蓝藻,又称"蓝细菌"，是一种广泛分布于全世界水体中的光能自养型原核生物，能进行光合作用和固氮作用。
在正常生态环境中, 水体中蓝藻数量维持在正常范围，但人类活动的加剧以及对于水环境管理的缺乏造成了全球范围内的水体污染, 其中以水体富营养化尤为严重, 且有不断增加的趋势。水体富营养化对于生态环境具有严重的危害, 而藻类水华现象就是其中之一。蓝藻在大量生长的同时, 其次级代谢产物藻毒素也在水体环境中大量积聚, 从而对环境中的各种生物构成威胁。
在水产养殖的水体中，蓝藻大量繁殖以及死亡藻类的分解，消耗大量溶解氧，可以导致水体缺氧甚至无氧状态，易导致养殖水体发生泛塘。蓝藻大量死亡时可产生藻毒素、大量羟胺及硫化氢等有毒物质，直接危害水生动物。死亡的蓝藻释放大量的有机质刺激了化能异养细菌的生长，其中部分对养殖动物是致病菌，导致继发感染细菌性疾病。这种情形和虾蟹养殖过程中倒藻引发虾蟹塘发病的情形类似。
养殖水体中常见的蓝藻可分作两类：营个体生活的丝状蓝藻，包括颤藻、鱼腥藻和螺旋藻等；营群体生活的单胞藻，如微囊藻等。其中微囊藻在水体表层大量聚集而形成的肉眼可见的藻类聚集体，是水产养殖中最为常见的蓝藻水华。因而微囊藻毒素是藻毒素中最常见的类型之一。
微囊藻毒素是一组单环七肽物质, 其中有两种可变氨基酸, 到目前为止, 根据甲基化、羟基化、表异构化程度以及可变氨基酸的不同, 已经发现了80 种不同的微囊藻毒素的亚型。由于其肝脏、肾脏等器官毒性以及强促癌性, 微囊藻毒素已被认为是严重威胁野生动植物以及人类健康的环境污染物并得到广泛关注。
由此可见，蓝藻无论其活体还是残体对水生动物都有明显的生物学危害，因而水产养殖中对于蓝藻的防治尤为重要。根据个人的理解，从6月份开始，防治以改变其生长条件为佳，生物吞噬次之，化学杀灭是最后选项
水体中的水藻不单能导致水体腥臭和发绿发黑，更严重的是可以产生藻毒素，包括生物肽（肝毒素）、生物碱（神经毒素）和脂多糖（皮炎毒素）等。这种急性毒素可使饮用此水的陆生动物中毒死亡，其慢性毒素则以微囊藻毒素为代表，可经口、皮肤或随水气挥发等途径进入人体造成危害。藻毒素可以通过食物链传递，而且藻毒素易溶与水，耐热性强，自然降解过程十分缓慢，常规的方法很难完全消除水体中的藻毒素。家畜及野生动物饮用含藻毒素的水后，会出现腹泻、乏力、厌食、呕吐、嗜睡、口眼分泌物增多等症状，甚至死亡。病理病变有肝脏肿大、充血或坏死，肠炎出血、肺水肿等。对于人类的半致死剂量（LD 水藻
50）约为50~100 ug/kg。人们在洗澡、游泳、观赏喷泉及从事水上休闲和运动时，皮肤接触含藻毒素的水体可引起敏感部位(如眼睛)和皮肤过敏；少量喝入可引起急性肠胃炎；长期饮用则可能引发肝癌。1996年在巴西造成100多名急性肝功能故障，7个月内至少50人死于藻毒素产生的急性效应，引起举世瞩目的关注。淡水水体中的蓝藻毒素已成为全球性的环境问题，世界各地经常发生蓝藻毒素中毒事件。
