根据上述职责，市海洋与渔业局设9个内设机构：
（一）办公室(计划财务处)
综合协调局机关和直属单位相关工作，督促重大事项活动的落实；负责局机关文电、会务、机要、档案、信息、保密、信访、政务信息公开、机关内部规章制度建设等工作；负责起草重要综合性文件、文稿工作；协调局机关效能建设；组织协调宣传、信息化建设；负责局机关行政后勤事务与保障工作；负责海洋与渔业（含渔港）重大建设项目和技术改造项目的审核申报、项目建设监督管理等相关工作，组织编制部门预决算，管理行政事业经费和专项资金，承担系统统计和产业信息工作，指导、监督局属单位财务工作，负责局机关和局属单位基本建设、国有资产管理、政府采购和内部审计工作。
（二）政策法规处
拟订海洋与渔业发展战略和政策；负责重大决策合法性的论证；指导海洋管理体制、渔业体制改革和行政执法体系建设；负责推进海洋与渔业法制建设和协调依法行政工作；组织拟订海洋与渔业地方性法规、规章，提出拟订涉海法规规章的建议，负责局机关规范性文件的合法性审查；组织协调海上联合执法,监督海洋与渔业行政执法，监督行政执法责任制实施，负责行政应诉工作；组织研究维护国家海洋权益的对策与措施，承办并组织协调处理重大海洋与渔业权益纠纷，处理涉外渔事案件；负责海洋与渔业政策法规咨询和法制对外宣传、执法人员培训工作。
（三）海域与海岛管理处
负责拟订并组织实施海洋功能区划、海域开发利用总体规划和无居民海岛保护与利用规划，负责海域与无居民海岛使用的审核、论证评估、权属登记工作，依法负责管理海洋自然资源，依法负责本行政区毗邻海域采砂临时用海的监督管理，承担海域勘界工作和无居民海岛名称及其标志设置，负责本行政区毗邻海域的海洋权益争议调解，办理海域使用金征收和减免，负责海底电缆和管道管理工作。
（四）资源环境保护与观测预报处
组织拟订海洋环境保护与整治规划，拟订陆源主要污染物排海标准，拟订并组织实施总量控制制度；组织全市海洋资源环境监测、监视网络建设，负责海洋与渔业水域资源环境的调查、监测、监视和评价，并发布海洋环境质量公报和海洋专项环境信息；负责专项海洋环境安全保障体系建设工作；负责防止海洋开发和海洋工程、海洋倾倒废弃物对海洋污染损害的环境保护，调查处理渔港、海洋和淡水渔业水域污染事故；负责审核新建、改建、扩建海岸工程建设项目环境影响报告书；负责核准新建、改建、扩建海洋工程项目环境影响报告书；负责海洋工程建设项目环境保护设施的“三同时”制度的监督实施及检查、批准、验收；组织开展海洋与渔业领域节能减排工作。
负责拟订海洋观测预报体系发展规划并组织实施，负责组织全市海洋观测网络建设工作，承担对海洋平面、海水入侵和海岸侵蚀灾害的调查、监测与评价，承担海洋观测、预报、评价及信息发布工作，编制海洋灾害公报，组织编制并实施海洋灾害应急预案，指导海洋灾害的海洋生态环境影响评估工作。
（五）渔业管理处
负责渔业经济调查，拟订渔业发展规划、计划，提出产业政策建议，指导渔业产业结构、布局的调整及产业化工作，负责渔业产业开发管理工作；拟订渔船、渔港相关的政策规定，承担渔港经营的审批、审核、申报与监督管理工作，监督管理渔业船舶，监督管理渔船污染物、废弃物集中收集处理；监督管理渔情信息和渔具、渔法，监督实施渔业许可制度、伏季休渔制度；指导、协调开发外海和远洋渔业工作，负责远洋渔业企业资格审核、申报工作；监督管理海域、滩涂增殖放流工作，监督管理水产种质资源开发利用、品种选育、培育及苗种生产、进出口、质量检验和检疫工作；监督管理渔业行业各类产品、饲料、渔药及其投入品、渔船、渔机产品的使用和质量与技术标准化工作；负责水产品质量安全督查工作，指导水产品加工与流通，参与品牌培育和市场体系建设；负责水产养殖病害防治网络体系的规划与建设管理，协助指导水产品市场的规划与建设，实施城市水产品菜篮子工程；负责审核、编报渔业专项建设(不包括基建)项目，组织指导渔业灾后恢复生产工作；监督管理行业安全生产，负责全市渔业突发事件应急指挥、处置、救援等综合协调和监督管理工作。
（六）科技与海洋经济发展处
