基本都是一样的，但是也有区别
一开始将《柯南》动画化时，主要是为了面向儿童，但是原作者青山初衷是面向全体群众，所以电视台把一开始有关黑衣组织的部分都去掉了（怕吓坏孩子）。像第5集新干线大爆炸，琴酒和沃特加本来就已经出场了，却被电视台改成长的相似的两个人，这也是柯南为什么会知道打昏自己人的名字的原因，就是因为改动使得第54集电玩公司杀人事件显得有点唐突。还有第13集奇怪的寻亲事件，这本来是宫野眀美（灰原的姐姐）第一次登场，却又改成了别的，电视台也没想到她会在之后的剧情有这么大的作用，就又加了一集第128集黑衣组织10亿元抢劫事件，为第129集作铺垫，但仍然让人觉得很不协调，这也算是青山对电视台乱改自己作品的惩罚。
还有动画不能总跟着漫画走，因为漫画都比较慢，所以电视台为了赚更多的钱，除了把原来的漫画动画化以外，又自己编剧加上了一些不太重要的剧情，这里面也包括剧场版，要知道剧场版和原作漫画没有一点关系。当然漫画动画化也会删减一些小地方，看过漫画的都知道，这些小地方确实很小，基本上很难发现。
就说这么多，总之漫画和动画差距并不大，当然一开始时是有一些出入。动画和漫画的结局是一样的，但是动画会比漫画早一点结束，而动画里没有解决的地方会在漫画里得到解答。当然要等到柯南结束，还有一阵子呢……
一部漫画有漫画版，TV版，剧场版（不知还有没），这都是什么意思？
这是很正常的啊，其他漫画基本也是这样的。因为漫画在TV化的时候有很多不适合出现在电视上的情节将会被删除，同时也会根据制作方的视角，对漫画情节保持主线不变的情况下适当修改。另外，有些tv作品，由于和漫画情节的进程过近，或者其他原因，也可能导致添加原创的方式来进行。 我们熟知的钢炼1 就是这样。后期漫画被动画进程超越，所以结局是制作方以原创而结尾的。也为此受到了相当的漫迷谴责。
以上，希望对楼主有所帮助
日本的动漫作品有：
漫画版：以连载漫画的形式在杂志上连载，很多动画的原版都是漫画，如：火影、死神、海贼王
小说版：与漫画版一样在小说类的杂志上连载，称为轻小说，近年有很多轻小说都被动画化了：如夏娜、零之使魔
游戏版：以PC、掌机、家用机作为平台发布的游戏，有很多校园恋爱类动画都是出自于游戏版：如口袋妖怪、K社催泪弹三步曲AIR、KANON、CLANNAD，也有以动画和小说为原版制作的游戏：如凉宫春日系列、游戏王系列
TV版：在日本的电视台上播放的版本，一般每13集为一个季度，是主要的观看版本
OVA版：原创影像动画，集数为1-13集不等，多数是TV版、小说版、漫画版的外传形式动画，但也不部分是纯原创动画：如飞跃巅峰，通常不会在电视上播放，只会以光碟的方式发售，而且每集的发售时间间隔非常长，但作品的质量都比TV版高数倍
剧场版：也就是**版，通常日本长期播放的TV版每年都会出一部，大多是原创剧情：如海贼王、口袋妖怪，也有一些是把TV版内容经剪接和重制后制成的版本：如EVA、Z高达三步曲
广播剧场版：只有声音没有影像的版本，大多会以CD的形式发售，内容大多和原作的某一话相同或者是外传性质的故事
