柯南主线剧情总结，和组织对决的历史~~（非出现顺序，按事件发生时间顺序）
漫画34F11～35F4、TV286～288
身为女明星的沙朗和有希子一起向魔术师黑羽盗一（即基德的父亲）学习易容术，两人因此相识。
漫画42F5～10、TV345
真实身份为黑衣组织的沙朗杀害了朱蒂的父亲(FBI)，毁尸灭迹. 年幼的朱蒂侥幸逃脱,牢记了沙朗(沙朗=贝尔摩)留下的话"A secret makes a womam womam(秘密让女人更有女人味) ,以此为线索追查杀父仇人.
漫画VOL58F10
被称为FBI的王牌,在黑衣组织卧底的赤井秀一准备对黑衣组织一网打尽，却因为探员卡梅尔的失误使得赤井身份暴露,不得不逃离组织，也为之后赤井的女友---宫野明美(哀的姐姐)被杀埋下伏笔。
漫画VOL34F11～VOL35F4、TV286～288 工藤新一NY事件
新一和兰在纽约认识了沙朗，兰遇见赤井秀一，后在废仓库遇见逃跑中受伤的银发强盗。银发强盗在想将新一与兰两人灭口时因栏杆断裂而从高处掉落，反被兰和新一所救，事后银发强盗被发现自杀。但可疑的是现场的所有痕迹都被抹去.
（按后来剧情，银发强盗是沙朗假扮的。真正的强盗早已被灭口.故痕迹被抹去.且沙朗被两人救过命，所以日后才对两人处处维护。）。
沙朗假造了自己的死亡，并以自己的女儿克里丝的身份生活，在组织里代号是“贝尔摩得”（Vermouth即苦艾酒）。
漫画VOL58F7、 TV491～504 ‘红与黑的碰撞’系列
美国中央情报局CIA探员本堂父女潜入组织,被发现,父亲为了保全女儿,让女儿瑛海(也就是kir)举枪爆他的头，瑛海得以继续在组织继续卧底。
漫画VOL1F1、TV1
新一和兰在游乐场玩,发生案子并解决后,新一跟踪Vodka(伏特加)被发现后被组织高层成员Gin(琴酒)灌下APTX4869变成柯南 。
漫画VOL2F4～7、TV13改编 奇怪的寻亲杀人事件
化名为广田雅美的组织的基层成员宫野明美（哀的姐姐）为了与妹妹脱离组织被Gin灭口。
漫画VOL4F4～6、TV5改编 新干线大爆破事件
柯南窃听了黑衣男子的对话、并知道了黑衣组织成员GIN和VODKA都是以酒名做的代号。
漫画VOL12F4～6、TV54 电玩公司杀人事件
柯南偶遇黑暗组织的成员tequila(龙舌兰),但是他被意外炸死。
漫画VOL18F6～VOL19F1、TV129 来自黑暗组织的女子
宫野明美的妹妹 Sherry(宫野志保)服下APTX4869后逃离组织，并寄住阿笠博士家。化名为灰原哀。
漫画VOL24F7～11、TV176～178 与黑暗组织再会
哀被组织成员Pisco发现并绑架，在柯南的协助下逃脱，Pisco被Gin灭口。（当时贝尔摩得也在现场，由于哀感觉有其他组织的成员在场，柯南后来开始怀疑她也是组织的一员.)
