在正常情况下，好氧发酵往往是自然空气的交换，而工业好氧发酵的发酵过程中，不断用空气压缩机向发酵罐中通入适量的经过几个滤芯过滤的无菌空气，通气比通常为1vvm，以合适的转速进行搅拌发酵。此外，还需要设定和校正或控制PH、DO、转速、温度、发酵持续时间等。常见的好氧发酵有黄单胞菌多糖发酵、黑曲霉柠檬酸发酵、各种放线菌产生的纤维素酶和抗生素、棒状杆菌谷氨酸发酵、荧光假单胞菌生防发酵、家庭霉变豆腐发酵、泡菜发酵、面包发酵等。
2厌氧发酵在发酵过程中不需要空气，甚至会引入其他惰性气体来排除空气。如乳酸菌的乳酸发酵和家用酸奶发酵，啤酒发酵，
