根据您提供的信息，我猜测您可能在找的是动画片《天空之城》（英文名：Skyland）。这是一部法国出品的机甲科幻动画片，于2005年首播，曾在中国少儿频道播出过。
该动画讲述了在一个叫做“天空之城”的未来世界里，机甲与人类共同生活，但人类政府对机甲实施了统治，引发了一场机甲反抗人类的斗争。主角Mahad和Lena就是一对姐弟，拥有心灵感应的机甲，他们展开了一场拯救世界的旅程。
在该动画中，机甲的确有独立的意识，需要心灵感应来操纵，也会有自主活动的情节。而在您提到的画面中，主角Mahad和他的机甲确实在进行训练，而且机甲呆呆地说出了“大便”这个词，非常有印象。
至于结局部分，Mahad确实在最后一战中失踪了，而他的机甲也受了很大的伤，但是具体情节我就不便透露了，希望这些信息可以帮到您！
2000以后的是吧……那就从01年的开始算吧
在下给你个列表吧……
说起来……在下现在正在追《真マジンガー 冲撃! Z编》，大爱啊~~~~~
2001
ゾイド新世纪 ゼロ
Z.O.E2167 IDOLO
RUN=DIM
破邪巨星G弾劾凰
ジーンシャフト
电脳冒険记ウェブダイバー
ZONE OF THE ENDERS Z.O.E dolores,i
ガンダム新体験―0087―グリーンダイバーズ
マジンカイザー
VANDREAD（ヴァンドレッド） the second stage
VANDREAD（ヴァンドレッド） 胎动编
サクラ大戦 活动写真
完全胜利ダイテイオー
2002
フルメタル·パニック!
ラーゼフォン
ほしのこえ
?ガンダム I 地球光
?ガンダム II 月光蝶
ミニパト
爆闘宣言ダイガンダー
マクロス20周年プレミアムコレクション
ゾイドVS.激レアDVD
OVERMANキングゲイナー
VANDREAD（ヴァンドレッド） 激闘篇
机动戦士ガンダムSEED
キディ グレイド
神世纪伝マーズ
奇钢仙女ロウラン
Blue Gender The Warrior
机甲兵団 J-PHOENIX PFリップス小队
サクラ大戦す み れ～神崎すみれ引退记念～
マクロス ゼロ（MACROSS ZERO）
超ロボット生命体トランスフォーマー マイクロン伝说 スペシャルひみつビデオ 「最强ロボット军団 上陆作戦発动！」
SD顽駄无 武者パ楽
2003
THE ビッグオー Second Season
出撃!マシンロボレスキュー
超ロボット生命体トランスフォーマー マイクロン伝说
ガンパレード マーチ～新たなる行军歌～
サクラ大戦 エコール ド 巴里
宇宙のステルヴィア
GAD GUARD
らいむいろ戦奇谭
ラーゼフォン多元変奏曲
ダイバージェンス イヴ
マジンカイザー 死闘！暗黒大将军
フルメタル パニック ふもっふ
ガンダム イボルブ＋
神魂合体ゴーダンナー!!
SD顽駄无 武者パ楽2～新武者诞生～
超ロボット生命体トランスフォーマー マイクロン伝说 スペシャルひみつビデオ 「超巨大ロボット ユニクロン降临！」
2004
出撃！マシンロボレスキュースペシャル お正月だよ大队出场！
SDガンダムフォース
みさきクロニクル～ダイバージェンス イヴ～
超重神グラヴィオン ツヴァイ
苍い海のトリスティア
トランスフォーマー スーパーリンク
APPLESEED
机动戦士ガンダムSEED スペシャルエディション
绚烂舞踏祭 ザ マーズ デイブレイク
Get Ride! アムドライバー
神魂合体ゴーダンナー!! SECOND SEASON
らいむいろ戦奇谭～南国梦浪漫～
爆裂天使
鉄人28号 (2004年版)
新ゲッターロボ
パンダーゼット THE ROBONIMATION
SDガンダムフォース 破壊大将军あらわる！！ザコ （サンリオピューロランド4Dアトラクション）
苍穹のファフナー
ロボットマスターズ
机动戦士ガンダム MS IGLOO - 一年戦争秘录 –
ゾイド フューザーズ
神无月の巫女
机动戦士ガンダムSEED Destiney
サクラ大戦 ル ヌーヴォー 巴里
超生命体トランスフォーマー ビーストウォーズリターンズ
トップをねらえ2!
