第一关：山洞
（物品：7；秘密地点：3；敌人：14）
顺着地上的脚印一直向前，注意躲开墙上的毒镖。走到前方一个四四方方的洞中，站到左前方的洞前，先来个漂亮的后空翻跳上身后的斜坡，再按一个前跳就可以扒住洞口的岩壁，进去后得到一个药包（秘密地点1）。出洞往回走，爬上右边的通道，打死两只蝙蝠后左拐向前跑，跳跃扒住岩石边缘，上去后干掉几只蝙蝠，得到另一个药所（秘密地点2）。然后回到大路上，进入长满杂草的山洞，跳进通道走到尽头，拉开关打开石门。
进去后不要理会好个竹栅栏门，人角落里的洞口爬上去，进入一个有两座桥的大房间。干掉底下的两只狼后，穿过大房间进入另一个天地。这里中央有一道沟，如果你有兴致的话，可以拽出双枪慢慢消遣沟里的那只棕熊，打死几只蝙蝠后通过暗门回到有桥的房间，可以得到一个药包。不过最终你还得跳过那道沟，走下台阶进入前面的房间，立刻拔枪干掉猛扑上来的恶狼。前面有一扇紧闭的石门，你应该会注意到大门右边的一个石台上有个扳手开关，拉动它就可打开大门，但有时间限制，所以你必须在开动机关后，迅速地爬上中间的台子，冲出大门才行。否则时间一到，你的头只能撞在冰冷的石门上了。还有个秘密等着你呢——在大门左侧的草从中隐藏着一个小门，门前有一段突出的岩石正好可以爬上去（秘密地点3），哇！里面有个大药箱呢！
第二关 维卡巴玛城
（物品：11；秘密地点：2；敌人：29）
跑进本关第一个房间后，迅速干掉冲上来的四只狼，从任何一个出口出去，途中要经常往上看，解决掉路上遇到的狼和蝙蝠，最后来到一间中间有一个大水池的房间。房间的一侧有一排马棚。你一靠近就会有一只大熊扑过来。干掉它后，你可以在马棚顶上找到一个药包。来到大水池旁，跳进水中一直往前游，在前面丁字路口向右拐，游到头后找到左上方柱子后面的开关，扳动它可打开一道暗门。现在赶快检查你的氧气余量，如果还有差不多一半，便可游到另一边，扳动墙上一木开关。会有一个暗门在你头顶上打开，赶快上去透透气（秘密地点1），爬上岸得到一个药包和些弹药。接着顺原路游回去，这次你可以在丁字路口向左拐，游到尽头，上岸后进入一间有四个蛇形雕像的房间，雕像旁的暗门已经被你打开了，在里面（秘密地点2）可以找到一个药包和一些电磁枪子弹。在这个房间里找到一个类似斑马条纹的开关，打开它后，沿着台阶上到窗口，你会发现对面房的墙上有一个骷髅制成的壁龛，里面有个药包。为了得到它，你必须完成一次冲刺跳跃。因为那个房间中的台阶一点也不结实，一踩上去就碎了，所以你只有一次跳跃机会，如果失败，你会落到下面一间像牢房一般的四四方方的屋里。不过不必着急，也不用伤心，只要稍加留意，你会发现有一面墙上嵌着一块与众不同的石块。赶快把它拉出来，踩上去后轻松往上一跳，就能拿到壁龛中的药包了。然后再把这块石头朝里推进去，推到尽头便可进入石块后面的房间。干掉蝙蝠后，拿到一把银钥匙和个金像。再爬到上一层，干掉几只蝙蝠，顺路捡起个小药包后从窗口跳下，又回到了原来的大房间。 玩客帝国游戏网
用钥匙打开锁着的门，穿过毒镖阵来到一个大洞中。前方是一座神殿，而你此时正处在神殿门前的广场上。杀死扑过来的5只灰狼后，进入左边那道门。经过一连串跳跃，来到顶层平台，在一面墙上找到一个开关，扳动它打开神殿右侧的门。从窗口中小心地爬下来，途中又找到一些药我和霰弹枪子弹。回到神殿前，进入右侧的门，再表现一番敏捷的身法，上到顶层后，扳动开关打开神殿中间的大门。跑进这道门，从晃来晃去的几把大斧子间穿过，扳动栅栏门旁的开关——门开了，却不是栅栏门，而是你脚下的门。不必奇怪。扑通一声掉进水里的正是你。好在你水性颇佳，顺势潜水游进里面的房间，向前游进右边墙上的叉路，上岸后拾级而上，在顶层扳动开关打开通向出口的栅栏。接着掏出枪来站在窗口，和下面那只饿熊打个招各，叫它“睡”下后，便可大大方方地下到大厅里。从对面的楼梯爬上去拉下机可关掉巨斧机关。在右后方的墙角有个向下的阶梯，跞下去可找到冲锋枪子弹。而后回到大厅，用金像打开出口处的大门过关。
第三关：失落的谷地
（物品：16；秘密地点：5；敌人：12）
沿着通道向前走，一条澎湃的河流出现在眼前。右边有条路，走过去，站在路边一块岩石上，远远望见下面谷地里面有两只灰狼正蹲在水边发呆，于是掏出双枪来个远射。放倒两只狼后进入谷地，爬上瀑布对面的山洞，干掉里面的狼。从一个有扇形痕迹的地方向上爬，再向上爬，捡起一个药包。接着向前走，发现了那个传说中迷失的山谷。下到谷中，没走几步便听到一种“嗵嗵”的脚步声。赶快来个滚翻往回跑，爬上刚跳下来的崖壁，回身一看原来是一只红色的迅猛龙，正气急败坏地在你脚下徘徊，拔出双枪解决它！而后再入山谷，如法炮制干掉另一只迅猛龙。走进山谷深处，你注意到地上有巨大的脚印和山谷中被扯断的绳桥，突然，大地颤抖起来，一头小山般的霸王龙从黑暗中冲出来。你发现右边一条瀑布旁有个小洞，连忙跑了进去。霸王龙迈着沉重的步伐追来，无奈它过于庞大，无法进洞。你顺着山洞跑到山谷一侧的一个高台上，准备好双枪恭候霸王龙的“光临”。经过向次连射，霸王龙终于横尸荒谷，你可以继续深入探索这失落的山谷了。
