关于第二次冲击
2000年，由秘密组织Seele在暗地里出资，以葛城美里的父亲为首的葛城调查队前往南极考察的过程中发现了位于南极大陆地底的地下空洞以及沉睡于其中的第一使徒——Adam。 在之后针对Adam展开的调查实验中，由Seele暗中授意，进行了早有预谋的人体DNA基因接触试验（实验前，身为黑幕知情者的碇源度提前回到日本），结果唤醒了Adam并导致其S2机关暴走，葛城调查队试图使用朗基努斯之枪进行阻止，但失败。 爆发出的能量不仅导致地球人口半数减少，并引起地轴偏转，该次事件史称第二次冲击。 葛城调查队除事前回国的碇源度以外全部死亡。 结局虽悲惨，但好歹还是避免了由于AT力场的消失而导致地球现有全部生命体被重置，并重新构筑起以Adam为源头的生命体系这一最坏的结果。 Adam由于不能控制暴走的力量，变为了零碎的肉片，之后在亚当再生计划中被还原为胚胎。 Adam的灵魂被Seele打捞出来以后，被注入“薰”这一灵魂容器里，作为Seele的王牌在最后出场。
真心为你的剧情介绍
真嗣因为杀了薰而情绪低落不已，此时，Seele操控各国以MAGI备用机试图攻击NERV总部的MAGI一号机，但被律子用666号防护程式成功阻挡，此时律子在MAGI中下了一道当时没人知道的指令。 在试图攻击MAGI的行动失败后，SEELE决定对NERV总部发动全面攻击，此时日本政府也下达A-801命令：解除NERV的特别法，所有NERV的一切全部归由日本政府管理，源度则命令NERV进行抵抗。即使如此，在正规特种部队的攻击下，NERV仍然无法抵抗进攻，特种部队一路攻进了地下都市。 同时，知悉人类补完计划真相的美里要求所有人确保EVA驾驶员的人身安全，于是明日香被丢进了EVA二号机的驾驶舱中；真嗣则是一个人独自游荡，最后被特种部队发现，就在真嗣即将被杀时，美里出现，并解决了这些特种人员，但为了保护真嗣，美里被其余特种部队人员击中，在把真嗣送进电梯后死去，留给真嗣的，只有自己的血以及十字架项链。 因为害怕，明日香一直启动不了EVA，但在此时，EVA贰号机里的“灵魂”——明日香的“母亲”将自己残留的母爱那一面传给明日香，知道母亲就是EVA二号机的明日香终于回复正常，并接连击破日本自卫队的武器。 为了对付EVA二号机，Seele出动了EVA量产机系列。 在地下，源度和绫波前往Lilith所在的终极核心区，律子出现在他们面前，并告诉源度MAGI被她动了手脚，NERV的自爆程式即将启动。但计时到后，自爆程式却没有启动——MAGI中被输入律子的母亲直子“女人”人格的CASPER否定了律子的指令，于是在律子“你骗人”的话语中，源度对律子开枪，律子死于源堂和丽的面前。 同时在地下城市，明日香不断击败EVA量产机，但贰号机的启动时间一直在减少，最后，当明日香以为她已经把所有量产机摧毁时，量产机因S2机关给予的无限动力复苏，武装也变形成复制的朗基努斯之枪，并突破贰号机的AT力场，先摧毁了贰号机的眼睛，在明日香发出惨叫之时，贰号机内藏电力用尽。 见到贰号机倒地不起，所有的量产机全数复活，并展开翅膀开始啃食贰号机，明日香以自己的意志强迫重新启动已经被开肠剖肚的贰号机，但接着贰号机就被九架量产机以朗基努斯之枪复制品刺穿，停止运作。 ■最终画面——真嗣终于到达了初号机的停机棚，然而在他出动时，他看到的是被分尸的贰号机。
●まごこる、君に/Yours Sincerely ——EPISODE∶One More Final: I need you
◆剧情 延续Air的剧情，看到被分尸的贰号机，真嗣的情绪当场崩溃，初号机也展开赤红的十字架之翼，被插在月球的朗基努斯之枪跟着初号机的呼唤回到地球，而在天空中的量产机则和初号机组合为卡巴拉之树的图案，并引发大爆炸，炸毁了整个第三新东京市和其周围的一切，并在地球上留下一个类似眼睛的记号。 眼睛中央的瞳孔，便是未被大爆炸摧毁的“黑之月”。 此时源度和丽在Lilith的面前试图进行补完计划，但丽却告诉源度“我不是你的玩偶，碇在呼唤我了”之后，吸收碇源度右手中的亚当并和Lilith的本体合而为一，Lilith脱下脸上的面具后转化为丽的面容，并跟着巨大化。同时，仍然在中央指挥所的冬月他们也察觉到了这件事。 看到Lilith变化为丽，真嗣的情绪更是彻底混乱，于是Lilith改以薰的面容出现在他眼前，这时真嗣终于放下心防，朗基努斯之枪也插进了初号机的核心，将初号机转化为一棵血色之树。 真嗣想起过去的一切，当他发觉自己是孤单一人，再也没有人愿意保护他、爱他，而丽询问他的愿望时，他似乎许下了“希望所有人一起死”的愿望。 在愿望许下的瞬间，人类补完计划发动了，Lilith以丽的幻影出现在每个人的身边，并变成每个人最希望见到的人，于是日向接触了美里的幻影、青叶接触了丽的幻影、冬月则接触了唯的幻影、伊吹则接触了留下“I need you”讯息的律子幻影后，和所有人一起化为LCL.。同时，地球上出现了数以万计的十字架，每个人的AT力场消失并跟着化为LCL.。 ………………… -Komm, Susser Tod-插曲歌名源于巴赫的一首交响乐，由庵野秀明填日语歌词，但片中使用英文版。 ………………… 源度躺在终极核心区中，他终于看见了他希望见到的唯，之后，他被真嗣的愤怒化身的初号机吞噬。 就在这时，真嗣才发现这不是他要的世界。于是在薰和丽的询问中，他希望“再见到一次他想见到的人”，并停止了补完计划，Lilith的身体崩解、量产机也以钉上十字架的模样坠落地面。 在幻觉中，真嗣遇见了唯。在一阵对话后，真嗣取回自己的身体回到地球上，唯则和初号机以及朗基努斯之枪一起永远漂泊在宇宙中。 在这个镜头中，唯制造EVA并参与实验的真正目的终于在她的遗言中揭晓了——她希望在太阳、月亮和地球消失之后人类仍然能存在于宇宙中。