漫画VOL42F5～10、TV345
贝尔摩制造车祸企图害死新出智明,开始假冒新出智明--- 帝丹高中校医的身份。朱蒂暗中救下新出智明,并也开始以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来.(朱蒂通过比对指纹，发现了沙朗=贝尔摩的的秘密。）
漫画VOL25F9～VOL26F7、TV191～192 危命的复活
柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩发现。（贝尔摩的这时就已经知道新一没死，但是估计还没猜到柯南=新一）
漫画VOL25F7～9、TV226～227 格斗游戏的陷阱
朱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案。（她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕）
漫画VOL29F3～5、TV230～231）迷一样的乘客
哀感觉到组织的成员而变得非常害怕,留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。（哀感觉到的组织成员就是贝尔摩得假扮成的新出，但在柯南的掩护下贝尔摩没有发现哀。）
漫画VOL32F8～10、TV258～259 来自芝加哥的男人
柯南认识了“James Black”，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。（James 是朱蒂和赤井的上司，最后赤井提到自己被女朋友甩了）
漫画VOL32F11～VOL33F2、TV253～254 本厅刑事恋爱物语4
佐藤警官去和白鸟相亲，最终高木在柯南的帮助下成功阻止。（柯南为了帮助高木和佐藤的恋情,利用新出假扮成高木,并在新出(贝尔摩)面前使用了变声器.且新出(贝尔摩)没有怀疑甚至帮柯南圆了谎,说明这时候贝尔摩已经知道了柯南=新一的秘密,因为是有希子的好友而见过新一小时候的照片）
漫画VOL33F7～9、TV269～270 犯罪的纪念品
与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。( 偷案卷的是贝尔摩,主要为了了解与新出有关的那个案件(可惜仍遗漏了细节,因为那个案件有特殊情形而未完全真实的记录), 同时将所有的案卷都偷走也是为了误导FBI)
漫画VOL33F10～VOL34F1、TV271～272“×△□”事件
柯南又一次在朱蒂面前破案,朱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，故事结尾贝尔摩得发邮件给GIN，并且向打了×的宫野志保（即哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。
漫画VOL34F2～4、TV277～278 西部明侦探vs英语老师
柯南进一步怀疑朱蒂=克里丝(贝尔摩得),并与碰巧来到的服部一起试探朱蒂,但未果.同时朱蒂也知道了贝尔摩得的目标是哀.
漫画VOL35F8～10、TV289～290 迷途森林的光彦
提到了另一个黑衣组织的成员邵渊己一郎，他曾在浪花连续杀人案中出现( 他刺杀兰,柯南为兰挡了一刀). 不过他只是组织里一个无足轻重的角色而已。
漫画VOL37F5～7、TV307～308 没有声音的证词
柯南获得了组织的线索--板仓的日记（最后柯南和兰遇到了赤井秀一，赤井提到了兰"表面坚强,暗地流泪",并与一个女孩很像(指他的女朋友宫野明美）柯南也了解到了当年兰和赤井相遇的事情。
漫画VOL37F8～VOL38F1、TV309～311 与黑暗组织接触
柯南通过板仓的日记试图冒充板仓与Vodka接头，但是被Gin识破而失败。
漫画VOL39F6～8、TV329 金钱买不到的友情
阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾利娜是一个英国留学生.
并且组织可能正在从事让死人复活的计划.
漫画VOL41F4～6、TV335～336 东都显影所的秘密
柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃
.( 跟踪者是赤井秀一,由于哀与照片中人物相似,FBI开始怀疑哀就是贝尔摩的目标,最后赤井对着照片说了句"真是太像了"说明赤井与哀(宫野志保)以前就认识.
漫画VOL41F7～9、TV338～339 4台保时捷
哀得了感冒,博士却借朱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。最后贝尔摩得笑着对哀的照片" 准备好了么?我发现了,我就要去找你了!" ( 哀彻底暴露了! !贝尔摩得和FBI双方都知道了她的住址! 贝尔摩还在博士家安了窃听器.）
漫画VOL41F10～VOL42F1、TV340～341厕所隐藏的秘密
贝尔摩得打电话找组织成员“Calvados”（即苹果酒）来帮忙，正策划着某项行动 (即后面的幽灵船聚会,引开柯南,借机杀哀)
漫画VOL42F2～4、TV343～344便利店的陷阱
朱蒂也将有所行动，兰意外发现了镜子背后的照片。
漫画VOL42F5～10、TV345 与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案(主线必看)
贝尔摩得策划幽灵船聚会,并寄给新一邀请函,却在邀请函开头写着柯南的名字,意为告知柯南她已知道他与哀的身份而调开柯南去赴会而刺杀哀.