在一处有两条瀑布的地方，爬进右侧瀑布右边的洞空（秘密地点1），可得到一些霰弹枪子弹。出来后爬上两条瀑布之间的岩石，攀住岩缝平移到瀑布中央，进入秘密地点2，又得到一些霰弹枪子弹和冲锋枪弹匣。接着来到断桥下面，进入草丛后面的洞中，干掉里面的迅猛龙，一直走到一条小瀑布前，爬上它右边的几层岩石，在最高处可找到一个齿轮。下来后跳进水中，游出水面，向山谷深处神殿的方向走，干掉那里的两只迅猛龙后，在神殿里面的水池底部一个小洞中找到第二个齿轮。从神殿大门出来后（背对神殿），在右边的山岩旁找到一块能爬上去的岩石，施殿你高超的跳跃攀岩技术，连续攀上四块岩石，最后跳到神殿顶上（秘密地点3），得到药包及多种弹药。欣赏过壮丽景色后从右前方滑到地面上，爬进神殿左边岩石上的洞穴中，一直来到断桥后边（存好盘啊！），做个深呼吸，然后一冲刺！跳！扒住对面的断桥！走进前面的洞穴，找到第三个齿轮。
下到地面，回到开始时的河河边。现在向左走，经过一连串有惊无险的跳跃攀岩，最后通过一座木桥来到一排齿轮机关前。将先前找到三个齿轮取出来装好，再扳动开关，关闭了水闸。这时，不要从桥上回去，扒住桥边缘的岩壁向左挪动身体，跳到一块岩石上。接着向左走，得到一个药包（秘密地点4）。然后游泳到水坝前，浮出水面后爬上岩石，你会在一具骷髅旁找到一支霰弹枪（Yahoo！）。跳回水中，一直游到隧道里面去，找到向上的出口后浮出水面，就到达秘密地点5了，可以得到霰弹枪子弹和药包。走出门去，跞到干涸的河床上。朝着原来瀑布的方向走，跳进湖中，进入原来被瀑布挡住的通道，打开门后过关。
第四关：克洛贝克古墓
（物品：7；秘密地点：3；敌人：7）
沿着通道进入这华丽的古墓，当你顺着前方的斜坡向上走时，一个大石球迎面轰隆隆地滚下来。赶快来个滚翻向后跑，跑出通道闪在一旁。扳动角落里开关打开一边的门，立刻转身，同时拽出散弹枪干掉冲出来的两只迅猛龙。进入刚打开的门，穿过右边的门，将灰色的石块向前推两次，然后左转将另一石块推开，爬上石块，跑过摇摇欲坠的地板，开动对面的开关。往回跳过陷阱回到上一间屋中，进入画着圆圈的门，看到里面墙上有个开关，不过下面有个陷井，但由于没有别的路可走，只好硬着头皮去踩。掉下去后立刻干掉三只老狼，移开前方的石块打开通道走进去，下到坑中拿起药包，再从另一边爬上去。拾级而上，到顶层扳动开关后顺原路回到先前的房间。进入门上画着 “美丽”图案的房间，墙上的开关暂时不动。跳进左边的大屋，进入左边的通道，来到一个石柱上，再跳进左边的洞里。顺着通道上上下下走到底，看到有两边可以跳下，其中一边可以看见一排刀子——对，就去那边。踏上第二根石柱后往右跳进墙上小洞，扳动开关移到石块。回到刚才没动过的那个开关。进入右边通道并跳到石柱上，再来几次冲刺远跳进入右前方的洞中，拉下开关后顺后路返回开始的房间，途中干掉一只迅猛龙。
接下来进入新打开的通道，冲过毒箭阵。从最后一支毒箭右边爬上去，走到雕像后面到达秘密地点1，迅速跑到房间左上角，得到霰弹枪子弹。再紧贴着左墙下到陷井里（秘密地点2），得到电磁枪子弹，然后慢慢走出去。
继续往前一直跑进神殿大厅，一具王者的尸骨坐在正中的宝座上，你是不是觉得它左手的那个木乃伊看起来不太顺眼?掏枪打倒它吧。祭台前，你要找的古文物Scion 的一埠碎片就在上面放着！
跑出通道跳进大水池中，在水底右边有个不太显眼的小洞口，进入后浮上水面便可找到秘密地点3，得到药包和电磁子弹。返回大水池上岸收拾掉袭击你的人后，就可以欣赏一段精彩的动画准备进入一下关了。
第五关：古怪的建筑物
（物品：18；秘密地点：4，敌人：21）
因为有两头狮子在前面“恭迎”你的光临，所以一开始就立刻向前狂奔，爬上前面最近的一石头（如果动作稍慢一点，狮子的舌头就会舔破你的脚跟），而后拔出双枪舒舒服服地练一回“移动爬”射击。“训练”结束后，推动右前方的石块打开左前方的大门，握紧枪走进门，解决掉两只不老实的猩猩后扳动开关，跑上左边台阶，放倒一只猩猩，打开另一开关。人这个房间出来后，你发现有个人躲在暗处向你射击，你一个健步冲上去，赏了他几十颗子弹，打得他落荒而逃（你打不死他）。接下来继续做你的事——推动石块打开另一扇大门。然后爬上石块跳上一边的小石柱，如果你对左前方墙上的小洞好奇的话，就调整好呼吸，来几次长距离冲刺跳，进入小洞后隐约可以看见上面有些宝物，怎么上去呢?来！站在门口，面对右边的斜坡（尽量靠门口站，脚尖紧顶着斜坡），先来个前跳，再接个后空翻就可以抓住上面的岩壁（要诀是不松开跳跃健，并在侧翻时按下“动作”键，一气呵成）。爬上来后故技重施，就可以到达左上方的秘密地点1，拿到药包和霰弹枪子弹。然后回到最初的小石柱小，跳上另一根柱子，捡起上面的一个药包，再跳到墙壁突出边沿上，一路跳过去，进入打开的大门。进去后沿一道长长的斜坡滑下去（最好先存盘），大约距末端有一大步距离时跳起，落到下面的另一个斜坡上（不成功就会掉进水里，小心鳄鱼喔！），再接着一跳，就可以抓住对面的岩壁，进入秘密地点2，拿到霰弹枪子弹和药包。而后往前跑，落到下一层。先不管一边的开关，准备好枪，击毙水池里的鳄鱼，然后潜水从另一出口浮出水面。上岸后来到秘密地点3，那里有更多的霰弹枪子弹在等着你。拿过子弹后返回原先的屋子，拉下开关把水放掉，然后跳进通道里，顺着通道来到一间宽阔而又复杂的大厅。
