三个。
1、南通汽车客运站是南通城区内最大的汽车客运站之一，主要负责南通市及周边地区范围内的客运服务，包括往返于南通市内和周边城市的班车、包车以及出租车服务。
2、南通长途汽车总站是南通市的主要长途汽车站之一，承担着江苏省内外各个地市之间的客运服务。
3、南通江南长途汽车站主要面向南通市南部的客运需求，提供往返于南通市与南京、常州、镇江之间的客运服务，也支持前往江苏省内其他城市及周边省份的长途包车服务。
南通汽车南站规划到开发区复兴路与东方大道交叉口。根据查询市交通居公开的信息，新建开发区汽车客运站（又称汽车南站）已经列入规划，规划该站地址位于开发区复兴路与东方大道交叉口，与城市轨道交通开发区站统一规划，同步实施。占地规模7.2万平方米，设计能力为日均旅客发送能力2万人次/日。