朱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩得引入陷阱，但是贝尔摩已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；柯南掺透贝尔摩的计谋邀请服部化妆成自己，而自己在有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往,却打乱了柯南的计划. 最后，兰因为想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽车的后备箱里……真是错综复杂，其间各方势力相互冲突，各个秘密纷纷揭晓，形势几变，具体真是一时半会交代不清,建议还是看TV345。
最后朱蒂瞒过了兰, 贝尔摩再次维护了柯南,决定放弃对哀的追杀,并向Gin隐瞒了柯南和哀的事.称柯南为能够射穿组织心脏的"银色子弹".
漫画VOL46F2～6、TV385～387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音
柯南凭记忆记下了Vermouth(贝尔摩) 给" 那个人" ( 组织最高层人物) 发短信时所拨的手机按键的音调。后来得知这个音调是歌曲“七只乌鸦”(或译为"七个孩子") 柯南想通过旋律找出“那个人”的号码，但哀却说那个号码如潘多拉的魔盒一样不能被打开。
漫画VOL48F9～VOL49F4、TV425 黑色的冲击！黑衣组织魔爪伸来的瞬间
水无怜奈登场, 柯南意外发现著名主持人水无怜奈是黑衣组织成员Kir(基尔), 同时黑衣组织也出现了2个新人物——Chianti (基安蒂)和Korn(考伦)，Kir用一种特殊手法对柯南的话进行了测谎，Kir在被FBI在追捕过程中出了车祸，被FBI秘密保护了起来。Gin 发现了柯南的窃听器, 误以为是刚与Kir见过面的毛利小五郎安装的,并决定去暗杀毛利小五郎。但事先埋伏在附近高楼上的赤井秀一用狙击枪射穿Gin的狙击枪瞄准镜,黑衣组织计划彻底破产。同时使组织认为毛利不过是FBI的一个诱饵.
漫画VOL49F8～10、TV429～430 无法归来的二人
Kir被送入医院秘密治疗，小兰班上转来了一个叫本堂瑛佑的男生，有着一双和水无怜奈很像的眼睛。柯南怀疑瑛佑是黑衣组织的人。
漫画VOL53F7～VOL54F2、TV462～465 黑衣组织的影子
出现水无怜奈那起交通事故的目击者。另一方面,Gin似乎也暗示了Kir与本堂这个姓,有着特殊的关系。
漫画VOL54F8
柯南拜托服部在大阪查询水无怜奈的消息 因为柯南发现了与水无怜奈及其相似的人的照片，出现在大阪。
漫画VOL56F7～9、TV484～485 黑色照片的去向
柯南看到了瑛佑无意间照的照片，照片上看到了瑛佑的父亲，并了解到瑛佑的父亲在Company工作…
漫画VOL56F11～VOL57F4、 以下部分均出自TV491～504 ‘红与黑的碰撞’系列
得知水无的血型是AB型，可是瑛佑说,姐姐的血型是O型，使柯南了解到，水无和瑛佑的姐姐不是一个人。这时柯南却发现瑛佑的胸口有很奇怪的伤疤…
漫画VOL57F9～VOL58F1
柯南通过兰说"瑛佑在医院打听姐姐的消息并找到疑似父亲同事的人", 惶恐组织已埋伏了人在医院. 在柯南的帮助下，FBI找出了黑衣组织派来的成员楠田，但在其逃亡过程中自杀身亡。同时Gin等人也知道了水无所在医院，正在赶往医院的路上…
漫画VOL58F2～7
柯南通过朱蒂了解到了赤井秀一悲惨的过去并且知道了他的女友是哀的姐姐, 同时瑛佑潜入水无的病房想了解事情的真相, 被埋伏的柯南、赤井拦下。水无的确是瑛佑的姐姐，瑛佑因为患过白血病而换过血.
柯南与赤井强强联合,共同计划,决定让水无以Kir的身份重回组织，为CIA和FBI提供线索.
