发动机号跟行驶证不一样应当申请变更登记。
一、已注册登记的机动车有下列情形之一的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请变更登记：（一）改变车身颜色的；（二）更换发动机的；（三）更换车身或者车架的；（四）因质量问题更换整车的；（五）营运机动车改为非营运机动车或者非营运机动车改为营运机动车等使用性质改变的；（六）机动车所有人的住所迁出或者迁入车辆管理所管辖区域的。
二、申请变更登记的，机动车所有人应当填写申请表，交验机动车，并提交以下证明、凭证：（一）机动车所有人的身份证明；（二）机动车登记证书；（三）机动车行驶证；（四）属于更换发动机、车身或者车架的
这样是过不了以后年检的。需到车管所办理变更手续。
办理发动机变更手续所需要材料：
车主身份证原件及复印件
非京籍车主，还需要携带暂住证原件及复印件
车辆行驶证
机动车登记证书原件及复印件
车辆发动机更换的证明文件，如果是进口发动机，还需要发动机进口关单发动机号码拓印件，如果没有，部分车型可以直接在现场拓印。
