主要区别有，车站地址不同、车站规模不同、主要线路不同，具体如下：
一、车站地址不同
1、上海站
位于上海市静安区秣陵路303号。
2、上海南站
位于上海市徐汇区沪闵路289号。
3、上海虹桥站
上海市闵行区申贵路1500号。
二、车站规模不同
1、上海站
建筑面积：97000平方米（截至2010年5月），站台规模：7台15线（截至2010年5月）。
2、上海南站
建筑面积：5万多平方米（截至2006年7月），站台规模：6台13线（截至2006年7月）。
3、上海虹桥站
建筑面积：约44万平方米（截至2010年6月），站台规模：16站台30股道（截至2010年6月）。
三、主要线路不同
1、上海站
主要线路：京沪铁路、沪昆铁路、沪宁城际铁路。
2、上海南站
主要线路：沪杭铁路、京沪铁路、金山铁路。
3、上海虹桥站
主要线路：京沪高速铁路、沪汉蓉高速铁路、沪杭甬客运专线、沪昆高速铁路 。
-上海站
-上海南站
-上海虹桥站
