决斗学校入学，输入名字等信息，并且自动和十代、翔对话
正式开始了校园的生活。每天的行程就是早上先去上课然后自由活动，周末休息。第一天在上学的路上会遇到多美婶需要帮忙的剧情。平时活动就是跟同学们决斗打好关系，开
始只能跟红、黄宿舍的学生决斗
战胜黄宿舍的大原、小原两兄弟后，第二天上课后教授会告知晚上有兰宿舍的学生被神秘人袭击抢走罕有卡，叫我们调查。到了晚上到岛东部的岸边发现蓝宿舍的学生说看到传闻中的巨人，于是乎到岛南部便发现犯人，进行决斗。
解决事情后便可以跟蓝宿舍的2个学生取卷和暮谷决斗。分别战胜他们3次左右便会发生剧情，他们跟他们老大万丈目说了打不过我的事情，万丈目于是乎发起挑战。
击败万丈目后便可以和明日香身边的2个女生枕田和滨口决斗。分别战胜他们3次左右同样她们搬出了他们大姐明日香，明日香晚上email过来邀请决斗。
晚上在灯塔会发现凯撒和明日香，不过凯撒没有搭理。
到了lv4左右晚上十代会来挑战。
当到了lv6左右，晚上睡觉后会提示听到精灵的声音，到岛北部的枯井能发现3个精灵的其中一个（随机），3个精灵的特殊能力不一样。电子眼是增加试验问题的限制时间，豆豆是提高决斗者给你他卡组列表的几率，炸弹是提........陆的几率。
注1：跟决斗者决斗后可以在PDA看到决斗者的资料，胜负和的局数。当决斗次数多了后会跟你登陆好友，这样便能通过PDA直接找到该人，同时地图上面遇到好友也会显示头像。登陆好友后好感度再提升便会给你卡组列表，好感度再提高会给你罕有卡。
注2：得到精灵后便会得到该精灵的卡片。在决斗中召唤精灵出场过后，胜利后便会和玩家一样得到经验值。lv最多3级，lv越高精灵的效果越强。
之后上课克诺罗斯教授便会告诉你有试验决斗。准备好后便去学校的公式决斗场。对手是万丈目。
击败万丈目后去黄宿舍能遇到三泽，传说中入学考试排名第一的尖子学生。接受三泽的挑战。
击败三泽后去蓝宿舍能遇到早乙女礼，她当然逃跑的，追去岛北部然后决斗。
然则之后三泽又来挑战了，用他研究出来的第七个卡组。
在岛西部的森林能遇到隼人在烦恼。
lv10左右晚上会被告知校园怪谈，去岛北部的幽灵屋。
因为不听话擅自去幽灵屋而被处罚，要和传说中曾经让决斗王不好过的、卡片王者阿帕曾经的杀手迷宫兄弟决斗。
之后在岛东部会再遇到烦恼的隼人。
帮隼人解决烦恼后会发生万丈目逆袭的剧情，再战万丈目。战完万丈目后去灯塔能遇到明日香，明日香告诉你万丈目已经失踪了。
忙完万丈目的事情后，晚上会被告知出现精灵杀人的事件，红宿舍附近会出现发电厂建筑物，在里面遇到人造人精灵企图杀人的事件
接着会出现大量学生可供决斗。
lv12左右能遇到神乐板，战胜一次后会出现剑山挑战的事件（哪门子跟哪门子阿，剑山这个时候出来）
学院展出决斗王武藤游戏的卡组，发现被盗，追去岛南部发现神乐板，挑战神乐板的武藤游戏卡组。
剑山会再次发出挑战，卡组当然是强化过的。
lv13便会触发学院代表的选拔赛事件。需要跟十代、三泽决斗。决斗完后过几天在红宿舍附近要和剑山再决斗一次。
lv15便会触发学院代表战，来之北校的代表是……一十百千万－－万丈目散打！！
校园决斗后便是seven star编。
校长叫你去训话，告诉你七精门之键的重要性。（校长训话其实暗示七星来了，按照动画的顺序出现）
岛西部先遇到被洗脑的吹雪、DARKNESS
岛南部湖边遇到约翰，不对，是卡米拉。
岛东部的竞技场是阿马逊女。
岛西部遇到首领。
在灯台跟明日香凯撒聊天后发现法老。
决斗后到了医务室发生剧情追去岛北部幽灵屋再战泰坦。
lv18校长才跟你说“第七人之影”。再去幽灵屋发现大德寺老师。
之后在岛东部湖边发生万丈目跟吹雪学追求明日香的事件。。。。
突然在岛东部发现迷之建筑物出现，发现影丸老头，VS七星事件幕后主脑影丸（三幻魔分拆成3个卡组，必须让幻魔召唤出来再打败影丸才算击败他）
解决七星和影丸的事情后，迈向第二学期
临近毕业，隼人的才能得到肯定，被I2邀请，跟阿帕离开了校园。
凯撒在白天会探访你，邀请进行模范毕业生的毕业决斗。
在隼人投身I2社、凯撒参加职业联赛后，一年级的生活结束了。二年级的生活开了。校长会进行讲话。
新学期开始，迷之转校生爱德会前来挑战。
爱德之战后，在红宿舍附近会发现剑山也来到了决斗学校
之后放学在校舍前得知凯撒在职业联赛被爱德击败的消息，回到红宿舍后十代前来说翔很烦恼、一起去开解，在岛东部发现翔。
定期船到临的日子，隼人会前来拜访，顺便说点关于凯撒的事情。
放学后听闻凯撒来了决斗学校，万丈目的跟班也说万丈目前去挑战了，在红宿舍附近发生剧情。
听闻吹雪要去劝解地狱凯撒，前去岛东部找吹雪。
过了一段日子，放学后学校公布会举行校园决斗。全校学生甚至职业选手都会参加。
晚上睡不着觉，出门遇见翔，之后去火山口挑战地狱凯撒。
大会优胜战开始，首战爱德，然后最终决战十代（通关）
通关后能继续进行游戏