拟订和组织实施海洋经济发展规划、海洋与渔业行业科技发展规划，组织实施“科技兴海”、“科教兴渔”战略；负责海洋与渔业行业重大科技攻关和高新技术研究、推广及成果转化工作，指导海洋科技创新和海洋战略性新兴产业的发展；组织实施国家海洋行业标准工作，拟订和实施地方海洋行业标准工作；负责组织海洋基础与综合调查，负责组织实施海水利用和海洋可再生能源技术研发、应用，负责开展科技服务和科普活动；负责本行业科技成果的评审、奖励审查和管理；承担涉外海洋科学调查研究活动的监督管理工作；组织综合核算海洋经济，研究分析、评估海洋经济的运行；承担海洋研究的综合协调工作，负责海洋专家组的服务工作；指导海洋与渔业行业社团的工作。
（七）外经外事与国际合作处
负责对外、对台海洋与渔业经济、技术交流，负责出国团组申报工作和涉外事务；负责筹备国际海洋周等重大国际交流与合作活动；综合管理国际合作项目，负责海岸带综合管理示范项目的管理、协调和工作计划的执行，监督各子项目的实施；指导、协助“厦门海岸带可持续发展国际培训中心”开展工作；承担PNLG（东亚海岸带可持续发展地方网络）厦门秘书处工作；负责与国家海洋局、PEMSEA（东亚海域环境管理区域项目组织）的联络与协调工作；组织与国际、国内沿海城市在海洋综合管理领域的交流与合作。
（八）厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区管理委员会办公室
负责厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区的管理工作；宣传贯彻国家有关自然保护区的法律法规、规章和方针政策；拟订厦门珍稀海洋物种自然保护区的总体建设规划并组织实施；监督检查各海洋类自然保护区管理机构履行各自职责；拟订和组织实施开发利用保护区资源优势的措施，提高其社会和经济效益。
（九）人事处
承办局党组的日常工作；协助局党组管理局机关和直属单位领导班子及干部队伍建设；负责局机关和直属单位的机构编制、人事、劳动工资的管理工作；负责出国（境）人员政审工作；负责局机关思想教育和政治学习、安全保卫、综合治理、计划生育及民兵预备役、海上交通战备工作；负责局机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
机关党委
负责局机关和直属单位的党群工作。
海洋渔业局的职能
中山市食品行业协会
中山市家具商会
中山市机动车驾驶员协会
中山市民营科技企业协会
中山市电机工程学会
中山市证券业协会
中山市通信服务协会
中山市商业联合会
中山市自行车运动协会
中山市交通运输行业协会
中山市信鸽协会
中山市燃气协会
中山市私营企业协会
中山市法官协会
中山市水利学会
中山市地方税收研究会
中山市退（离）休教育工作者协会
中山市台商投资企业协会
中山市城镇供水协会
中山市建筑业协会
中山市农学会
中山市历届政协委员联谊会
中山市价格协会
中山市集邮协会
中山市常青舞蹈爱好者协会
中山市老战士联谊会
中山市残疾人体育协会
中山市人民代表大会制度研究会
中山市孙中山研究会
中山市供销合作经济学会
中山市花卉协会
中山市门球协会
中山市邮政通信服务协会
中山市邮政企业管理协会
中山市纺织服装行业协会
中山市兰花协会
中山市职业技术教育学会
中山市成人教育协会
中山市珠算协会
中山市财政学会
中山市教育学会
中山市风景园林协会
中山市个体劳动者协会
中山市农产品流通协会
中山市老年书画研究会
中山市柔道、跆拳道协会
中山市工人技师协会
中山市盆景艺术工作者协会
中山市土木建筑学会
中山市学生联合会
中山市劳动模范协会
中山市佛教协会
中山市房地产行业协会
中山市中山诗社
中山市注册会计师协会
中山市青年志愿者协会（中山市义务工作者联合会）
中山市翻译工作者协会
中山市青年摄影家协会
中山市游泳协会
中山市会计学会
中山市乒乓球协会
中山市医学会
中山市广播电视学会
中山市外商投资企业协会
中山市律师协会
中山市太极拳协会
中山市对外经济贸易会计学会
中山市青年书法家协会
中山市饮食业商会
中山市体操技巧协会
中山市黄圃食品腊味商会
中山市烟洲学校校友会
中山电力企业管理协会
中山市新闻工作者协会
中山市女领导干部联谊会
中山市中医药学会
中山市青年企业家协会
