江苏禁止养殖南美对虾的原因主要与环境污染有关。南美白对虾养殖过程中产生的尾水中的污染源主要是有机物，这些有机物被降解为氨(铵)，再进一步降解为亚硝态氮、硝态氮等，以无机氮的形式存在于水体中，导致环境污染严重。
为了解决这一问题，江苏省如东县自2018年起先后出台了南美白对虾规范养殖专项整治、规范整治攻坚、长效管理等实施意见，但整治工作并不彻底，沿海部分区域养殖尾水直排、非法取用地下水、违规新增养殖面积、无证用海等问题仍然突出。
因此，为了保护环境和生态系统的平衡，江苏省政府决定禁止养殖南美对虾。
法律分析：只要有相关的养殖手续的，就不违法。办养殖场属于农业设施占地，需要向乡镇申请，上报县里，经县政府审核同意。但在饮用水水源保护区，风景名胜区、自然保护区的核心区和缓冲区、城镇居民区、文化教育科学研究区等人口集中区域禁止养殖。
法律依据：《畜禽规模养殖污染防治条例》第十一条 禁止在下列区域内建设畜禽养殖场、养殖小区： （一）饮用水水源保护区，风景名胜区； （二）自然保护区的核心区和缓冲区； （三）城镇居民区、文化教育科学研究区等人口集中区域； （四）法律、法规规定的其他禁止养殖区域。