这间大厅上下共四层，每层各有一个门和一个机关。先到上层的平台，干掉蝙蝠后下到右边的平台上，再下到地面，扳动开关打开雷神之门（Thor）。然后向右跳，踩到灰色的砖，打开一个定时关闭的暗门，快速冲进这道门，进入秘密地点4，拿到药包和电磁枪子弹。回大厅扳开关打开大力神之门（Atlas），再上台阶住平台的边缘爬上去，跳到另一个平台上，开枪除掉蝙蝠后得到电磁枪子弹。接着跳到第三个平台上，在拐角处扳动开关开海神这门（Neptune）。现在你可以进入雷神之门了。进去后躲开电浆球发出的闪电冲进下一房间。在这里你必须站到地上的标志上，注意头顶上的动静——那可是雷神之锤，算好时间后跳，巨锤砸下，震落了几块石头。移动那些石块并利用它们到顶层，拿到药包后跳到右边的平台上，在里面的小屋里可以找到雷神之钥。
离开雷神之门后，向左跳到一个看起来与众不同的平台上。这时，那个曾被你打跑的人又来偷袭你了，先不管他。跳到右边的小平台上干掉两只蝙蝠后，再转身跳一台间的平台上，上去扳动开关打开战神之门（Damocles）。接着进入先前打开的大力神之门，干掉门口的猩猩，往里走进一道铁门后才发现铁门被关上了。顺着斜坡向上没走几步，便有一个大石球滚了下来，立刻转身往回跑，在跳进一个坑中的同时石球从头上掠过，落在眼前。捡起脚下的药包爬出坑，继续向坡上跑，跑到一半时向左跳到旁边的平台上，找到大力神之钥。
离开大力神之门后，跳上最顶层的平台，进入海神之门。这里只有一潭深深的池水，准备好了吗?跳进水里，沿主通道迅速游向深处。你必须注意适时向左游进一条小通道，在其尽头扳动墙上的开关后返回主能道，继续向胶找到海神之钥。而后赶快脱离这鬼地方吧！
离开海神之门后，跳到中间的平台上，一层一层地爬下去，来到战神之门前。进入这道门内，不用理会天花板上的剑。走进内室后，拿走战神之角，这时你可得小心，外屋的剑已经摇摇欲坠了，你必须慢慢地朝外走，这亲一旦有剑掉下来（注意剑的影子），你只要及时收住步子，便不会被刺中。
离开战神之门后，跳到下面的小平台上，两头狮子和那个偷袭者已经恭侯多时了。你来到最底层的大门前，用找到的四把钥匙打开四把锁，开门进入下一关。
第六关：大竞技场
（物品：14；秘密地点：3；敌人：25）
进入本关先干掉水池中的鳄鱼，游到对岸后赶快准备好你的武器，因为你马上要对付两头守卫在这儿的狮子。解决后进入神殿大厅，慢慢走近楼梯，会有只狮子突然跑出来。干掉它后，你发现楼梯上方的铁栅栏门是关着的，只好退出大厅。出来后向右拐走到尽头，爬上神殿对面的岩石，跳到神殿上，顺着这层平台一直走到最左边找到一个药包。然后原路返回。爬上上一层平台。顺着这层平台走到最左边，仔细观察，你会发现以面岩壁上有个岩洞。跳到洞口的石头上，顺着岩石滑下去，朝水池左上方看，你会发现一条通道。想办法跳进通道中（秘密地点1），可以找到一些霰弹枪子弹。原路返回，进入刚才没进去的那个岩洞。干掉坑中的两只鳄鱼，捡起坑里的药包。爬出坑后先别急着走，仔细看右边岩壁上有条裂缝，扒住裂缝平移到足够的地方，钻进去到达秘密地点2，找到霰弹枪子弹。离开这里继续向前走，从一个洞中进入神殿，拉动开关打开一道铁门后进入一座巨大的古竞技场。
进去后那个讨厌的“尾巴”又来纠缠，打跑偷袭者后，走上观众席，干掉竞技场内的狮子、美洲豹和狸狸。而后下到场中，进入左边墙角的门中，走下斜坡，用霰弹枪干掉里面的两只狮子，扳动两个开关分别打开主席台右边的门和通往场内一个大坑的门，穿过这道门进入大坑中。这时你能听到上面野兽的吼声，趁它们还离得远，赶快爬出坑向主席台右前方的角落狂奔，如果有野兽挡道就从它们头上高高地跳过去。当你地跑到竞技场的一角，你会发现那里有一块岩石可以爬上去，走到主席台右边的门，顺着斜坡滑到下面的房间中。走到里面踩到灰色的地板，可以打开两道栅栏门。由于这里所有的门都是定时关闭的，所以你必须迅速完成以下动作：跑进左边的门扳动开关打开右边门内的另一道栅栏门，然后做滚翻出左边门进右边门，扳动最里面的开关，打开外屋墙上一道魄的石门捡起一个药包后离开右边的门。进入白色的石门，小心翼翼地走过地上的“长钉阵”进入左边通道，沿通道一直向，爬过几层平台（注意有一层平台在黑暗处，需按住“动作”键仔细寻找），你可以从岩石的最高处找到一些霰弹。接下来还要跳、跳、跳，跳到主席台上，进入贵宾席。干掉休息室里的两只猩猩（记住这个地方！）。进入下一房间，拖动石块，进入它后面的通道中，那里面虽然很暗，但你还是能找到一个药包和一个开关，然后按原路返回竞技场内。
