鱼缸绿藻分多种，可以对应相关办法来进行除藻。
一、绿水
绿水又称水华或藻华，通常是单细胞绿藻（如小球藻）过度繁衍所造成的景象，这种藻类形成的原因，主要是水中累积有过量硝酸盐及磷酸盐之故，其繁殖力相当快速，能在理想光环境及营养环境中，只需半天时间，即可由一个小球藻细胞，繁衍出几兆个细胞来，使清澈的水，立即转为绿色。
绿水的出现不会酿成大害，所以不用担心。在水产养殖界，放养鱼类之前，通常会在养殖池先培养出绿水（俗称养水），以预防养殖初期，发生氨的毒害反应，因为绿藻可以吸收氨（铵）为氮肥。
虽然绿水形成得快，但它消失得也快。一般而言，它的去除比一般藻类容易得多，只要断绝它的营养来源，就能在短时间内消灭它。因此，只要做到勤换水，暂时不施肥及不喂鱼，使硝酸盐及磷酸盐的来源完全断绝，即可能使它消失于无形。
另外，使用紫外线杀菌灯处理绿水，大约不到一周时间，也可以获得有效控制，但要彻底解决这问题，还是以水中不能累积过量硝酸盐及磷酸盐才行，否则很容易又会再度滋生。
二、膜状藻
膜状藻主要为蓝绿藻种类，通常生长在水草叶片、石头、缸壁或底砂表面上，其颜色常为蓝绿色，偶而为黑、紫或棕色。最容易在水族缸设置之初出现，或换水频率过高的水族缸也较易产生。它们特别具有危险性，因为它们生长速度非常惊人，而且会形成一层薄膜，抑制水草的光合作用及呼吸作用，使水草生长不良。
蓝绿藻是一种介于细菌与藻类之间的原核微生物，过去被归类为藻类，但有人主张应改归类为细菌才适当，因为它与属于真核微生物的藻类为并不相同，具有细菌的某些特征，所以也可以称为篮细菌，能进行细胞分裂生殖，繁殖速度相当快。可视为属于一种尚未完全由细菌演化为真正藻类的过度生物，不同于一般细菌的是，它的细胞中含有叶绿素，因此能进行光合作用，自营生活。
这种藻类在硬度较高的水域较易发生，比一般藻类更能耐高水温，其生命力及繁殖力相当旺盛，但可利用除藻剂或消毒杀菌剂消除。不过，其尸体分解后可能会产生毒素，易使鱼虾中毒死亡。因此，在处理上，尽量不要使用除藻剂或消毒杀菌剂，以免鱼虾发生中毒意外。如果想要去除它，最好还是动手将它移除、保持水质干净，或者肥料添加不要过量，才是稳当的作法。
三、丝状藻
丝状藻通常属于绿藻种类，因藻体呈丝状而得名，品种很多且形态相似，有时候用肉眼不容易辨识。主要附着生长在水草叶片及石头上，以绿色品种居多，外形多半为棉花状、线状、或刷状。它们的生长条件与水草几乎相同，很容易在水草缸生长，可称得上是水草缸的常客。
丝状藻形成的原因，大部分都是附着于水草叶片入侵的，真正属于水族缸自生的反而比较少，所以在栽培新水草之前，如果能加强丝状藻的检疫工作，相信引起丝状藻滋生的机会应该会少许多。另外，换水次数太少，使水族缸累积过多的硝酸盐及磷酸盐，将会加速丝状藻的繁殖速度，若光线太强或施肥过量，更会助长这种趋势。
处理时，可以用手或适当的工具将丝状藻移走，或放养藻食性动物，如大和藻虾协助消除，必要时使用除藻剂会有更迅速的效果。另外，勤换水，借以稀释过剩营养盐的浓度，则是抑制其继续扩散的有效方法。
四、青苔
生长在水族箱玻璃或缸中石块表面上绿色的膜片状藻类，通常是一种俗称"假小石莼藻"的绿藻，这种藻类即一般人所称之青苔，能广泛适应于各种水质条件，在温度5-36℃，pH值5.5-9.0，光度500-2500 Lux，未优养化至高度优养化的水质中均能生长。
