1、胆汁酸是肠道的一个重要的化学屏障
当水产动物发生细菌性疾病时，会使用抗生素防治疾病，细菌被抗生素杀灭后会产生大量的内毒素。肠道是机体最大的内毒素池，内毒素可引起肠道粘膜水肿，肠绒毛顶部细胞坏死，肠通透性增加，从而破坏肠粘膜屏障功能，在肠粘膜屏障遭到破坏时，内毒素可通过肠粘膜屏障经门静脉计入肝脏，危害鱼体健康。
胆汁酸对内毒素是一个重要的化学屏障：①肠道内的胆汁酸可通过与内毒素的结合而阻止其从肠道吸收入门静脉，②胆汁酸为去污剂，已证明两者在体外对内毒素脂多糖具有直接作用，而且胆汁酸可在试管内改变大肠杆菌内毒素，使其不再引起裂物凝聚，其机制可能为将内毒素分解成无毒性的亚单位或形成微聚物。因此胆汁酸可以减少内毒素对肠道、肝脏乃至整个鱼体的危害。
2、胆汁酸增强肠道消化酶活性
胆汁酸能提高脂肪颗粒的比表面积，有利于脂肪颗粒与酶结合，而且胆汁酸具有特殊的生物活性，可以被肠上皮细胞识别，反馈性调节胆汁的分泌，并且能与脂肪酸形成脂肪酸—胆汁酸复合物，改变脂肪酶的性质，提高脂肪酶活性（Baue，2005）。胆汁酸也可提高肠道内容物胰蛋白酶和糜蛋白酶活性，这可能是由于添加的胆汁酸经肝肠循环吸收人肝后，促进了胆汁的分泌，从而增加了肠道消化酶的含量，胆汁中的HCO3—可以调节肠道内的酸碱度，提供各种消化酶作用的适宜pH值，使消化酶活性增强（赵晓芳，2007）。
3、胆汁酸抑制肠道细菌的过度增殖，维护肠道微生态环境
胆汁酸的缺失将会引发细菌在动物小肠内过度生长，从而与宿主竞争营养，导致宿主对营养的吸收障碍。由于胆汁酸的表面活性剂活性，脱氧胆酸可以破坏细菌的细胞膜，使细胞完整性受损，进而抑制菌的生长，甚至造成细菌细胞死亡。外源补充胆汁酸增加了胆汁分泌，使肠肝循环中胆汁池容量增加，肝脏胆汁酸分泌速度恢复至正常水平，使肠腔内结合胆汁酸的浓度提高，肠腔内结合胆汁酸对小肠内细菌的抑制作用增强，从而抑制肠道细菌过度生长，降低细菌移位和内毒素血症的发生率。
1，宏基因组提取；提取的样品DNA必须可以代表特定环境中微生物的种类，除需严格遵循取样规则外，取样中应尽量避免对样本的干扰，缩短保存和运输的时间，使样品尽可能代表自然状态下的微生物原貌，获得高质量环境样品中的总DNA是宏基因组文库构建的关键之一。要采用合适的方法，既要尽可能地完全抽提出环境样品中的DNA，又要保持较大的片段以获得完整的目的基因或基因簇。所以总的提取总是在最大提取量和最小剪切力之间折中。应严格操作，谨防污染，并且保持DNA 片段的完整和纯度。为了更好地反映环境中的微生物种群并且提高阳性克隆的占有率，需要在克隆之前通过不同的方法对感兴趣的目的基因或基因组进行富集，常用的富集方法有稳定同位素探针、抑制性消减杂交、差异显示、噬菌体展示、 亲和捕获及DNA微阵列等技术。
2，测序分析：
采用Solexa进行宏基因组 DNA测序，首先对特定环境微生物种群全基因组DNA进行提取。在提取微生物种群的DNA后制备DNA文库，具体步骤如下：
（1）将DNA随机打断成200-500bp的片段；
（2）对DNA末端进行修复；
（3）将“A”碱基加入到DNA片段的3’末端；
（4）在DNA片段的末端加上接头；
（5）纯化连接产物；
（6）PCR扩增连上接头的DNA片段；
（7）检测测序文库。