来到主席台以面的观众席上，面向观众席，进入左上角的门，干掉两只蝙蝠后朝有亮光的地方跑去。这时栅栏门在你身后关上了，一个大石球滚了过来，要想活命就赶快跳进脚下的陷坑！石球过去后爬出陷坑跳上斜坡，顺道通道向前走左转找到一个开关，用它打开观众席右边角落里的门，然后滑下去回到起点。接下来准备好你的武器，那个讨厌的偷袭者跟着一只美洲豹又来找你的麻烦。打偷袭者后，进入观众席右上角的门。当你走过一根柱子旁时是否听到了开门的声音——没错，就在你头上很高的地方有一道定时关闭的暗门，这里需要你表现一套最完美的身法，借助高高低低的石台“飞” 进暗门中去：首先面向那根“开门柱”右侧的地板机关，背靠进门的那面墙站好，然后向前跑（经过柱子打开了上面的门），在适当的地方跳起，刚好落在前面石台子右角，然后顺势右空翻，再后空翻，再左空翻，再往前一跳，就可奔进暗门。注意这些动作一定要准确、连贯，否则不管怎样时间都不够。进门后便是秘密地点3，这里有两个药包、一个冲锋枪弹匣，以及一把你盼望已久的电磁枪，（比你原来的双枪威力大一倍）。出暗门向左跳，扳动开关打开观众席另一角的门，然后下到地面回到观众席。进入你刚刚打开的那道门，里面有一个机关可以打开主席台休息室里面的门。
另外还有一池水，潜下去拿到休息室内铁门的钥匙。然后去主席台休息室（这时你还得小心那个坏家伙可能跑出来袭击你！），进里面的门拿到药包，然后用刚找到的钥匙打开栅栏门。进入这道栅栏门后一直向前游，迅速找到上端的出口，上岸后干掉跟在后面的鳄鱼，扳动身的机关，然后返回原来的通道一直向前游……
终于过关了！
游戏刚开始是七釜户博士的介绍，有三个选项，选择第三个选项后，下屏出现一个精灵球，点中间的按钮会出现绒耳兔，博士说明完后选择主角是男生或者女生，然后改名；接着是给对手起名，完后便是冒险的开始了。
剧情开始时是电视的播放，介绍七釜户博士的研究所，正准备下楼，对手便跑来叫主角一起去博士的研究所，下楼后妈妈说对手正等待主角，还叮嘱小心草丛中出现pm。出门后到镇的西北方对手的家门前，对手正刚好出门，他跑了几步后，发现忘带东西了，于是又跑回家中。到他家的2楼找他，他带上东西又跑掉了。到201路，两人正被草丛拦住去路，当准备冲过去的时候，博士来了，话中副主角提着手提箱来到，博士让主角先选pm，走到箱子边调查箱子，在三只pm中选择一只，之后对手也选择pm。博士和副主角走后，对手提出对战。
战后回到家中，妈妈给双跑步鞋后，去博士的研究所吧。刚离开镇，等待的对手却拉主角去看看湖边，到神事湖畔，看到蓝发的赤木，赤木走后终于可以去研究所了。过了201路来到真砂镇，副主角说和主角一起入研究所，刚到门前，对手又出门来，跑了。进入研究所，博士正式把选择的pm送给主角，并把图鉴交给主角。刚出研究所，副主角说要介绍建筑物设施给主角，刚走一步，博士从研究所出来，送给主角招式机器27。介绍完设施后副主角要主角先回家一趟，他在202路等待。回到家中，妈妈让主角先休息一下，然后才正式出发，刚休息完，对手的妈妈来了，说对手忘记带东西便跑了，主角帮忙带上，见到他时给他。离开家后，来到202路，副主角来教怎么捉pm，之后送了5个精灵球给主角。
过了202路后，来到长寿市，刚进市，副主角又迎来了。谈话中发现一个鬼鬼祟祟的人，自我介绍后原来是一名刑警（名叫handsome，应该是行动代号），给主角一个战斗记录器后便闪了。在pc旁的精灵学院找到对手把东西交给他后，他给主角一副地图。离开学院后，有被一大叔拦住，要主角找在这城市中的三位小丑npc并要得到他们的三张奖券，三个小丑的问题都选择“是”即可。拿着3张奖券到原位找到那大叔，大叔给主角附带很多功能的“手表”（下屏）。
城市和218路过道中的钓鱼者处可以得到低级钓竿，218路有水路，没办法通行。而204路的洞中有石头阻挡去路。从城市的东边离开，刚到203路，对手拦上来要挑战。胜利后继续走，进入黑金大门，洞里的NPC大叔给主角密传机06。走出洞后，来到黑金市，一个男孩拉着主角到道馆门前，对手在道馆门前等待馆主。馆主不在道馆，也挑战不了，游览一下城市吧。到城市南边的矿场看看，深处发现馆主，馆主得知有人挑战道馆，马上回道馆了。回到道馆，在门口等待的对手不在了，进去挑战吧。馆主使用的pm：lv12小拳石、lv12大岩蛇、lv14肿头龙，打败馆主后得到徽章和招式机器76。