天空断罪スケルターヘブン
ゾイド 三匹の虎伝说
2005
ゼノサーガ THE ANIMATION
ジンキ エクステンド
トランスフォーマー ギャラクシーフォース
らいむいろ流奇谭X～恋。教ヘテクダサイ～
创圣のアクエリオン
ゾイドジェネシス
勇者王ガオガイガーFINAL GRAND GLORIOUS GATHERING
交响诗篇エウレカセブン
スーパーロボット大戦 ORIGINAL GENERATION THE ANIMATION
机动戦士Ζガンダム 星を継ぐ者
きらめき☆プロジェクト
ガンXソード
フルメタル パニック!The Second Raid
IGPX
机动戦士ΖガンダムⅡ 恋人たち
苍穹のファフナー Arcadian memory1 追忆の楽园
ガイキング LEGEND OF DAIKU-MARYU
ディノブレイカー
リーンの翼
机动戦士ガンダムSEED DESTINY FINAL PLUS～选ばれた未来～
苍穹のファフナー RIGHT OF LEFT
2006
苍穹のファフナー Arcadian memory2 対话の世界
ガンパレード オーケストラ 白の章/绿の章/青の章
机动戦士ΖガンダムIII 星の鼓动は爱
勇者王ガオガイガーFINAL プロジェクトZ
ゼーガペイン
机动戦士ガンダム MS IGLOO 黙示录0079
机神咆吼デモンベイン
FLAG
机动戦士ガンダムSEED C.E.73 STARGAZER
イノセント ヴィーナス
スカイガールズ（OVA）
トップをねらえ！＆トップをねらえ2！合体剧场版！！
スーパーロボット大戦OG ディバイン ウォーズ
银色のオリンシス
コードギアス 反逆のルルーシュ
GUNDAM EVOLVE../Ω
奏光のストレイン
机动戦士ガンダムSEED DESTINY スペシャルエディション
ジオグラマトン
2007
GUNDAM EVOLVE../Α
京四郎と永远の空
GR -GIANT ROBO-
獣装机攻ダンクーガ ノヴァ
REIDEEN
钢鉄神ジーグ
爆裂天使インフィニティ
スカイガールズ（TV）
天元突破グレンラガン
ぼくらの
ヒロイック·エイジ
イン欲特急ゼツリンオー
ヱヴァンゲリヲン新剧场版:序
アイドルマスター XENOGLOSSIA
キスダム－ENGAGE planet－
机神大戦ギガンティック·フォーミュラ
サクラ大戦 ニューヨーク 纽育
デッドガールズ
キディ グレイド イグニッション 覚醒编
装甲骑女イリス
ICE
创星のアクエリオン
机动戦士ガンダム00（ファーストシーズン）
装甲骑兵ボトムズ ペールゼン·ファイルズ
2008
コードギアス 反逆のルルーシュR2
マクロスFRONTIER
鉄のラインバレル
机动戦士ガンダム00（セカンドシーズン）
ブラスレイター
剧场版 天元突破グレンラガン 红莲篇
机动戦士ガンダム MS IGLOO2 重力戦线
2009
VIPER'S CREED
ヱヴァンゲリヲン新剧场版:破
ライドバック
剧场版 天元突破グレンラガン 螺巌篇
バスカッシュ！
宇宙をかける少女
アスラクライン
异世界の圣机师物语
真マジンガー 冲撃! Z编
