中国的沙漠面积约为71.3万平方公里，因此新疆的沙漠面积约占全国沙漠面积的60.4%。除了新疆的沙漠面积比较大之外，沙漠化也比较严重。塔克拉玛干沙漠是世界上第二大流动沙漠，面积为33万平方公里，仅次于阿拉伯半岛的65万平方公里的阿布哈力沙漠。它也是中国最大的沙漠，位于新疆南部的塔里木盆地。
其实要发展渔业，最重要的是水资源，但新疆属于典型的温带大陆性气候，而且降雨量本来就少，再加上在内地腹地，一直远离海洋，还有山地阻隔，所以沿海地区的水汽要到内地作为降雨在新疆是非常困难的。滋养新疆众多湖泊、绿洲和湿地并为内陆养鱼提供坚实基础的水源是冰川融水。虽然每年的旱季，新疆的许多河流会停止流动。但是山上的冰川因为夏季炎热而融化，雪水逐渐聚集在山脚下，形成河流。
雪水排入河流，将水带到下游。多年来的积水使一些低洼地带长出植被，成为绿洲和湿地。其中，最典型的要数焉耆盆地的博斯腾湖。在看似缺水的新疆，有中国最大的内陆河塔里木河、中国唯一注入北冰洋的河流额尔齐斯河，以及新疆最大的河流伊犁河。此外，在新疆有9700平方公里的湖泊，如博斯腾湖、赛木湖、艾比湖等景区，如今已成为网络名人打卡的首选之地。
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