207路有滑坡挡路，唯有经原路回长寿市。回到长寿市，会碰到“英俊”刑警。GTS已经可以使用了。还是去204路吧，就在离204路不远的位置，看到博士和副主角，被两人缠上了，去看看，结果要对战，两主角并肩作战。战败的两人见状不妙，逃离了。博士告诉主角那是银河团，一个反派组织，他们正在进行他们的计划。说完后博士和副主角离开了，一位电视台的工作人员npc来送给主角化妆盒。
来到原来204路山洞里的石头处，现在有徽章，可以使用“碎石”了，把拦路的石头打碎后，沿着204路来到园宁镇。门口有两颗果树的是花店，果树能收成到果实，花店内可以得到浇水用的水壶。带上草刺猬找到镇中的一位npc可以得到让草刺猬变成天空形态的道具“花束”。在园宁花圃进口处有银河团，不能进入。
镇的东边是205路，刚走几步，一位小妹妹npc拦了上来说要找爸爸，河中的桥上有银河团堵住去路，继续向东走，来到谷间发电厂，门口有银河团员守卫，战胜后他逃进发电厂里面并锁上门，不过却透露了钥匙在园宁镇里的同党手上。回到园宁镇，原来园宁花圃进口处的银河团不见了，进去园宁花圃，两个银河团正在围攻一位npc，银河团发现主角，便与主角对战起来，败后又跑了，npc感谢主角，送给主角蜂蜜和发电厂的钥匙。回到发电厂，用钥匙开门后，终于能进入发电厂了。摆平里面的喽罗银河团员后，银河团4干部之一来挡主角，战胜她后全体银河团光速逃离。解救发电厂后，原来那拦路找爸爸的小妹妹npc来到，找到她爸爸。离开发电厂，刚出门，“英俊”刑警来到，知道里面的银河团都解决后夸奖主角（你不是要主角来扫场，你来得功劳来么？），并交代白岱市有银河团的基地，要主角去扫场（果然）。
原先205路桥上堵路的银河团已经不在了，向北走，白岱森林前的小屋可以恢复pm。进入白岱森林，一名npc上来要组队过这个森林。一路双打，到东北方的出口，这位npc为感激主角，送给主角安闲铃。走出白岱森林，又回到205路，过了几位钓鱼者后来到白岱市。
先挑战道馆吧，这道馆有3位训练员，每战胜一名道馆里的巨型时钟的指针会转动，3名训练员都战胜后便可和馆主战斗。馆主pm：lv20若叶龟、lv20樱花苞、lv22蒙面蔷薇，胜利后得到徽章和招式机器86。刑警说过这里有银河团的基地，查看下。刚来到最北方的建筑物时，对手又跑来拉着主角看白岱市神兽的雕像。雕像处见到赤木在自言自语。这两位离开后回到刚才想调查的建筑物时，一位黑衣npc（希罗娜）前来，她把密传机01交给主角后离开了。利用刚刚得到的密传机，这个建筑物门前的小树就看砍掉。进入建筑物，看到很多银河团，身边一个银河团员走过来，原来那是“英俊”刑警伪装的（伪装得和银河团众没区别，无间道么？），把银河团全灭后，到顶楼看见银河团4干部之一威胁买自行车的npc大叔，打倒解干部解救出大叔，夺回皮皮和绒耳兔，大叔感谢后离开了。去他的店铺找他看看，途中又遇到希罗娜，她把一个pm蛋交给主角，让主角孵化。到店中，大叔依然感激主角，还送主角一辆自行车。拜访pc左边的屋里的npc可以得到进入地下世界的冒险套装。白岱市和207路的过道里有博士的助手，对话后他查看主角见到过的pm数量，并获得学习装置（应该是要求图鉴见过的pm超过30吧）。
211路的殿元山里，有大石头不能移动，不能通行。从市的南边的206路继续前进吧。过了自行车桥后来到207路，原来挡路的滑坡不能通行，现在有自行车，在快档下可以冲上这种滑坡了。向东走，来到殿元山洞前，遇到副主角，对话时有选项选择，但无伦选择那个，都会得到挑战器和手表探宝功能。进入殿元山，走了一段路，又碰到赤木，说自己是来殿元山找神话什么的。穿过山洞，来到208路，又一段路终于到缘市的边缘了，在缘市边的屋就是树果名人，每天给主角一个树果。
经过过道，终于到了缘市。刚出过道，一只绒耳兔跑过来，后面跟着一位npc，原来这只兔子不愿回到精灵球里，从这位npc得知这市进行着选美大会。没走几步，一位npc又给主角带路带到选美馆外。既然被带到，进去看看吧。刚进门就看到刚刚的npc和妈妈，那位npc是选美大赛的裁判。妈妈交代一番，给了些东西给主角后回家了。到柜台前和那位npc谈话后他会移开，这就可以参加选美大赛了。离开选美馆，去挑战道馆，不过道馆还没开，貌似馆主去选美了。在商店右边的屋里可以得到装增加选美能力的包子的面包盒，商店左边的屋子里可以制作增加选美能力的面包。在选美馆大厅里，可以找到穿紫色衣服的npc，她就是这个市道馆的馆主，谈话后她会回到道馆。另外得到面包盒后和原来在柜台前，后来移动到柜台边的npc对话后可以得到一个lv60的面包。在pc右边的屋里可以得到依贝。
既然馆主已经回到道馆，那就去挑战道馆吧。进入道馆后道馆npc会教你走法：寻找地面上的蓝色标记，然后找对应形状的红色标记，这个红色标记后的门就是对的，走错门会回到刚进道馆的位置。馆主pm：Lv24夜游灵、lv24鬼斯通、lv26魔梦，获胜后得到徽章和招式机器65。
从市的东南边，刚出过道，来到209路，对手迎上来了，这次是挑战，战胜他后向下一个城市进发吧。这里河边的钓鱼者送中级钓竿。途中有墓塔，但有浓雾。