组织开始行动，陆续在医院附近制造了三起事故，并通过事故突增的病患, 塑料炸弹,楠田的大量快件,疑似炸弹的定位仪器和合成的水无录象等一系列手段, Gin 完全掌握了水无的具体位置……经过严密部署后,FBI考虑到水无的位置已经暴露, 便决定由新调来的助手卡梅尔(即前面提到,由于过去失误,导致赤井在组织暴露的卡梅尔) 驾车护送水无，Gin经过深思熟虑后，终于找到了水无。其实却中了柯南和赤井的计谋！
卡梅尔则出色的表演了飚车失败、坠崖后被炸死的一场戏，安全脱身。事后，赤井和柯南向大家讲述了一切。
漫画VOL58F8～VOL59F1 、出自TV491～504 ‘红与黑的碰撞’系列 到此结束
Gin和"那个人"都很怀疑会如此轻易的夺回Kir(水无),为了证明Kir的忠诚 ，决定让她杀死赤井秀一！
赤井接到水无的电话怀着信任的心情赶往接头地点。与他约好的水无果然举起了枪射向赤井右肺部，头部,炸毁了车…
朱蒂通过赤井留在柯南手机上的指纹,确定了赤井的死亡,悲痛万分.柯南发现自己手机序列号条形码改变了,并没有问详细的情况,朱蒂也没有告诉柯南.
贝尔摩 :"银色子弹不需要两发,一发便足够!"( 指柯南 )
漫画VOL59F11～VOL60F2 、 TV507～508 卡拉OK厅的死角
柯南、兰、园子和瑛佑决定去唱歌，柯南发现有人尾随他们，认为是FBI保护瑛佑的，可尾随瑛佑的人被杀了……事件解决后，瑛佑和柯南单独走在一起，瑛佑表示要离开日本前往美国，并对柯南说自己喜欢兰,想向兰表白,但知道兰喜欢新一,故向柯南征求意见,柯南断然反对,从而,瑛佑套出了柯南的真实实身份是工藤新一。(即瑛佑也知道了柯南的真实身份。不过瑛佑也表示自己是真的喜欢兰,并希望柯南(新一)能让兰幸福 )
最后,瑛佑说FBI方面好象有人死了,柯南却表示"没有关系"!?
漫画VOL60F3～F5 、 TV509 红白**与侦探团
柯南和FBI等从水无那里得知组织中出现了新的厉害角色----成员Bourbon。
…案件解决后，本案件嫌疑人冲矢认识了博士,提出合住的想法，但哀不同意。此时柯南却主动提出让冲矢住进自己(新一)的家中！
漫画VOL677～679（最新连载，暂无出单行本和TV）
James道出了茱蒂和秀一之间复杂的关系，茱蒂却在街头看到原本死去的赤井秀一！随后的抢劫事件使茱蒂与秀一相遇，但是秀一的表现却使茱蒂大吃一惊……秀一失忆？！
您好，我是柯南吧知道团队的成员，很高兴能回答您的问题^_^
黑衣组织曾在第1、2、4、12、18、19、24、34、35、37、38、41、42、48、49、53、54、58、67册上登场。（另外在22、27、30、32、33、45、46、56、60、61、64等册中有出现关于黑衣组织的线索或为以后的主线剧情进行铺垫，因为字数限制就不一一列举了）
1、Vol.1 File.1 平成时代的福尔摩斯
File.2 变成小孩子的名侦探
对应 TV 1《云霄飞车杀人事件》
2、Vol.2 File.4 行踪不明的男子
File.5 可怜的少女
File.6 追踪高大的男人
File.7 恶魔一样的主谋
准确来说，无对应动画剧集，TV 13《奇怪的寻亲杀人事件》侧重寻亲和谋杀， TV 128《黑暗组织10亿元抢劫事件》则侧重明美的死亡和黑衣组织的关系。
3、Vol.4 File.4 黑色公事包之谜
TV 5《新干线大爆破事件》中进行修改，改为与黑衣组织无关。
4、Vol.12 File.4 突如其来的遭遇
File.5 炸弹的下落
File.6 柯南失算了
对应TV 54《电玩公司杀人事件》
5、Vol.18 File.6 转学生
File.7 黑衣女郎
File.8 秘密组织成员·代号雪莉
File.9 伪装的少女
File.10 将死
File.11 为什么？
对应 TV 129《来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件》
6、Vol.19 File.9 被狙击的球！
