客户征信质量不佳，违约风险较高，容易产生“道德风险”和“逆向选择”问题。
再加上长期以来低利率管制政策在我国实行，银行所面对的客户主要是一些具有良好信誉的大型国有企业与民营企业，经营稳定，资本力量雄厚，贷款的违约风险相对较低，因此我国农村商业银行目前还缺乏完善的监督和审批机制，项目的评估和审核经验也比较匮乏，没有一个科学完善的信用评估和风险管理系统来规避和应对违约风险，这些都可能导致银行不良贷款率上升。
最后是操作风险，利率市场化之后，银行为了保持盈利水平，一方面会加大放贷的规模，另一方面会进行产品业务创新，这些都需要较为完善的内部管理系统和较高素质的员工，如果这些无法实现的话，也容易引起银行的操作风险。
利率市场化影响农村商业银行盈利的风险机制张伟和蒋敏提出在利率市场化背景下，信贷业务利差收窄导致银行可能会为了追逐更高的贷款利率而选择风险更高的客户，同时可能采取盲目加大业务数量的方式提高经营收入，从而加剧了银行面临的信用风险。刘阳提出短期内，银行面临的利率风险主要来自于存贷款利差减小以及资产负债到期期限错配，中长期内，银行的利率敏感性缺口逐渐扩大，使银行面临更大的风险。
利率风险、信用风险和操作风险的提高一方面大大提高了农村商业银行不良贷款率，另一方面使得银行需要保留更多的资金来应对风险和损失。2014-2019年这六年间四类银行的不良贷款率均呈现出明显的快速上升趋势，但农村商业银行的增长幅度显著的高于其他银行。从时间截面来看，其他三种类型的商业银行的不良贷款率水平差距不大，且均明显低于农村商业银行不良贷款率水平。由此可以看出，利率市场化改革使得农村商业银行不良贷款率明显提高。
2014-2019年各类商业银行资本充足率情况，总体而言，资本充足率一直处于稳中有升的状态，且都已经超出了国家规定的监管要求。2019年农村商业银行的资本充足率以13.13%的水平排在第三位，仅高于城市商业银行，并且低于商业银行平均水平14.64%。综合以上分析，利率市场化增加了市场波动，加剧了农村商业银行面临的风险，使得不良贷款率提高，削弱了银行的盈利能力。