中山市武术协会
中山市法医学会
中山市电信企业管理协会
中山市医院管理学会
中山市控制吸烟协会
中山市农村卫生协会
中山市卫生经济学会
中山市药学会
中山市钓鱼协会
中山市保龄球协会
中山市羽毛球协会
中山市女企业家协会
中山市职工思想政治工作和企业文化研究会
中山市护理学会
中山市田径协会
中山市乐力音乐协会
中山市足球协会
中山市纪念中学校友会
中山市质量技术协会
中山市第一中学校友会
中山市检察官协会
中山市篮球协会
中山市税务学会
中山市机械学会
中山市知识产权研究会
中山市计算机学会
中山市老年人体育协会
中山市体育总会
中山市基督教三自爱国会
中山市基督教教务委员会
中山市电脑业商会
中山海外联谊会
中山市书法家协会
中山市机动车维修与驾驶员培训行业协会
中山市收藏协会
中山市曲艺家协会
中山市美术家协会
中山市舞蹈家协会
中山市作家协会
中山市音乐家协会
中山市民间艺术家协会
中山市外语和世界语协会
中山市戏剧家协会
中山市华侨历史学会
中山市摄影家协会
中山市东江纵队战友联谊会
中山市东凤镇电子工业发展协会
中山市测绘学会
中山市数学会
中山市城区三轮车劳动者协会
中山市古陶瓷研究会
中山市印刷包装行业协会
中山市照明电器行业协会
中山市旅游协会
中山市档案学会
中山市妇女儿童福利会
中山市信息产业协会
中山市石油行业协会
中山市钱币学会
中山市广告协会
中山市全球通助学协会
中山市预防医学会
中山市环境科学学会
中山市科技工作者协会
中山市统计学会
中山市对外文化交流协会
中山市医师协会
中山市渔业协会
中山市医药行业协会
中山市老年自然医学研究会
中山市工程勘察设计协会
中山市劳动保障学会
中山市杰出青年协会
中山市社会福利协会
中山市电力行业协会
中山市天主教爱国会
中山市青年科技工作者协会
中山市林学会
中山市美容美发行业协会
中山市软科学研究会
中山市粮食行业协会
中山市化工学会
中山市小榄菊花文化促进会
中山市小榄锁业协会
中山市民众镇香蕉协会
中山市神湾镇菠萝协会
中山市神湾镇禾虫协会
中山市横栏镇三沙花卉协会
中山市内部审计协会
中山市安全主任协会
中山市图书馆学会
中山市气象学会
中山市南头镇园林盆景协会
中山市侨资企业商会
中山市青少年民乐爱好者协会
中山市物流协会
中山市再生资源回收协会
中山市出版物发行业协会
中山市横栏镇水产养殖协会
中山市对外经济贸易企业协会
中山市音像制品分销业协会
中山市保险行业协会
中山市城市规划协会
中山市知识界人士联谊会
中山市商标协会
中山市市政行业协会
中山市东区老年人协会
中山市神湾镇老年人协会
中山市火炬开发区老年人协会
中山市高尔夫球协会
中山市海外青年联谊会
中山市登山运动协会
中山市拍卖典当行业协会
中山市坦洲镇老年人协会
中山市古镇镇老年人协会
中山市汽车流通协会
中山市沙溪镇老年人协会
中山市南区老年人协会
中山市三角镇老年人协会
中山市棋类与桥牌协会
中山市黄圃镇老年人协会
中山市酒类行业协会
中山市民众镇老年人协会
中山市港口镇老年人协会
中山市东升镇白鲤养殖协会
中山市民族团结进步促进会
中山市横栏镇老年人协会
中山市工商行政管理学会
中山市东升镇花卉协会
中山市香山文化研究会
中山市大涌镇老年人协会
中山市东凤镇老年人协会
中山市阜沙镇老年人协会
中山市小榄镇商会
中山市板芙镇种养及流通协会
中山市电讯销售商会
中山市体育舞蹈运动协会
中山市板芙镇老年人协会
中山市南头镇老年人协会
中山市东升镇脆肉鲩养殖流通与加工协会
中山市海外交流协会
中山市总商会
中山市大涌镇商会
中山市淋浴房行业协会
中山市报刊学会
中山市小榄镇慈善会
中山市慈善总会
中山市南区商会
中山市三乡镇老年人协会
中山火炬高技术产业开发区商会
中山市三角镇生鱼养殖协会
中山市民众镇商会
中山市阜沙镇商会
中山市石岐商会
中山市厨具行业商会
中山市无线电运动协会
中山市木地板行业协会
中山市食品学会
中山市黄圃镇水产养殖流通与加工协会
中山市游戏游艺行业协会
中山市西区商会
中山市东区商会
中山市企业共青团工作研究会
中山市网吧协会
中山市五桂山商会
中山市医疗器械行业协会
中山市南头镇商会