青苔的繁殖速度十分快速，尤其在有机营养物质丰富的水中更是常会大量滋生。如果水族缸正面的玻璃长满青苔，整个水草景观将被遮挡而无法透视，所以会严重影响水草景观的观赏品质。虽然利用普通擦拭法很容易消除，但是要想根除却不容易，再生的机率相当高，因此常让人感到颇为困扰。
要清除青苔，以放养除藻动物的方法最安全而有效，像小精灵、黑线飞狐、白玉飞狐等鱼类都能为您协助清除。尤其是以放养笠螺最具成效，只要放养1-2只笠螺，并且能让它们舒适生活其中，就几乎可以不用再担心青苔问题了。
五、黑毛藻
黑毛藻是最常见的毛皮状藻类，长约0.3公分，大部分丛生于水草叶缘，也会密密麻麻地长在水族缸内任何固体表面上，长相非常不讨人喜欢。一旦在鱼缸内著生，特别具有破坏力，要让它自然消失，几乎是非常困难之事，所以常令人感到十分头痛，其发生的原因通常是水体中磷酸盐过量，或养分不均衡使然。
黑毛藻是黑色的藻类，几乎能直接或间接利用所有可见光，其光合作用的效率为水草或其他藻类所难望其项背者，以致在任何光质及光度下，它依然可以生存得很好。它能直接利用水中的溶氮（DN）为氮肥，所以在完全没有氮肥（如硝酸盐及铵盐）的情况下，也可以正常生长，由此可见其生命力强韧的一般。
过去只要发现水草长出黑毛藻时，都是立即利用剪刀把长藻的叶片直接剪掉，以尽可能把它从水族缸彻底移除，不过它的孢子仍有再度萌发的机会，实在很难达到根绝的目的，纵使放养藻食性动物协助清除，但效果并不明显，甚至使用一般除藻剂也难于对抗，因此许多人曾为此而翻缸。所幸，更有效的除藻剂（如TBS黑毛藻克星）问世之后，大约在两三星期的疗程中，就可以把它消除殆尽，所以它的威胁性已经大为降低。
六、矽藻
矽藻在水草缸也是常见藻类之一，不过出现的机率，比上述藻类要来得少一些。在水族缸鲜少有大规模矽藻出现，通常只是局部生长在水草向光的叶片、见光的砂层表面，或更多情况是长在缸壁上。外观呈不规则膜片状或泥状，由于呈褐色的，有许多人也称之为褐藻。
促使矽藻滋生的原因，最常见的是光线不足，水中含氧量过低，水质偏碱性，过滤系统不良等因素所造成的，反而与肥料过剩的关系较少，所以矽藻也可能发生于养分贫乏的水族缸中。
当发现有此种藻类生长时，首先可以从加强光照，以及健全过滤系统等措施着手改善，也许即能在短期内逐渐让它自动消失。如果没有明显改善，则可以放养藻食性鱼类及笠螺来协助清理，或使用除藻剂给予清除，可能更迅速有效。
水产养殖芽孢杆菌的作用与功效
农盛乐水产EM菌液在水产上的使用方法
（一）喷洒饲料
1、直接投喂
按饲料量的0.2%将农盛乐水产EM菌液直接喷洒在饲料上，边喷边搅拌均匀，拌均匀后即可直接投喂。
2、水产菌液二次发酵后投喂
按饲料量的0.2%加入农盛乐水产EM菌液和等量红糖，然后用水将菌液和红糖稀释10～20倍，装入塑料桶或缸，密封发酵2～3天（环境温度在30～35℃），然后再喷洒饲料，投喂。实践证明，菌液二次发酵后拌料比直接拌料投喂的效果好。
3、注意事项
○1二次发酵的菌液应在3天内用完。
○2用菌拌好的饲料应立即投喂，若一次喂不完，要把剩余部分饲料密封保存。夏季有效期为一周，冬季为一个月。
（二）池塘泼洒
1、作用
