从东周的周桓王时期开始，就有人在合浦采捕珍珠，虽历史记载不详，但这是最早有人在合浦采珠的记载。
战国时代，合浦开始有了珍珠生产加工、并利用珍珠作饰物和药品，并将珍珠作为商品与交趾商人交换粮食。 西汉元封元年（前110年），汉武帝在海南岛设立珠崖郡，建武十九年设为珠崖县，属合浦。
西汉汉成帝时（前32年——前7年间），贫寒时与妻子午夜牛衣对泣的王章，后来做了京兆尹，因刚直敢言，以事忤当权的王凤，被王凤劾以大逆罪下狱，其妻子八人俱连坐。不久，王章病死狱中，妻子家属充戌合浦，家产俱籍没充公。因合浦产珍珠，且海上丝绸之路的开辟，使合浦不但是珍珠产地，也成为了珍珠集散地。王章妻子抓住这个机会，在合浦经营珍珠生意，积蓄财产数百万，后来王章家属遇赦，返回故乡，得以赎回田宅，安享生活。
东汉时合浦珍珠业的发展，达到了高峰，可是由于濒年滥采，珍珠资源遭到了严重破坏，因此发生了著名的“合浦珠还”的典故：“（孟尝）迁合浦太守，郡不产谷实，而海出珠宝，与交趾比境，常通商贩，贸籴粮食。地宰守多贪秽，诡人采求，不知纪极，珠逐渐涉交趾郡界，求民病利。曾未逾岁，去珠复还，百姓皆返其业，商货流通。”这一事件下文我们会进行详细叙述。 历史上合浦曾有过由官府划定的产珠禁区，封锁海面不许珠民下海采捞，也禁止客商进入，只能在官家监督下采珠。目的并非出于对合浦珍珠资源的保护，而在于给官家更多的豪夺独享。如西晋太康三年（218年），为确保皇室的珠宝供应，晋武帝就下诏，令派兵把守廉州珠池，规定庶民不得入内采珠，一应采珠事宜，须由官府统一部署。
晋泰康二年冬，孙吴政权又定珠禁，禁止珠民采珠。珠民生活又告贫困。晋平吴后，陶璜上书，请准开珠禁，允许群众贸易往来，珠民生活又得以复苏。史载：“合浦百姓采珠为业，用珠贷米，而三国孙吴时，珠禁甚严。吴归晋后，陶璜乃请准，每年自10月迄翌年2月，非采上珠之时，听商族自由来往，民困一苏。” 唐朝的天宝元年（742年）至广德二年（764年）间，封建统治者逼迫珠民进贡珍珠，致使合浦珍珠采捕无度，对南珠开采近乎杀鸡取卵，珍珠资源受到严重破坏，致使合浦珍珠贝发生了历史上自“合浦珠还”后的第二次大迁徙。正如唐朝宁龄先在《合浦还珠状》说：“合浦县内珠池，天宝元年以来，官吏无政，珠逃不见。”大诗人元稹在《采珠行》中也写道：“海波无底珠沉海，采珠之人判死采。万人判死得一珠，斛量买婢人何在?年年采珠珠避人，今年采珠由海神。海神采珠珠尽死，死尽明珠空海水。珠为海物海为神，神今自采何况人。”
另外，早在唐朝合浦就有人将贝壳磨成佛像插入珠蚌，三年后取出，这就是合浦最早的佛像珍珠。 公元962年宋太祖诏令合浦置媚川郡，定珠课，开始下诏采珠，南珠正式作为贵重物品，定期向朝廷进贡。公元972年，岭南小皇帝刘鋹，为了讨好宋太祖，特地用合浦珍珠，制作成鞍带，称为“珠龙玉鞍”献宋太祖，宋太祖非常喜爱，曰：“鋹能以筱工巧，移于治国，岂至灭亡哉”。
自宋太祖建陆三年到绍兴二十六年，宋朝190多年中，合浦珍珠遭到严重捕捞，沿海一带珠贝资源枯竭，官兵迫使珠民到与越南交接处水深百丈中采珠，大批珠民葬身巨鲨腹中，人民怨声四起，唐代李白诗曰：“相逢问疾苦，泪尽曰南珠”。
宋代时有珠民将采捕到的珠贝放在池中管养，珠贝长大后，将鱼目投入，两年后得鱼目珍珠。清《岭南偶记》记载：“廉州疍人以鱼目插入珠蚌而成珠……此乃鱼目混珠”，可见合浦珠民的聪明智慧。
元代延佑4年12月复置廉州采珠都提举司，专事采珠。7年6月，罢采珠。元顺帝至元3年，复立采珠都提举司，同年4月又罢采珠。
明代是中国历史上采珠最盛的一个时期，也是对合浦珍珠资源的破坏、对珠民的压迫最为严重的一个时期。
正统年间，明英宗朱祁镇派太监来合浦监守珠池。成化年间，明宪宗下诏进行了一次珍珠试采，得珠14500余两。
