清塘消毒的目的是清除池中对养的鱼类有危害的敌害。用什么办法清塘，用什么办法消毒，应该区别对待，不能一概而论，要清得巧，要消得省，消得对正在养殖的鱼类有利。
如果是养鱼苗、鱼种，特别是弱小的鱼苗，在池中是最弱者，稍为大点的蚤类就可杀死鱼苗，因此对鱼苗养殖池要彻底清塘，把比鱼苗大一点的敌害一扫光才能养好鱼苗。因此，应该在放苗前用大剂量的生石灰杀灭池中一切敌害。
如果是养咸鱼，重点应消灭池中的病菌，保留池中的小型野杂鱼、虾、螺蚌及小型水生底栖动物，这可是凶猛肉食性名贵鱼类的好饵料，是青鱼的好饵料。清池方法是使用漂白粉，水深1米667平方米水面用漂白粉2500克，每立方米水用3-4克(有效氯为22%)，在这类鱼池里加放20尾(667平方米水面)乌鳢、或大口鲶、或鳜鱼，吃食野杂鱼。有螺蚌的鱼池适当放养大青鱼。
对养鱼工具也要消毒杀菌再用，不能将这件工具一用到底，以免病菌从第一口池又传到最后一口鱼池。如何消毒呢？可用高锰酸钾溶液浸泡半小时，也可用太阳晒两天，翻来复去地晒。有的也可用生石灰水浸泡。
饵料、肥料也要消毒。凡能用生石灰水、漂白粉水浸泡的，可先浸泡，后清洗再投喂，不要带病菌和寄生虫入池。
虾塘怎样消毒？
甲鱼池塘消毒方法有：一、漂白剂等药物是一种很好的消毒剂，它被放入水中，水生生物化学会产生化学物质。然后这些东西会产生某种生态氧气，这种氧气非常善于杀死细菌，我们需要根据池塘的大小来控制漂白剂的数量。想要全面,甚至洒在池塘里,这些漂白剂粉没有使用时间应注意密封,不能与空气接触,因为它很容易分解,而且还对人体有一定的伤害,所以必须注意做好漂流时的保护。
二、用生石灰进行消毒，它是池塘消毒最好的产品之一养殖户们必备的一种消毒用品，它能杀死野生的生物丶病原菌和细菌等。除此之外还可以改善池塘水的水质，能够起到直接施肥的作用。生石灰的抛洒范围和面积可以广泛一点，选用的生石灰最好是没有杂质的块灰可以直接使用，个人比较倾向于生石灰消毒利大于弊。
三、生石灰加上茶粕，先把池塘里面的水通过排水系统排出来，然后再池塘底部挖上好多个小坑把生石灰放进去再加入热水让它熟化。让生石灰和池塘底部的淤泥能够充分混合在一起，之后引入清澈的水再倒入茶粕进行消毒。消毒时间3-5天，这样做的目的可以起到良好的清塘消毒效果，并且十分安全没有药物残留。不过这样消毒时间太长，如果养殖户想要保证完全安全的消毒可以用这种方式。待养殖池药性消失后，开始放养。
在投放甲鱼种时，应利用药物进行浸洗甲鱼体，杀死寄生体表上的寄生虫和病菌。这是预防甲鱼病，提高甲鱼种成活率的有效措施。常用的消毒方法：1、用3～4%的食盐水浸泡5分钟左右。2、用8ppm硫酸铜和10ppm漂白粉混合液，水温在10～15℃时浸洗25分钟左右。3、用30ppm高锰酸钾溶液浸泡20分钟左右。
虾塘消毒中清塘及水体消毒使用药物的原则：
（1）尽量使用不污染环境且成本低的药物。
（2）放养前的清塘及水体消毒，用药浓度宁大勿小，以达到彻底杀灭敌害生物的目的。
（3）放苗前的水体消毒要安排足够的时间，一定要待药性失效后才能放入虾苗。
（4）养殖期间的水体消毒，要合理掌握药物浓度，既要达到杀灭敌害生物的目的，又不致于伤害对虾。
（5）不要盲目施用剧毒农药，特别是残留大的农药。
常用的清塘及水体消毒药物：
1生石灰
生石灰（CaO），加水吸湿后生成氢氧化钙（Ca（OH）2），呈碱性，pH值达11～12，同时释放出大量热能，从而杀灭野杂鱼、鱼卵、虾蟹类、昆虫、致病细菌、病毒等，并能使水澄清，还能增加水体钙肥，提高水体的pH值。一般用于放养前清塘，用量为100～200kg/667m2，失效时间为7～8d；在养殖期间，用于升高塘水pH值。使水提升1单位pH值的用量为10ppm。
2漂白粉
漂白粉为白色颗粒状粉末，其吸收水份或二氧化碳时，产生大量的氯，因而杀菌效果比生石灰强。但露空时，氯易散失而失效。漂白粉是使用了多年的第1代消毒剂。一般用于放养前的水体消毒和养殖过程中的水体消毒，前者使用浓度为20～30ppm，后者一般使用1～2ppm。用于消毒的漂白粉，应使用含氯量达到32％以上的，含氯量低于25％的不能使用，失效时间为4～5d。
3强氯精
强氯精的化学名称为三氯异氰尿酸，为白色粉末，含有效氯达60％～85％，其化学结构稳定，能长期存放，1～2年不变质。在水中分解为异氰尿酸、次氯酸，并释放出游离氯，能杀灭水中各种病原体，强氯精可称为第2代消毒剂。强氯精的出现，逐步代替了漂白粉的使用。通常用于放养前的水体消毒和养殖期间的水体消毒，前者使用浓度1～2ppm，后者为0.15～0.20ppm。失效时间为2d。?