增加水体中的溶氧量，增强光合效应；改善水质，消除有害病菌，提升免疫力，患病率下降、降低损失；提升产品品质，提升生长效率，提升育成率，提升生长效率；减少药物使用量，生产有机食品；对鱼类的浮头、泛塘等有良好的防治效果；
2、使用方法
○1鱼种放养前3天，每亩水面用农盛乐水产EM菌液5～8公斤，稀释50倍全池泼洒。
○2放养后，每亩用农盛乐水产EM菌液1公斤，连泼洒10天，以后视水质情况每月泼洒2～3次。
（三）疾病防治
当鱼体出现细菌肠炎、打印病、烂鳃病等，可用100～150倍高浓度农盛乐EM菌液浸泡病鱼，或者用10～50倍高浓度农盛乐水产EM菌液直接涂搾于患病处，一般3～5天可以痊愈。
（四）水产品保鲜
对水产品保鲜水槽，每隔1～2天喷洒一次500倍的农盛乐水产EM菌液稀释液，可以延长水产品保鲜期，保持水产品体表光洁喜人。
百度下农盛乐即可找到技术员，会给您详细的操作方案的，我朋友就是用的这个，在养虾上面很明显。
农盛乐水产EM菌液在养鱼养虾养乌龟养鳖等水产养殖上的作用功效：
农盛乐水产EM菌液渗入水体后，能抑制病原微生物和有害物质，调整养殖生态环境，提高水中溶氧量，促进养殖生态系中的正常菌群和有益藻类活化生长，保持养殖水体的生态平衡；拌入饵料投喂，直接增强鱼类的吸收功能和防病抗逆能力，促进健壮生长。农盛乐水产EM菌液中的光合菌还能利用水中的硫化氢、有机酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用消除水中的亚硝酸铵，从而净化养殖池中的排泄物和残饵，改善水质，减少鱼病。主要作用为：
1、减少病原微生物和不良藻类；明显增强养殖对象的免疫力和抗病性，提高成活率。用户反映， 农盛乐水产EM菌液可使蟹苗成活率提高近一倍，中华石斑鱼成活率由30％提高到70％以上，更是多种虾病的克星。
2 、浮游动物、有益藻类增多，特别是红虫明显增多。
3 、稳定和改善水质，水体清爽，不臭不腐，无硫化氢、氨气等异味，能见度在25～50厘米的时间长且稳定，换水时间延长2倍。
4 、鱼虾粪、下脚料等不会变成淤泥而呈散沙状。
5 、促进生长，增重率明显提高。同等环境下，用农盛乐水产菌液可提前10～15天上市，平均亩产提高20～35%以上，产卵量增加25％以上，产卵时间延长。试验表明，常温新鳖池用农盛乐水产菌液后，产卵时间延长近70天，且孵化率好，饵料不臭。
水产养殖芽孢杆菌的作用与功效如下：
1、净化水质：当过量的氨、磷元素排入水体后，易引起池塘富营养化，在池塘中形成对水产动物有毒的氨氟，亚硝酸盐影响水产动物的生长，而芽孢杆菌可利用自身的酶，强烈分解氮系、硫系污染物，还能分解水体中的残饵、粪便、有机物等物质，从而达到净化水体的作用。
2、抑制有害藻类：枯草芽孢杆菌能抑制水体中的蓝藻等有害藻类，避免底部缺氧，导致虾爬边。
3杀灭有害菌：枯草芽孢杆菌能产生多粘菌素、伊枯草素，几丁质酶等高效的抑菌物质，这些抗菌物质易溶干水，不易产生抗药性，能够有效的杀灭或抑制虾水体中的弧菌等有害菌，预防虾类疾病。
4、修复受损的组织上皮当虾感染上细菌性疾病后，病菌会使肠道粘膜受损，引发肠道炎症、萎缩等病症，使虾食欲下降或者停止进食，生长速度变慢，而枯草芽孢杆菌能促进对肠道的修复，减轻肠道炎症，促使虾进行摄食。
