共68集
001 云霄飞车杀人事件
054 电玩公司杀人事件
128 黑暗组织10亿抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
226 格斗游戏的陷阱（上集）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 诡密的乘客（上集）
231 诡密的乘客（下集）
258 来自芝加哥的男子（上集）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集）
277 英语教师VS西部名侦探（上集）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
307 无声的证据（前篇）
308 无声的证据（后篇）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）
335 东京现影所的秘密（前篇）
336 东京现影所的秘密（前篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）
345 直面黑色组织的对决!满月的二元推理
346 寻找P股上的印记（前篇）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲)
425 黑色的冲击！被组织的魔掌触碰的瞬间
429 无法回到从前的两人(前篇)
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
509 红白**与侦探团
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
那个新出现的戴着眼镜且寄住在柯南作为工藤新一时的家里的黑衣组织的人是从第几集开始出现的？
冲矢昴
第509集---红白**与侦探团
第510集---柯南vsW暗号之谜
第511集---推理对决！新一VS冲矢昴（在新一家看电视喝着波本酒）
第521集---杀人犯 工藤新一（幻想&远影）（柯南内心独白 大约在2分6秒出现）
第524集---令人憎恨的蓝色火焰（前篇）（幻想&远影）（大约在8分12秒出现）
第525集---令人憎恨的蓝色火焰（后篇）(墙后几秒)
第536集---消失名画背后的秘密(幻想&远影)
第542集---让鱼儿消失的一角岩（前篇）
第543集---让鱼儿消失的一角岩（后篇）
第557集---与危险的二人同行（幻想&远影）
第571集---怪仓库中的夺宝大战 （前篇） （少年侦探团的回忆中出现）
第572集---怪仓库中的夺宝大战 （后篇）（帮博士炒洋葱）
第578集---召唤危机的红色凶兆
第579集--- 黑色13的暗示 （本集冲矢昴和疑似赤井秀一的伤疤男同时出现）
第580集--- 逼近黑色时刻
第581集--- 红色飘摇目标（在579~581集中的种种迹象很有可能是伪装的秀一或黑暗组织中的Bourbon）
