日本料理主要分为三类：本膳料理、怀石料理和会席料理。
本膳料理
以传统的文化、习惯为基础的料理体系。源自室町时代（约十四世纪），是日本理法制度下的产物。现在正式的“本膳料理”已不多见，大约只出现在少数的正式场合，如婚丧喜庆、成年仪式及祭典宴会上，属红白喜事所用的议式料理。本膳料理一般分三菜一汤、五菜二汤、七菜三汤，烹调时注重色、香、味的调和。亦会做成一定图形，以示吉利。用膳时也讲究规矩，例如：用左手拿着左边的碗，用右手把盖放左边。反之则用右手揭盖。先用双手捧起饭碗，放下右手，右手拿筷。每吃两口饭，就要放一下碗，然后双手捧起汤碗，喝两口再放下碗。之后一样方式，吃两口饭再夹一次菜。
怀石料理
在茶道会之前给客人准备的精美菜肴。在中世日本（指日本的镰仓、室町时代），茶道形成了，由此产生了怀石料理，这是以十分严格的规则为基础而形成的。日本菜系中，最早最正统的烹调系统就是“怀石料理”，距今已有四百五十多年的历史。据日本古老的传说，“怀石”一词是由禅僧的“温石”而来。那时候，修行中的禅僧必须遵行的戒律是只食用早餐和午餐，下午不必吃饭。可是年轻的僧侣耐不住饥饿和寒冷，将加热的石头包于碎布中称为“温石”，揣到怀里，顶在胃部以耐饥寒。后来逐步发展为少吃一点东西，起到“温石”御饥寒的作用，因此有了“怀石”的名称。演变到后来，怀石料理将最初简单清淡、追求食物原味精髓的精神传了下来，发展出一套精致讲究的用餐规矩，从器皿到摆盘都充满禅意及气氛。
会席料理
会席料理是日本代表性的宴请用料理，是宴席上所有料理的总称。会席料理是在江户时代中期的料理茶馆中产生的。会席料理吸收了江户时代中期礼法繁多的本膳料理和茶怀石料理的形式，又结合实际需要，向酒宴便餐式的方向发展，并获得了社会上广泛的认同。随着时代的变化，会席料理也在不断地调整自身的形式和内容。一开始会席料理的基本规格是三菜一汤。但越到后来规格也就越发上扬，从三菜两汤、五菜两汤，直到九菜三汤，种类也越来越丰富，而且色、香、味、器、形也十分讲究起来，所料理的菜肴是按菜单顺序一道一道上桌供客人享用。会席料理通常在专门做日本菜的饭馆里可以品尝到。
其他分类还有：
桌袱料理
桌袱是中国式饭桌，即八仙桌。桌袱料理是中国式的料理，有蘑菇、鱼糕、蔬菜的汤面、卤面等。其特色是客人坐着靠背椅，围着一张桌子，所有的饭菜都放在一张桌子上。这种料理起源于中国古代的佛门素食，由隐元禅师作为“普茶料理”（即以茶代酒的料理）加以发扬。由于盛行于长崎，故又称长崎料理。料理师在佛门素食内采用了当地产的水产肉类，便创立了桌袱料理。桌袱料理菜式中主要有：鱼翅清汤、茶、大盘、中盘、小菜、炖品、年糕小豆汤和水果。小菜又分为五菜、七菜、九菜，以七菜居多。一开始就先把小菜全部放在桌子上，边吃边将鱼翅清汤及其他菜肴摆上桌。
1、口味特点
自古以来,日本料理就被称为“五味五色五法之菜”。 “五味”是指甜、酸、辣、苦、咸；“五色”是指白、黄、红、青、黑；“五法”则是指生、煮、烤、炸、蒸的烹调法。日本菜独特风味的形成，同其特有的地理环境及东方传统文化是分不开的。其基本特点是：季节性强；味道鲜美，保持原味清淡不腻，很多菜都是生吃；选料以海味和蔬菜为主；加工精细，色彩鲜艳。日本菜的首要特点是季节性强，不同季节要有不同的菜点。可以这样来比喻，四季好比经度，节日好比纬度，互相交织在一起，形成每个时期的菜，每个季节的菜。在制作手法上，日本料理有着其独有的特点。
2、原料
菜的原料要保证新鲜度，什么季节要有什么季节的蔬菜和鱼。其中蔬菜以各种芋头、小茄子、萝卜、豆角等为主。鱼类的季节性也很强。人们可以在不同的季节吃到不同种类的鲜鱼，例如：春季吃鲷鱼，初夏吃松鱼，盛夏吃鳗鱼，初秋吃鲭花鱼，秋吃刀鱼，深秋吃鲑鱼，冬天吃鲥鱼和海豚。肉类以牛肉为主，其次是鸡肉和猪肉，但猪肉是较少用的。另外，使用蘑菇的品种比较多。
3、烹制
日本菜在烹制上主要保持菜的新鲜度和菜的本身味道，其中很多菜以生吃为主。在做法上也多以煮、烤、蒸为主，带油的菜是极少。在加味的方法上大都以先放糖、味淋酒，后放酱油、盐，因糖和酒不但起调节口味的作用，而且还能维护蔬菜里的各种营养成分。味精也尽量少放。
4、配料
在做菜上大都以木鱼花汤为主，极少使用水。因此，日菜的烹调木鱼花汤是很重要的，就如同中餐的鸡汤，西餐的牛肉汤一样重要。所以高级菜都是用木鱼花汤和清酒为主，而且清酒的使用量也是很大的。日菜使用的酱油有三种，即淡口、浓口、重口。淡口即色浅一点，浓口即一般酱油，重口颜色深而口味上甜一点。在菜的口味上，小酒菜以甜、咸、酸为主，汤菜以清淡为主，菜量少而精。配菜的装饰物随季节而变化，有花椒叶、苏子叶、竹子叶、柿子叶、菊花叶等等。日本用四季不同的花和叶来点缀菜点，这就更能表现出怀石料理的内容了。日菜使用的大酱也是多种多样的，一般早餐用信州大酱或白大酱作酱汤，午晚用赤大酱作酱汤。日菜的调料、配料很多，但大体上以以上这几种为主。
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