明朝弘治十二年（1499年），明孝宗朱祐樘下诏征集雷州、琼州、廉州等府船800艘，征集8000人，费银万两，采珠28000两。这次大采，在海上病死的军士水手300余名，溺死军士水手280名，被风浪打坏船70艘，30余条船成了无人的空船。这次大采也是合浦采珠史上采得珍珠最多的一次。
明朝正德九年至十三年（1514—1518年）明武宗朱厚燳又先后两次下诏采珠，珠民没有息肩之期。
嘉靖五年（1525年）又复采珠，这一年冬天合浦大雨雪，池水结冰，树木折断，民多冻死，而珠民仍被迫下海昼夜采珠。当时巡抚都御史林富在上疏给嘉靖皇帝说：“嘉靖五年（1526年）采珠之役，死者万计……”嘉清年间还在合浦建成白龙村珍珠城，专门用来加工合浦珍珠。明朝嘉靖四十年(公元1561年)，乐民池“珠蚌夜飞迁交趾界”(《粤闽巡视纪略》)，合浦珍珠贝又一次迁往交趾边界，这是历史上的第三次合浦珍珠贝大迁徙。
明朝天启年间(公元1621年~1627年)，珠池太监擅权虐民，造成合浦海中珠螺“遂稀，人谓珠去矣。”(《合浦县志·事纪》)。合浦珍珠贝第四次逃离了合浦沿海，之后，合浦珍珠产量渐微，再也不可与全盛时期同日而语。
明代后期廉州府屡遭倭寇骚扰，战乱连年，加之合浦在此期间先后有7年发生大饥荒，有三次大瘟疫发生，百姓死亡无数。在这情况下，监守珠池太监继续在合浦恃势为奸，横征暴敛，搜刮珠宝，上贡朝廷。 到了清代，合浦采珠业便渐趋衰落，自清顺治元年（1644年）至康熙三十四年（1695年）的51年间，第一次下诏试采珍珠，因所得无几，次年罢采。乾隆十七年（1752年）9月下诏采珠，然而，这次采珠也却一无所获而罢。
清朝乾隆年间，采珠变为掠夺式开采，不但在珠池捕杀珠贝，还远去深海滥捕母贝。清朝末年，每当采珠季节，合浦沿海只有20余艘渔船采捕珍珠。每天采珠约5—10市斤，本地和外地珠商也不再经常到合浦沿海收购珍珠。 到了中华民国时期合浦采珠业更是一落千丈，1944年在采珠季节，合浦沿海只有几艘珠船采捕珍珠，日产珍珠只3－5市斤左右。解放初期每逢秋后采珠季节，沿海常有几艘船只采捕珍珠，每日只采珠一二市斤，可见珠源已十分枯竭。
新中国建立后，党和国家对合浦珍珠极为关怀，合浦珍珠获得新生，重放异彩。1957年11月，周恩来总理指示：“要把合浦珍珠搞上去，改变几千年的自然采珠为人工养殖。”
1958年3月，我国第一个人工养殖海水珍珠基地在合浦营盘建立，同年，中国人工插核育珠的创始人陈敬仪在合浦珍珠场进行马氏珍珠贝人工插核育珠试验获得成功，1959年我国第一颗海水珍珠养殖成功。1961年在北部湾畔建成了我国第一个人工珍珠养殖场。1962年，湛江水产学院的无核淡水珍珠养殖研究取得成功。1965年，中国科学院的南海海洋研究所、北海珍珠总场在东兴珍珠场进行马氏珍珠贝人工育苗又获成功。这项属全国突破性的成果，结束了合浦乃至全国海水珍珠纯天然采集的历史，开创了珍珠养殖生产进入全人工培育的新纪元。南珠养殖从此步入新的发展时期。
从60年代起，中科院和水科院有关单位开始对白蝶贝及其珍珠养殖进行研究，70年代取得白蝶贝育苗成功，这一技术至今仍为世界领先。81年养殖出“中国珍珠王”。
1978年以来，合浦的珍珠业发展更快，二十世纪八十年代合浦人工养殖珍珠开始发展，1982年正式成立了广西珍珠公司，并相继在防城港、钦州、合浦等地建立了三个珍珠养殖场地。养殖面积从1981年的110亩增加到1990年的2100亩，增长了18倍多，产量从14.5公斤增到600多公斤，增长了40多倍。1991年广东汕头绍河珍珠养殖公司生产出有核淡水珍珠，为圆形淡水珍珠形成产业开创了道路。二十世纪九十年代后，产量大幅提高，1994年产量达到5000公斤，年产量已达到7000公斤。
改革开放以来，在政策和市场的驱动下，合浦珍珠的资源优势和技术潜力得到了进一步的发挥，形成相对独立和比较完整的生产体系，迄今为止，合浦县人工养殖珍珠已经历了几十年的发展过程，以合浦珍珠为代表的南珠，产业化已初显端倪。