4二氯异氰尿酸钠
二氯异氰尿酸钠为白色晶粉，含有效氯60％～64％，其化学结构稳定，比漂白粉有效期长4～5倍。一般室内存放半年后仅降低有效氯含量的40.16％。易溶于水。在水中逐步产生次氯酸。由于次氯酸有较强的氧化作用，极易作用于菌体蛋白而使细菌死亡，从而杀灭水体中的各种细菌、病毒。二氯异氰尿酸可称为第3代水体消毒剂。养殖中后期的水体消毒，应首选此药物。使用浓度为0.2ppm。失效时间为2d。
5二氧化氯制剂
市面上销售的二氧化氯有固体和液体的。固体二氧化氯为白色粉末，分A、B两药，即主药和催化剂。使用时分别将A、B药加水溶化，混合后稀释，即发生化学反应，放出大量的游离氯和氧气，达到杀菌消毒效果。水剂的稳定性二氧化氯使用效果更好。二氧化氯制剂可称为第4代水体消毒剂，其还可以用于虾鲜活饵料的消毒。前者使用浓度为0.1～0.2ppm，后者为100～200ppm。失效时间为1～2d。
6次氯酸钠消毒液
次氯酸钠的分子式是NaOCl，属于强碱弱酸盐，它清澈透明，是一种能完全溶解于水的液体。但由于次氯酸钠液不易久存，次氯酸钠多以电解低浓度食盐水现场制备。
7茶子饼
茶子饼在两广俗称茶麸，是油茶榨油后的残渣。市面上销售的茶麸有大块的和小片状的。其含皂角甙10％～15％，对鱼类的杀伤力大。常用于放养前的清塘，以杀灭塘中敌害鱼类及鱼卵。也可用于养殖过程中的中间清塘，以杀灭混入塘中的敌害鱼类，并且还可以促使对虾脱壳。前者一般使用15～20kg/667m2，后者一般使用15～20ppm，失效时间为2～3d。
8高锰酸钾
高锰酸钾又名过锰酸钾、灰锰氧，是深褐色的结晶体，易溶于水。本品为强氧化剂，氧化微生物体内活性基因而杀菌。还可以杀死原生动物。本品可使虾类中度中毒。一般不用于养殖期间的水体消毒，只用于杀灭纤毛虫。使用时减去大部分塘水，按3～5ppm浓度用药。4h后把水进满。
消毒的具体做法;
（1）放养虾的池塘，每造收完虾后，把塘水排干，让太阳晒至塘底龟裂。把黑色的泥搬运出塘外，填上5～10cm厚的一层高岭土或细砂。
（2）放养前一个月，每667m2用生石灰100～200kg，将其均匀分布于塘底，有淤泥的地方可多放一些。然后进水浸没石灰，让其熟化。次日，将塘底的石灰搅拌均匀，浸泡2～3d，排干。
（3）在白虾多的海区的虾塘，放苗前20d应使用敌百虫杀灭白虾。按浸过滩面的水体计算，使用浓度为2.0～2.5ppm。将含敌百虫95％的晶体水溶后全塘泼洒。用药2d后将水排干。
（4）放苗20d前，进水浸过滩面，使用茶麸清塘。一般用量为15～20kg/667m2。将茶麸打碎，用水浸泡24h后，用水稀释全塘泼洒。以杀死塘中鱼类和鱼卵。要把毒死的鱼类捞出。毒塘后的茶麸水留于塘中，作为肥塘使用。
（5）通过60～40目筛绢过滤，进水至80～100cm。接着用2～3ppm强氧精对水体消毒。将药物溶解稀释后，全塘泼洒。至此，清塘工作完毕。
