当水体被有机污染物污染后，由于有机物消耗大量溶解氧而使水中溶解氧降低，危及鱼类生存。有毒的难以降解的有机物可直接对鱼类等产生毒性，或在鱼体中积累，有的毒物在鱼体内浓缩的倍数能达到几百万倍。
当水体被酚污染后即使浓度很低，鱼肉就有酚臭味而影响食用，当浓度高时，鱼类就大量死亡。
油类污染物进入水体后能在水面形成一层薄膜，这层油膜能妨碍空气中的氧气进入水中，从而使水中缺氧，鱼类等水生生物会因此而窒息死亡。另外油类污染物中许多有机物能使鱼类产生异味而影响食用。
（2）重金属污染物重金属污染物如汞、镉、铬、铅等在水体中能影响鱼类等水生生物的生理和生活特性。当浓度高时能使鱼类死亡或逃避。长期生活在重金属污染物水中的鱼，体中重金属的含量会富集十几万倍以上从而影响食用或造成中毒。
（3）植物营养物含有氮、磷等植物营养物的水体若引起水体富营养化则会使藻类等浮游生物大量增殖，从而大量消耗水中的溶解氧，而造成鱼等死亡。当水体发生富营养化时，水面上往往出现大片“水华”。
