选择男/女主角，你的对手将是跟你性别相反的人物。给主角起好名字后就可以进入芳园地区啦。?
首先，你会出现在天元镇的一辆小货车里。下车后，妈妈让你上楼去调整时钟。调好后从旁边的电脑里取出伤药，之后下楼。妈妈叫你过来看电视，说你老爸上电视了。可是等你走到电视机前，节目却结束了。接着，妈妈说博士就在这儿，让你去找他。来到研究所，博士不在。
再去自己家隔壁的房间，先和对手的母亲寒酸一番，这着上楼后调查一个精灵球，你的对手就会出现。对话后走出房子，往上离开天元镇时，发现博士正被一只针鼠追赶，他让你在旁边的背包里选择一只PM参加战斗，赶跑针鼠。
赶跑针鼠后，回到研究所，博士会把你选的这只精灵送给你，并且要你去103号道路找他的孩子，也就是你的对手。穿过101号道路就是道吉镇了，在右边的屋子里有个大婶会送你伤药。
道吉镇上方是103号道路，在那里击败对手后，回到天元镇的研究所，博士会送你图鉴，对手也会给你5个精灵球。离开研究所，妈妈还会送你跑步鞋，之后就可以在前进的时候按住B键以2倍的速度跑步前进了。?
穿过102号道路来到天元市，先去上方的训练馆。馆主是你的爸爸，对话的时候会出现一个叫道夫的绿头发男孩，帮他抓完感知兽后，爸爸会告诉你，让你收集4枚徽章后再来这里挑战。离开天元市，在104号道路发现一间无人的屋子，先不用理他，继续前进。
104号道路的上方是天元森林。在前进的途中会遇到天力公司的一名职员，他被水之团的一名小兵拦截了。击败小兵后会获得一个超级球。走出森林，还是104号道路，在这里的一间屋子里可取得肥波鲸喷壶，继续前进，抵达金水市。?
口袋妖怪绿宝石386攻略补充：
走出训练馆，会遇到刚才的职员与小兵。上前对话后往右走到116号道路。在最右边有条隧道，洞口有个老头说他的小海鸥被水之团的人抢走了。进去后会看到刚才的小兵和小海鸥，击败他后会得到一个超级球，把小海鸥还给老头后就可以回金水市了。
找到刚才的职员，他会带你到天力公司找他的BOSS，BOSS会送你一个导航机，还让你给一个正在山木镇、叫代后的人送信。之后在金水市下方会遇到对手，他会向你挑战。?
挑战完毕后往西北走，有个山洞，进去后跟里面的矿工对话可得到秘传机05闪光。山洞里需要使用闪光，在深处即可找到代后，把信给他后会得到招式机47钢翼，之后如果回到天力公司找BOSS还会得到学习装置。再去找那个老头，他会送你去卡依市。?
刚到达卡依市，会发现在水族馆门前有许多水之团的人。在下方的造船厂二楼跟一名老伯对话后，就可以进入水族馆了。在二楼击败两名小兵后即可离开卡依市。
口袋妖怪绿宝石493只要收集八大徽章，然后通过冠军之路打败四天王就可以通关，可以按照以下攻略操作。
第一步、首先收集完八大徽章，然后在128号水路右下方的瀑布下使用攀瀑术。
第二步、继续前进冠军之路山洞。
第三步、然后和NPC道夫对战。
第四步、走出山洞来到联盟门口。
第五步、进入以后和门口NPC对话，需要收集完八大徽章才会放你进去。
第六步、然后开始挑战四天王，第一个是恶系天王，有五个宝可梦，大狼犬、狡猾天狗、邪恶仙人掌、铁鏊龙虾、灾兽。
第七步、第二名对手是幽灵系天王。
第八步、第三名对手是冰系天王。
第九步、第四名对手是龙系天王，六个宝可梦，甲壳龙、碧云龙、海马龙、蜻蜓龙、血翼飞龙。
第十步、最后一名对手是联盟冠军见则，也有六个宝可梦，巨鲸、毒刺水母、荷叶鸭、地震鲶鱼、暴鲤龙、美丽龙。
十一、打败见则以后可以在联盟保存用过宝可梦，终于通关了。
