漫画版
（箭头后对应TV版集数，带◆表示未改编为动画）
Vol.1
File.1（总File.1）现代的福尔摩斯 → TV 1 云霄飞车杀人事件
Vol.2
File.7（总File.16）恶魔般的主使者 → TV 128 黑衣组织10亿日元抢劫事件（仅最后部分与漫画对应）
Vol.4
File.4（总File.33）黑色公事包之谜
File.5（总File.34）特色车厢上的4个人
File.6（总File.35）倒数10秒钟 → TV 5将这Gin和Vodka换成他人，故无对应Vol.19
File.1（总File.181）为什么？ → TV 129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件
Vol.24
File.7（总File.238）背叛的街角
File.8（总File.239）漆黑的丧葬行列
File.9（总File.240）不告而别
File.10（总File.241）来自过去的子弹
File.11（总File.242）白色世界 → TV 176~178 与黑衣组织的再会
Vol.29
File.3（总File.287）看不见的恐怖 → TV 230 神秘的乘客（前篇）
Vol.38
File.1（总File.383）新式武器！ → TV 309~311 与黑衣组织的接触（决死篇）
File.42
File.5（总File.429）满月之夜和黑色宴会陷阱
File.10（总File.434）腐烂的苹果 → TV 345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
Vol.48
File.10（总File.499）恐怖的敲门声（与基尔通电话）
File.11（总File.500）新黑衣成员
Vol.49
File.1（总File.501）追踪目标！
File.2（总File.502）新的指令
File.3（总File.503）黑衣组织 VS FBI ①
File.4（总File.504）黑衣组织 VS FBI ② → TV 425 黑色冲击！被组织的魔爪触碰的瞬间
Vol.53
File.10（总File.553）不可思议的打工 → TV 464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
Vol.54
File.2（总File.555）做梦的星星 → TV 465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
Vol.58
File.2（总File.599）赤井的过去 → TV 497 红与黑的碰撞 觉醒
File.5（总File.602）最终手段
File.6（总File.603）任务 → TV 499 红与黑的碰撞 伪装
File.8（总File.605）意外的嫌疑人 → TV 500 红与黑的碰撞 遗言
File.9（总File.606）黑色星期五 → TV 501 红与黑的碰撞 嫌疑
File.10（总File.607）卡迈尔的过去 → TV 502 红与黑的碰撞 洁白
File.11（总File.608）魔法的咒语
Vol.59
File.1（总File.609）钢楔 → TV 504 红与黑的碰撞 殉职
Vol.67
File.4（总File.700）危险的区域
File.5（总File.701）红色和13的暗示 → TV 579 黑色13的暗示
File.6（总File.702）炸弹犯的目的
File.7（总File.703）暴风雪中的真相 → TV 580 逼近的黑之时限
File.8（总File.704）安静的战争 → TV 581 摇曳的红色目标
Vol.78
File.1（总File.818）神秘列车（启程）
File.3（总File.820）神秘列车（一等）
File.7（总File.824）神秘列车（终点）→ TV 701~704 漆黑的特快列车
Vol.85
File.2（总File.895） 绯色的讯问（回忆）→TV 781 绯色的交错
001 云霄飞车杀人事件
013 奇怪的寻人事件
054 电玩公司杀人事件
118 浪花连续杀人事件
128 黑暗组织10亿抢劫事件
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会(灰原篇)
177 与黑暗组织的再会(柯南篇)
178 与黑暗组织的再会(解决篇)
230 谜一样的乘客(前篇)
231 谜一样的乘客(后篇)
274 幽灵屋的真相(前篇)
286 工藤新一纽约事件(事件篇)
287 工藤新一纽约事件(推理篇)
288 工藤新一纽约事件(解决篇)
289 迷惘森林中的光彦(前篇)
290 迷惘森林中的光彦(后篇)
307 无声的证据（前篇）
308 无声的证据（后篇）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）
339 四辆保时捷(后篇)
340 厕所里隐藏的秘密(前篇)
341 厕所里隐藏的秘密(后篇)
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
579 黑与13的暗示
580 逼近黑色时刻
581 红色的摇摆目标
tv版
VOL.1 FILE.1-9现代的福尔摩斯 | 变成小孩子的神探 | 失去声援的大侦探 | 第六根烟囱 | 另一位歹徒 倒霉侦探变成神探 | 沾血的青春偶像 | 和你相像的人 | 不幸的误会
VOL.2 FILE.10-19好赚的跟踪 | 完美的不在场证明 | 照片会说话 | 行踪不明的男子 | 可怜的少女 追踪高大的男人 | 恶魔一样的主谋 | 恐怖的鬼屋 | 失踪的孩子们 | 地下密室的恶梦
FILE.595 乌鸦之歌
FILE.596 第二条线
FILE.597 假患者
FILE.598 跟踪，然后……
FILE.599 赤井的过去
FILE.600 孤注一掷
FILE.601 伪装
FILE.602 最终手段
FILE.603 任务
FILE.604 姐弟
FILE.605 意外的嫌疑人
FILE.606 13日又是星期五
FILE.607 卡迈尔的过去
FILE.701 红色与13的暗示
FILE.702 炸弹犯的目标
FILE.703 暴风雪中的真相
