松原市境内有嫩江、松花江、第二松花江、拉林河四条主要河流，第二松花江从市区穿过。全省60%以上面积的汇水与松花江流域90%以上面积的汇水都从我市通过出境。江河总径流量412亿立方米，总流域面积8012.47平方公里。全市总水资源量为15.57亿立方米，其中地表水资源量为2.22亿立方米，地下水资源量为13.35亿立方米。
松原市境内有大中型湖泊26处，其中可利用湖泊9处，面积47269.7公顷。全市共有万亩以上泡沼14处，分别是查干湖、新庙泡、库里泡、大布苏泡、花敖泡、夜字泡、尔字泡、洪字泡、羊营字泡、查干花泡、月亮泡、腰井字泡、四十六泡、十三泡一号等。这些泡沼主要分布在前郭县、长岭县、乾安县，水产养殖多以自然增殖为主，只有少数湖泊进行人工放养。建市以来，由于加大了投入，强化了管理，渔业产量逐年提高。据统计，全市水产品产量由建市之初1992年的1.24万吨提高到2006年的3.01万吨，增长2.4倍，人均水产品占有量达到11公斤，居全省前列。 松原市野生动植物种类繁多，哺乳动物有狐狸、野兔、獾子、山狸子、刺猬、黄鼬等；飞禽有大雁、野鸡、野鸭、野鸽、灰鸥、鹭鸶、猫头鹰、鹫、百灵、黄莺等。国家一级重点保护野生动物4种，即东方白鹳、丹顶鹤、白头鹤和大鸨；国家二级重点保护野生动物有22种，即白琵鹭、白额雁、大天鹅、小天鹅、鸳鸯、鹊鸭、黑鸢、苍鹰、雀鹰、普通鵟、草原雕、乌雕、白尾鹞、白腹鹞、猎隼、燕隼、红脚隼、灰鹤、纵纹腹小鸮、长耳鸮及短耳鸮。
野生植物有129科559种。其中食用植物20科46种，主要有苣荬菜、小根蒜、山韭菜、草蘑、黄花菜等；野生水果主要有欧李、山杏、山里红、山丁子、野葡萄、稠李子、野桑椹等；饲用植物18科181种，主要有羊草、星星草、兴安胡枝子等；观赏和蜜源植物9科34种，主要有花飞燕草、东北石竹、细叶百合、刺玫蔷薇等；用于工业、手工纺织业和民用建筑业的植物有17科27种，主要有芦苇、小叶樟、香蒲等；药用植物65科271种，主要有水红花子、地榆、防风、甘草、狼毒、苦丁香、车前子、芦根等。
