首先一般情况下XRD，和AFM不会损伤样品表面，除非有些专门做AFM检测的老师，为了一次多做些样品，可能要把你的样品剪成小块，可以提前问下。另外SEM也会有这种被剪成小块，很多情况下还要被喷金，尤其是如果是检测中心的话，可能会跟其他人的样品一起测，这时就会一起被喷金。喷金时如果是高分子材料，电流太高，喷金时间太长，可能会熔化变形。
做XRD还要注意就是薄膜样品，要求表面平整，所以如果不平，也许会被压平，要考虑会不会损伤表面形貌。
AFM和SEM背面要贴导电胶或一般双面胶，揭下来后背面可能会有残余，如果薄膜太脆太薄也可能会被破坏。
以上是我自己总结的，希望能帮到你。
最后，我建议的是，如果上述都不妨碍的话，可以先做AFM,再XRD, 最后SEM.另外AFM和XRD先后不很要紧。
