农业专业合作社可以设分社，也可以成立合作社联社。
设立分社的问题,在《农民专业合作社登记管理条例》中有明确的说明。可以参照一下。和设立合作社一样,也是需要到工商部门登记办理的。
《农民专业合作社登记管理条例》为了确认农民专业合作社的法人资格，规范农民专业合作社登记行为，依据《中华人民共和国农民专业合作社法》，制定本条例。全文共六章三十四条，于2007年7月1日起施行。
养殖合作社申请流程
法律分析：(一)有五名以上符合《中华人民共和国农民专业合作社法》第十九条、第二十条规定的成员;
(二)有符合本法规定的章程;
(三)有符合本法规定的组织机构;
(四)有符合法律、行政法规规定的名称和章程确定的住所;
(五)有符合章程规定的成员出资。
法律依据：《中华人民共和国农民专业合作社法》
第十二条 设立农民专业合作社，应当具备下列条件：
(一)有五名以上符合本法第十九条、第二十条规定的成员;
(二)有符合本法规定的章程;
(三)有符合本法规定的组织机构;
(四)有符合法律、行政法规规定的名称和章程确定的住所;
(五)有符合章程规定的成员出资。
第十六条 设立农民专业合作社，应当向工商行政管理部门提交下列文件，申请设立登记：
(一)登记申请书;
(二)全体设立人签名、盖章的设立大会纪要;
(三)全体设立人签名、盖章的章程;
(四)法定代表人、理事的任职文件及身份证明;
(五)出资成员签名、盖章的出资清单;
(六)住所使用证明;
(七)法律、行政法规规定的其他文件。
登记机关应当自受理登记申请之日起二十日内办理完毕，向符合登记条件的申请者颁发营业执照，登记类型为农民专业合作社。农民专业合作社法定登记事项变更的，应当申请变更登记。登记机关应当将农民专业合作社的登记信息通报同级农业等有关部门。农民专业合作社登记办法由国务院规定。办理登记不得收取费用。
第十九条 具有民事行为能力的公民，以及从事与农民专业合作社业务直接有关的生产经营活动的企业、事业单位或者社会组织，能够利用农民专业合作社提供的服务，承认并遵守农民专业合作社章程，履行章程规定的入社手续的，可以成为农民专业合作社的成员。但是，具有管理公共事务职能的单位不得加入农民专业合作社。农民专业合作社应当置备成员名册，并报登记机关。
第二十条 农民专业合作社的成员中，农民至少应当占成员总数的百分之八十。成员总数二十人以下的，可以有一个企业、事业单位或者社会组织成员;成员总数超过二十人的，企业、事业单位和社会组织成员不得超过成员总数的百分之五。
法律分析：首先：工商行政管理局设立登记，提交材料。第二：公安局制定刻章，提交材料：合作社法人营业执照复印件、法人代表身份证复印件、经办人身份证复印件。收费400元上下。第三：质量技术监督局办理组织机构代码证。第四：国家、地方税务局申领税务登记证。第五：办理银行开户和账号。第六：当地农经主管部门备案。
法律依据：《农民专业合作社登记管理条例》 第十一条 申请设立农民专业合作社，应当由全体设立人指定的代表或者委托的代理人向登记机关提交下列文件：
（一）设立登记申请书；
（二）全体设立人签名、盖章的设立大会纪要；
（三）全体设立人签名、盖章的章程；
（四）法定代表人、理事的任职文件和身份证明；
（五）载明成员的姓名或者名称、出资方式、出资额以及成员出资总额，并经全体出资成员签名、盖章予以确认的出资清单；
（六）载明成员的姓名或者名称、公民身份号码或者登记证书号码和住所的成员名册，以及成员身份证明；
（七）能够证明农民专业合作社对其住所享有使用权的住所使用证明；
（八）全体设立人指定代表或者委托代理人的证明。
农民专业合作社的业务范围有属于法律、行政法规或者国务院规定在登记前须经批准的项目的，应当提交有关批准文件。