到达花蕊镇，对手又冲过来，说这里的遗迹很有意思。这个镇有饲养屋，可以让同生蛋组的pm在里面生蛋。遗迹在镇的东边，在最深处可以捡到密传机05。
镇里没有道馆，继续行进。来到210路，在分岔路里，有一间餐厅可以与服务员和顾客对战，分岔路一边有四只可达鸭堵住不能走，只有走215路。215路是终年下雨的。
过了路尽头的过道，来到帐幕市。这个市有最大的百货商场，有游戏中心，银河团的总部也在这里，还有4个陨石，可以改变迪奥西斯形态。市里有屋子里的npc给代币盒，前提要猜中他出的左还是右。
这个市既然有道馆，当然要挑战了。来到门口前，发现副主角也在这里，谈话中，野濑市的道馆馆主从道馆里面出来。好，正式挑战道馆。馆里有车胎堆拦路，需要推动沙包去把拦路的车胎堆破坏，最后到达馆主处，馆主pm：lv28瑜伽猴、lv32鲁卡里奥、lv29豪力，胜利后获得招式机器60。刚出道馆，副主角又来了，说有新情况，到银河团的仓库那里。去到仓库外，和副主角一起打赢两个银河团后，两人跑回仓库，这时“英俊”刑警（OTL）出现，跟着他进仓库，发现有锁锁上，没钥匙开不了，把旁边的密传机02捡起，“英俊”刑警说野濑市能找到某些线索便走了（主角成了灭团跑腿）。
从市的北边出发，经过214路，来到律诗湖畔，过道和警卫谈话能恢复pm体力，222路暂时不能通过。向213路进发，213路是沙滩，一屋子里的npc能检查队伍第一位pm的亲密度，最后终于来到野濑市。
市最北方的是大湿原。市东南方有两胖子npc旁边的屋子里可以回忆忘记了的技能，收费同样是一块心之鳞片一招。市西南方的屋子里的npc每天送一个果实。挑战道馆，刚来到门口，对手挑战。胜利后可以挑战道馆。道馆里地上有按钮可以踩，踩后馆内的水会升或者降，同样基本要把全部的训练员打完才能去到馆主那。馆主pm：lv34暴鲤龙、lv34沼王、lv37双尾浮鼬，胜利后得到徽章和招式机器55。
出道馆门口对手又来了，同时馆主也出来了，跟着他们去到大湿原入口，对手躲在画板后面吓唬主角，同时出现一个银河团，他见状便跑，追上去，过道，过道边，沙滩，律诗湖畔旅馆边，最后在律诗湖畔入口和这个银河团战斗（途中“英俊”刑警也有出现“追捕”），胜利后这位银河团慢慢地走回帐幕市。同时希罗娜出现，问主角是不是见过有生病的可达鸭，无伦回答哪个都能得到秘传之药，回去210路分岔路口吧，就是那群堵路的可达鸭。把要给可达鸭后，可达鸭群终于走了，希罗娜出现，见主角为她当了回跑腿，便把“护身符”给了主角。终于可以走210路了，过了高草丛后的路段会有浓雾，用清雾清楚即可。
过了210路来到冠凤镇，镇中央有两个银河团，挑战他们。胜利后一位老人npc来感激主角，当她看到主角有“护身符”时很惊讶，原来这“护身符”是这个镇里的东西，交还给老人后进入洞里，老人也跟着进来，解释图标是这里的神，古代流传至今，整个新奥地区的神传说。说着说着，赤木出现并战斗，战败的他又跑了，似乎他也是为传说而来。老人交给主角密传机03，让主角去解决传说的事。
出洞后，希罗娜出现说去美央市的图书馆看看能知道什么。回到长寿市，这次有冲浪，可以过218路的水路了。上岸后走点路便来到美央市。
过道理博士的助手给主角图鉴增加区别pm公母，之后又走了。来到美央市，商店上方屋子是忘记技能的npc所在地。刚过吊桥，对手便来挑战，战胜他后他又不服气地跑掉了。还是先去挑战道馆。道馆里有很多有“+”标志的升降点，站上去后会自动上升或者下楼，如果有线连接的则水平移动。馆主pm：lv37三合一磁怪、lv38大钢蛇、lv41垒角龙，战胜一堆钢铁后得到徽章和招式机器91。
刚出道馆门口，被对手拉到图书馆门口，却被对手嘲笑没有“怪力术”，快去钢铁岛吧。到美央市的码头乘船到钢铁岛，在钢铁岛洞口看见波导勇者，和他对后得到密传机04。洞中和他结队打银河团。得到密传机04后回到美央市，和图书馆门口的对手对话后一起进图书馆。来到顶楼，博士和副主角都已经在等候了，博士说新奥地区的三个湖和传说有关，到各个湖看看，副主角和博士到神事湖，对手去英知湖畔湖，主角去律诗湖。正当准备出发，这时突然又地震了，随后电视上出现火山爆发。这时有水手来说律诗湖出现奇观。
到律诗湖畔，发现原来挡路的两位npc已经不在了，进入看看，湖畔的水全抽干，满地“飞撞”的鲤鱼王，一堆银河团团员。进入洞穴，一位银河团4干部之一来战，战胜后干部说为了得到3个湖里的力量，要不择手段。律诗湖畔事情解决，神事湖的博士和副主角不知道能不能解决银河团呢。赶到神事湖，果然被银河团缠上了，战胜4干部之一后，看来对手的英知湖也不会有好事情，快赶去。在211路的山洞进入殿元山，往北走，经过有雾的区域出山洞来到216路，这里终年下雪，途中有屋子可以让pm恢复体力。然后到217路，途中有一屋子，后方有密传机08可以捡，捡到后进入旁边的屋子，和那位npc谈话后发现主角已有密传机08便送主角一道具。经过狂风雪后来到英知湖畔，岩石顶上的对手说主角还没有徽章，不能使用“攀岩”。好，挑战旁边金岬市的道馆吧，为求赶快可以使用“攀岩”。
