养殖池塘中往往混有野杂鱼虾及细菌等其他生物，有的本身能引起疾病，有的是病原体的传播媒介，有的直接伤害养殖动物。
因此，药物清塘能起到清除野杂鱼及消灭病原生物的作用，是预防疾病的前提。常用的清塘药物有生石灰、漂白粉、茶籽饼和磷酸二铵等，各有其特点。生石灰不仅能杀灭池塘水体和底泥中的病原、中间寄主以及敌害生物，而且还有改良土壤、水质和施肥作用。
本条内容来源于：中国农业出版社《病虫害诊断与防治》
养殖场消毒程序及消毒要点
一、人员消毒
工作人员进入生产区净道和畜禽舍要经过洗澡、更衣、紫外线消毒。养殖场一般谢绝参观，严格控制外来人员。
有条件的养殖场，在生产区入口设置消毒室，在消毒室内洗澡、更换衣物，穿戴清洁消毒好的工作服、帽和靴经消毒池后进入生产区。消毒室经常保持干净、整洁。工作服、工作靴和更衣室定期洗刷消毒，每立方米空间用42毫升福尔马林熏蒸消毒20分钟。工作人员在接触畜群、饲料、种蛋等之前必须洗手，并用1:1000的新洁尔灭溶液浸泡消毒3～5分钟。
二、环境消毒
畜禽舍周围环境每2～3周用2%火碱消毒或撒生石灰一次，场周围及场内污水池、排粪坑、下水道出口，每月用漂白粉消毒一次。在大门口畜禽舍人口设消毒池，使用2%火碱或5%来苏儿溶液，注意定期更换消毒液。每隔1～2周，用2%～3%火碱溶液（氢氧化钠）喷洒消毒道路；用2%～3%火碱，或3%～5%的甲醛或0.5%的过氧乙酸喷洒消毒场地。
被病畜禽的排泄物和分泌物污染的地面土壤，可用5%～10%漂白粉溶液、百毒杀或10%氢氧化钠溶液消毒。停放过芽抱所致传染病（如霍乱、炭疽、气肿疽等）病畜禽尸体的场所，或者是此种病畜禽倒毙的地方，应严格加以消毒，首先用10%～20%漂白粉乳剂或5%～10%优氯净喷洒地面，然后将表层土壤掘起30厘米左右，撒上干漂白粉并与土混合，将此表土运出掩埋。在运输时应用不漏土的车以免沿途漏撒，如无条件将表土运出，则应加大漂白粉的用量（1平方米面积加漂白粉5千克），将漂白粉与土混合，加水湿润后原地压平。
三、畜禽舍消毒
每批畜禽只调出后要彻底清扫干净，用高压水枪冲洗，然后进行喷雾消毒或熏蒸消毒。据试验，采用清扫方法，可以使畜禽舍内的细菌减少21.5%，如果清扫后再用清水冲洗，则畜禽舍内细菌数即可减少54%～60%。清扫、冲洗后再用药物喷雾消毒，畜禽舍内的细菌数即可减少90%。
用化学消毒液消毒时，消毒液的用量一般是以畜禽舍内每平方米面积用1～1.5升药液。消毒时，先喷洒地面，然后墙壁，先由离门远处开始，喷完墙壁后再喷天花板，最后再开门窗通风，用清水刷洗饲槽，将消毒药味除去。在进行畜禽舍消毒时，也应将附近场院以及病畜禽污染的地方和物品同时进行消毒。
