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在纷乱嘈杂的现代化城市——东京，蔓延着一种吞食人类的怪物，人们称之为喰种。他们外表与人几乎没有差异，但却只以人类为食，是人类的天敌。那一日，金木研——上井大学的一名普通学生——遇上了某位神秘女子神代利世**（实为喰种），进而卷入了一场精心策划的事故。自此，被改造为半人半喰种，一度感到孤独无助的他却被“古董”（动画版译作“安定区”）咖啡店的喰种收留，但好景不长，喰种组织“青铜树”很快找到了他并被带走承受酷刑，最终明白“软弱即是罪恶”，并决意变强，从此走上了另一条路。
网上传言说本季经费有限且动画删减太多，剧情也非常的赶，许多细节没有描绘出来，让许多喰种剧迷们心凉了。动画播到现在已经快到尾声此时金木中了旧多的诡计变异成了怪物，"龙"的出现导致城市破坏，到处肆虐。但最为担忧的实属金木的老婆董香了，看着金木变异成这样子看背影就知道很是凄凉....
另外让金木变为独眼喰种的主谋嘉纳（嘉纳是给金木移植内脏的医生）也自杀死了，他的研究资料由助手西野贵未（西尾锦的女朋友）接手，西野成为嘉纳的助手研究喰种真实目的是为了拯救喰种，并想治好西尾锦和他在一起生活。（PS：西野和西尾锦这才是真爱啊，这狗粮我先干为敬了）
但是另一边黑山羊组织们群龙无首也开始在骚乱，但好在有董香为首的朋友们一直支持金木，感恩金木所做的一切一直还想他的本体回来，其中月山习这变态还想着吃金木的肉，更想着吃金木孩子的肉（当然只是敢想不敢作为，哈哈）。重点来了：好基友英良暗中一直在寻找能帮助"王"金木的人，并且在和亚门，真户晓他们交谈的时候直言对金木的友谊至深，真是基情四射。
后嘉纳助手西野贵未提出要找到"龙"的本体并且分离出来，才能进一步阻止"龙"的进食进而停止继续长大，当然去找本体很困难，如果直接破坏怪物的体表会触发它的攻击性，反而更加麻烦。接下来英良带领亚门他们和黑山羊组织去和CCG交涉请愿谈合作，说出那个怪物的本体是金木研，还说单靠人类去寻找是有限的，还需要更强的力量才行。而CCG这边的丸手斋一听要和喰种合作就一脸懵逼了，也才知道那怪物是金木研变异产生并且是因新局长旧多的阴谋诡计导致的。
一开始双方都是敌人现在合作肯定很难，并且CCG搜查官宇井郡坚持要驱除来请愿合作的喰种们与他们势不两立，但被亚门反驳并且成功洗脑："搜查官是为了和平而战就算是和喰种联手也是为了和平而战"。亚门说完QS班的才子首先举手赞成合作心里一直想着要救"妈妈"，其他人还在犹豫时铃屋什造出现了，丸手斋问玲屋如何抉择，玲屋本来就对金木有好感当然同意了，毕竟人多力量大找出本体才重要。同时丸手斋也欣慰发声：CCG接受这次合作！好基友英良这次功不可没啊....
夜晚怪物也在睡觉，而董香却在守着它。董香在与英良聊起和金木的感情往事中突然想到祖传的戒子在金木哪里，于是说可以通过金属探测找到金木本体。大家一拍即合，赶紧行动起来，但是在喰种们在怪物身体上进行探测过程中惊扰了这怪物，怪物惊醒了并开始吐泡泡攻击了，此泡泡不简单落地成异形，瞬间攻击各方人员。接下来喰种和QS班则无奈继续寻找，而CCG们开启对战"异形"模式。
本集尾有个小插曲六月透心理受到旧多言语刺激自责加深并且攻击瓜江，才子他们，表明不想活了。后在瓜江他们的感化下放下过去留下悔恨之泪，瓜江这小生也长大了并且自信表示：我也变得比原来更有用一点了吧在金木变异成为"龙"的形态后，金木的内心世界中再度和神代利世相逢，且利世又开始给金木谈炎凉百态人生了，利世真是有毒尽说风凉话。
还和金木谈及是否憎恨对方，金木则回答："我认为不管是悲伤还是生不如死的经历，所有的不幸都是见识世间百态与邂逅形形色色之人所必须积累的，因为有着让我庆幸与之相遇的人，和需要我的人存在。所以我现在依旧对你（利世）没有憎恨.......原来我一直都很幸福！嘿，瞬间脑袋开窍觉悟到自己不管做了什么，都要学会负重前行。
画面一转董香已经用金属探测器找到金木，终见金木后潸然泪下，两口子经历了太多磨难了真让人心疼啊，然后金木被送到西野那边就医观察，理论上金木是活着的言下之意是否醒来就看个人造化了。（典型的影视剧台词啊）显然主角光环不能白带，在董香昼夜陪同下金木终于醒来，然后相拥喜极而泣。个人觉得此处动画中那个跌倒的凳子是点睛之笔，董香见金木醒来坐起激动起身拥抱金木导致凳子倒下，重点描写出了董香对金木的感情至深至切。
金木身体恢复不久就要求带去外面看看是什么情况，瓜江和才子主动带他出去散散步，没想到见到了喰种在进食，后看清此人才发现她是20区的人类，究竟发生了什么导致人类也变异了？突然墙上看到旧多在开直播，咳咳不对，其实是录像。发现原来是怪物"龙"的赫子分身是含有喰种病毒的，被CCG击杀后散发出来的毒气被人类吸收导致身体变异了。
后来这些赫子分身袭击了三人，而才子不幸中毒，瓜江也拼命保护才子和刚痊愈的金木。然而金木的保护欲望更强，不想再让同伴受苦受累了，又突然开挂瞬间秒杀了这群分身怪....我们的主角金木似乎又解锁了新技能招式，赫子如同"天使"翅膀一样炫酷。此高阶状态想必大家都很急切想看金木与旧多的决战了。最后好基友金木和英良终于相聚相见，金木求见被自己伤害的英良的脸（此处画面胆小跳过），并且下定决心借由大家的帮助要干一场大事业了。