来到金岬市，有个神殿，但不能进入，只好挑战道馆。道馆里的冰面可以滑行，遇到有障碍物则停下，而冰球需要在比其所在层要高的层滑下去才能撞破。全灭雪球后便可到馆主那里。馆主pm：lv40纽拉、lv40长毛猪、lv44雪女、lv42雪之王，胜利后得到徽章和招式机器72，而且“攀岩”可以使用了。赶快去英知湖畔吧。
刚到英知湖，对手果然被银河团4干部之一缠上，看到主角来了留下一句“我们不会破坏任何东西，你们不要那么多管闲事”便离开了，对手觉得没有什么异常便跑了。三个湖已经去多了，全部和银河团有关，在帐幕市不是有他们的总部吗，快去吧。
来到帐幕市最高位的大楼外，发现一个正在发呆的银河团，打个招呼后没想到他居然吓得逃跑了，这时“英俊”刑警来到，说到仓库看看。又来到仓库里被锁上的门前，“英俊”刑警把门打开了，之后知道怎么做了吧，灭团。门口边有暗之石，记得捡。仓库尽头是一条楼梯，上去后貌似到了另一座建筑物，站到地上**的转移点后会转移到另外一个位置，找到开里面门的钥匙后边可以把锁上的门全部开启。注意里面有床可以恢复pm体力。路上遇见“英俊”刑警，和他一起观看赤木的银河团动员大会。主角的目标显然是赤木，继续利用转移点，终于来到赤木的房间，原来他是银河团的boss，战斗胜利后他交给主角一个大师球，并说希望主角能得到自己的搭档、来要救湖里的力量就跟上，之后转移了。跟上，来到实验室，看见一个经常出现的银河团研究员正在操作机器。找到赤木，赤木却说向这个世界复仇，又开战了。再次战败的他唯有退下了，关上机器后三只pm也消失了。
不会这么简单便完事的，想起银河团4干部曾经说过，殿元山还有秘密。带上有攀岩、碎石、冲浪的pm（最好带上足够的球和有催眠的pm）赶快到殿元山，从207路或者208路进入山洞。刚到第二层，“英俊”刑警来了，把黑哨子送给主角。没走多远，果然看到银河团。经过出山洞、再进入后终于到殿元山山顶，打赢两个看守的银河团，赤木和两个干事都在，对手赶来帮忙一起双打后便跑了，赤木也开始神兽召唤了。时间和空间之神、三只在总部放走的pm都出现，这时地上出现黑影，鬼龙出现了，突然，三个银河团头目不见了，这时希罗娜赶来，她告诉主角这是反转世界的鬼龙的力量，不组织的话整个世界将有危机，进入反转世界吧。
反转世界里，没有野生pm可以遇到，可以放心行走，但不能使用自行车，跟着希罗娜走吧，相距很近的地方可以跳过去的。一旦遇到可以不是水平行走的路时视角会自动转移。走阿走阿，又升又降，途中遇到赤木，跟着他。有路无路都走过了，冲浪逆水而下也过了。终于把3块石头都推下去时，去到最下层，把石头推到3蘑菇所在的坑里，然后和希罗娜对话，终于出现石版了，上去后看见赤木，这是和赤木最终战：lv45地狱犬、lv46暴鲤龙、lv 46叉字蝠、lv 47绅士鸦、lv 48玛纽拉，战胜赤木后他终于走了，然而前面还有这个反转世界的主人鬼龙。解决鬼龙后光球出现了，主角和希罗娜一起回到原来的世界，所在位置是律诗湖畔旁的一个新地方。希罗娜要主角回研究所报告给博士。
研究所中，博士知道事情解决了很高兴，让主角去挑战联盟。来到律诗湖畔，原来守着去222路的npc不见了，终于可以走222路了。经过过道，来到名木市，一位红发自称是联盟4天王之一的npc迎上来，说了一堆废话，到头来不就是要自己去找馆主。经过天桥来到灯塔状的建筑物，进去后自动来到顶楼，和中间的那位npc对话后他就离开，他就是这个市道馆的馆主。离开灯塔，挑战道馆。和门口的4天王之一对话后便可以进入道馆。道馆里有按钮，踩上后齿轮会转动，同样基本要打完所有训练员才能踩完所有按钮，到馆主的位置。馆主pm：lv46雷依贝、lv46雷丘、lv 50猛电兽、lv 48雷电狮，胜利后得到最后一个徽章和招式机器57。
终于可以去挑战联盟了，到市北边的海边，沙滩上的npc给主角密传机07。冲浪经过223路到联盟的边上，pc边的洞便是冠军之路，带上会冲浪、攀岩、攀瀑、碎石、怪力的pm过冠军之路。快到出口出有一洞口被某npc堵住，那是以后升级图鉴后才能到的地方。出了冠军之路后还要攀瀑一次。终于到达精灵联盟。
先做好和对手对战的准备，靠近看门口的npc时，对手冲进来挑战，lv48椋鹰、lv51（克制主角选择的pm）、lv49卡比兽、lv48赫拉克罗斯、lv47烈炎马、lv47蒙面蔷薇，最终，对手还是战败给主角，失望地走了，转身和看门口的npc对话，这npc查阅8个徽章后让出路来。最后的联盟4天王和冠军的战斗。
第一个天王：lv49古蜻蜓、lv53毒龙蝎、lv51赫拉克罗斯、lv50女皇蜂、lv49钢铁螳螂
第二个天王：lv50地震鲶鱼、lv53巨钳天蝎、lv53砂暴河马、lv53隆隆岩、lv53重装暴龙