File.10 5万6千名人质
File.11 远方之眼
对应 TV 130～131《竞技场无差别胁迫事件》
7、Vol.24 File.7 背叛的街角
File.8 漆黑的丧葬行列
File.9 不告而别
File.10 来自过去的子弹
File.11 白色世界
对应 TV 176～178《与黑暗组织的再会》
8、Vol.29 File.3 看不见的恐怖
File.4 危险讯号
File.5 光天化日下的埋伏
对应 TV 230～231《谜一样的乘客》
9、Vol.34 File.11 金苹果 ①
Vol.35 File.1 金苹果 ②
File.2 金苹果 ③
File.3 金苹果 ④
File.4 金苹果 ⑤
对应 TV 286～288《工藤新一NY事件》
10、Vol.37 File.5 黑暗的足迹 ①
File.6 黑暗的足迹 ②
File.7 黑暗的足迹 ③
File.8 白雪…黑影…
File.9 危险的相遇
File.10 顺风车
Vol.38 File.1 新兵器！
对应 TV 307～308《无声的证言》、TV 309～311《与黑暗组织的接触》
11、Vol.41 File.10 到访者留下的谜
File.11 小小密室的秘密
Vol.42 File.1 隐藏的真相
对应 TV 340～341《隐藏在厕所中的秘密》
12、Vol.42 File.5 满月之夜、暗黑宴会的陷阱
File.6 染血的幽灵船
File.7 透明人！
File.8 工藤新一登场！？
File.9 面具下的真相
File.10 腐烂的苹果
对应 TV 345《与黑衣组织直面对决 满月之夜的二元推理》
13、Vol.48 File.9 恶作剧的门铃声
File.10 新的黑衣组织成员
Vol.49 File.1 追踪目标！
File.2 新的指令！
File.3 黑衣组织 vs FBI ①
File.4 黑衣组织 vs FBI ②
对应 TV 425《黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间》
14、Vol.53 File.7 目击者一人
File.8 钉子与蛇
File.9 锤子的真面目
File.10 不可思议的兼职
Vol.54 File.1 晚餐的菜单
File.2 梦中之星
对应 TV 462～465《黑暗组织的影子》系列
15、Vol.57 File.9 乌鸦之歌
File.10 第二条线
File.11 假患者
Vol.58 File.1 跟踪，然后……
File.2 赤井的过去
File.3 孤注一掷
File.4 伪装
File.5 最终手段
File.6 任务
File.7 姐弟
File.8 意外的嫌疑人
File.9 3日又是星期五
File.10 卡迈尔的过去
File.11 魔法的咒语
Vol.58 File.1 钢楔
即TV 495～504《红与黑的碰撞》系列
16、Vol.60 File.3 红白**
File.4 黑白人
File.5 新邻居
对应 TV 509《红白**与侦探团》、TV 510《柯南 vs 双重暗号之谜》
17、Vol.61 File.8 纸飞机
File.9 信息
File.10 解救
对应 TV 510《柯南 vs 双重暗号之谜》、TV 511《推理对决！新一 vs 冲矢昴》
18、Vol.64 File.1 一角岩
File.2 鲭鱼·鲤鱼·鲷鱼·鲆鱼
File.3 杀气
对应 TV 542～543《让鱼儿消失的一角岩》
19、Vol.67 File.4 危险地带
File.5 赤与13的暗示
File.6 炸弹犯的目的
File.7 暴风雪中的真相
File.8 寂静的战争
对应 TV 57《召唤危机的红色凶兆》、TV 579《黑与13的暗示》、TV 580《逼近黑色时刻》、TV 581《红色的摇摆目标》
如果楼主所说的主线剧情包括基德等，请继续追问
希望可以帮助你
