黑暗奥特曼全篇主要围绕正义与邪恶不断斗争为中心。主要黑暗奥特曼的原始形态是奥特曼玩偶，当玩偶奥特曼被自身怨念或者已经黑化的奥特曼引诱黑化后就变成了黑暗奥特曼，黑化后的奥特曼杀伤力和破坏能力极强。
擅长格斗喜欢搞破坏，一心想要毁灭世界，黑暗奥特曼身上的花纹变成黑色，眼睛的能量指示灯也会随着性子黑化从而变成暗红色。当邪恶的黑暗奥特曼在世界各地开始搞破坏造成生灵涂炭时，充满正义的奥特曼就会前往阻止黑暗奥特曼。
当正义与邪恶交锋碰撞，当正与邪的攻击对方的能量光线不断交织变样，正义奥特曼与黑暗奥特曼同时登场，两两实力不分上下，但是经过一番激烈的搏击，凭借着浑身的正义能量，战斗结束后，奥特曼战胜黑暗奥特曼，成功的维护世界和平与安定，而黑暗奥特曼也会变回自己的原型奥特曼玩偶。