第三个天王：lv52地狱犬、lv55火依贝、lv55豪火猴、lv53烈焰马、lv57鸭嘴暴龙
第四个天王：lv53吸盘魔偶、lv55光依贝、lv56胡地、lv59超能斗士、lv54灵铜铎
冠军：lv58鬼盆栽、lv58美丽龙、lv60波克基斯、lv62沙地龙、lv60鲁卡里欧、lv58蒙面蔷薇
完全战胜后，希罗娜会带主角进入殿堂，博士也赶来，记录合照后便是通关结局画面。欣赏一下吧。
编号 技能 威力 获取地点
01 气合拳 150 黑金煤矿
02 龙爪 80 殿元山
03 水波动 60 荒芜的小道（204道路）
04 冥想 -- 战斗公园兑换处
05 吼叫 -- 213道路
06 剧毒 -- 战斗公园兑换处
07 雪花 -- 217道路
08 巨大化 -- 战斗公园兑换处
09 种子机关枪 10 204道路
10 觉醒力量 30-70 游戏中心6000币购买
11 放晴 -- 212道路
12 挑拨 -- 211道路
13 急冻光线 95 216道路
14 暴风雪 120 百货大楼
15 破坏死光 150 百货大楼
16 光壁 -- 百货大楼
17 保护 -- 百货大楼
18 祈雨 -- 233水道
19 亿万吸收 60 209道路
20 神秘守护 -- 百货大楼
21 撒气 0-102 游戏中心8000币购买
22 阳光烈焰 120 百货大楼
23 钢铁尾 100 钢铁岛
24 十万伏特 95 游戏中心10000币购买
25 打雷 120 百货大楼
26 地震 100 迷失洞穴（自行车道下隐藏洞口）
27 报恩 0-102 博士赠予（剧情入手）
28 挖洞 80 214道路
29 精神干扰 90 游戏中心10000币购买
30 影子球 80 战斗公园兑换处
31 瓦割 75 战斗公园兑换处
32 影子分身 -- 游戏中心4000币购买
33 反射盾 -- 百货大楼
34 电击波 60 215道路
35 喷射火焰 95 游戏中心10000币购买
36 泥浆爆弹 90 战斗公园兑换处
37 沙尘暴 -- 228道路
38 大字火 120 百货大楼
39 岩石封闭 50 荒芜的小道（204道路）
40 燕返 60 战斗公园兑换处
41 寻衅 -- 冠军之路
42 空元气 70 花蕊镇
43 秘密力量 70 散步公园
44 睡眠 -- 游戏中心6000币购买
45 魅惑 -- 战斗公园兑换处
46 小偷 40 白岱市
47 钢之翼 70 209道路
48 特性交换 -- 美央市
49 抢夺 -- 银河团地下仓库
50 燃烧殆尽 140 坚硬火山
51 鸟栖 -- 210道路
52 气合弹 120 百货大楼
53 能量球 80 战斗公园兑换处
54 刀背击 40 百货大楼
55 海潮 65 水系道馆（剧情入手）
56 投掷 222号道路
57 充电光束 50 电系道馆（剧情入手）
58 忍耐 -- 游戏中心2000币购买
59 龙波动 90 冠军之路
60 吸收拳 60 格斗道馆
61 鬼火 -- 战斗公园兑换处
62 银色旋风 60 212道路
63 扣押 -- 户张市
64 大爆炸 250 游戏中心奖励模式10轮通过
65 暗影爪 70 鬼系道馆（剧情入手）
66 报复 50 215道路
67 道具回收 -- 白岱市
68 亿万冲击波 150 游戏中心20000币购买
69 岩切 -- 殿元山
70 闪光术 -- 百货大楼
71 岩石利刃 100 战斗公园兑换处
72 雪崩 60 冰系道馆（剧情入手）
73 电磁波 -- 战斗公园兑换处
74 螺旋球 -- 游戏中心15000币购买
75 剑舞 -- 游戏中心4000币购买
76 隐蔽沙砾 -- 岩石道馆（剧情入手）
77 自我暗示 -- 211道路
78 诱惑 -- 204道路
79 暗黑波动 -- 冠军之路
80 岩崩 75 殿元山
81 十字剪 80 战斗公园兑换处
82 梦话 -- 白岱森林附近
83 自然恩惠 -- 百货大楼
84 毒突刺 80 212道路
85 食梦 100 律诗湖畔
86 草绳结 -- 草系道馆（剧情入手）
87 虚张声势 -- 豪宅
88 啄食 60 索诺镇左上用果子交换
89 蜻蜓返 70 游戏中心6000币购买
90 替身 -- 森林洋房
91 光栅炮 80 钢系道馆（剧情入手）
92 欺骗空间 -- 律诗湖畔房屋内
秘传机
编号 技能 威力 获取地点
01 居合斩 50 白岱市剧情，茜罗娜赠送
02 飞空 90 户张市银河团地下仓库
03 冲浪 95 冠风镇遗迹打败赤木后老人赠送
04 怪力 80 钢铁岛波导勇者赠送
05 清雾 -- 花蕊镇未知图腾深处
06 碎岩 40 203道路山洞
07 攀瀑 80 名木市，金银馆馆主赠送
08 攀岩 90 217道路