中山市三角镇商会
中山市横栏镇商会
中山市东升镇商会
中山市板芙镇商会
中山市三乡镇商会
中山市诗歌学会
中山市东升镇老年人协会
中山市现代服务业协会
中山市东区乒乓球协会
中山市神湾镇商会
中山市杂货业商会
中山市东凤镇商会
中山市平面设计协会
中山市南朗镇商会
中山市小榄镇乒乓球协会
中山市东升办公家具行业协会
中山市阜沙镇农民外出种养殖协会
中山市三乡古典家具行业协会
中山市古镇镇商会
中山市少先队工作学会
中山市司法鉴定协会
中山市南朗镇老年人协会
中山市沙溪服装商会
中山市留学回国人员联谊会
中山市检验检疫科学学会
中山市港口镇商会
中山市儿童健康促进会
中山市沙溪镇乒乓球协会
中山市坦洲镇商会
中山市健美健身协会
中山市古镇镇盆景协会
中山市南头镇种养协会
中山市家用电器行业协会
中山市龙狮运动协会
中山市网球协会
中山市黄圃镇商会
中山市环境保护产业协会
中山市化妆品行业协会
中山市文艺批评家协会
中山市十杰市民联谊会
中山市航海技术协会
中山市小榄镇老年人协会
中山市银行业协会
中山市观赏石研究会
中山市南头镇乒乓球协会
中山市沙溪镇商会
中山市台球协会
中山市古镇镇花卉苗木协会
（一）贯彻执行国家和省有关海洋与渔业的法律法规和方针政策，研究提出我市海洋与渔业发展的战略和相关政策，拟订并组织实施海洋与渔业管理的地方性法规、规章，组织实施国家和省海洋技术、渔业资源管理技术标准和渔业行业各类产品、质量标准规程、规范和办法。
（二）组织拟订海洋功能区划、海域与海岛开发利用规划、海洋与渔业发展总体规划并监督实施；指导各部门、行业的海洋利用开发活动；负责对海洋事务的综合管理和协调。
（三）负责海域使用的综合管理；监督管理国家授权的海域及海岸带使用；组织实施海域权属登记、海域论证、海域评估和海域界线勘定及管理，审批和管理海底电缆、管道铺设；组织实施海域有偿使用制度。
（四）承担无居民海岛保护和合法使用的责任，负责无居民海岛的使用管理。
（五）监督管理海洋与渔业行政执法工作；负责并牵头处理重大海洋与渔业权益纠纷，处理涉外渔事案件；负责海上联合执法的综合协调。
（六）承担海洋环境和渔业水域生态环境保护的责任；按照国家和省法律、法规要求，组织制定海洋环境保护与整治规划，拟订并执行污染物排海标准和总量控制制度，负责海洋环境保护的监督管理，监督管理海洋生态保护和海洋污染防治；负责防止海洋石油勘探开发和海洋工程项目、海洋倾倒废弃物对海洋污染损害的环境保护工作；监督陆源污染物排海、生物多样性和海洋生态环境保护。
（七）负责海洋环境观测预报与海洋、渔业防灾减灾工作；指导海洋自然灾害的生态环境影响评估工作；负责全市海洋与渔业突发事件应急指挥、处置、救援等工作的综合协调和监督管理。
（八）负责渔业管理工作。负责渔业产业结构和布局的调整以及产业规划。监督管理渔业许可证制度；依法承担水产品质量安全监督管理工作；指导水产品加工与流通，参与品牌培育和市场体系建设；承担渔港和渔船管理工作；监督管理渔业船舶检验和船用产品检验工作；依法在职责范围内对安全生产工作实施监督管理；组织水生动植物病害防控工作；组织实施渔业防灾减灾与抢险救助工作；监督管理减轻渔民负担工作。
（九）负责海洋与渔业的科技管理工作。组织拟订海洋与渔业科技发展规划，组织重大科技攻关项目和高新技术产业化研究以及海洋基础与综合调查，实施“科技兴海”、“科教兴渔”战略。
（十）负责海洋产业的推动工作。拟订海洋经济发展规划，承担海洋经济运行监测、评估及信息发布的责任；会同有关部门提出优化海洋经济结构、调整产业布局的建议；负责对全市海洋与渔业社团组织的业务指导和协调。
（十一）负责海洋与渔业外经外事和对外国际合作；负责有关海洋与渔业对外对台经济、技术交流与合作；监督执行国际海洋、渔业公约和双边、多边协定；监督管理涉外海洋科学调查研究活动；负责海岸带综合管理示范项目的管理、协调和工作计划的执行，监督各子项目的实施。
（十二）负责本市珍稀海洋物种国家级自然保护区的管理工作；制定本市珍稀海洋物种自然保护区的总体建设规划并组织实施；监督各海洋类自然保护区管理机构履行各自职责。
（十三）承办市委、市政府交办的其他事项。
