北京南站进站口在地上二层的东西两侧。
北京南站共有5层，依次为：高架候车厅、站台轨道层、换乘大厅、地铁4号线和地铁14号线站台。地上2层，地下3层，站台位于地面层。高架候车层在地上二层，中央为独立的候车室，四个角设有售票办公楼，东西两侧是进站大厅，自北向南依次为各候车区。
它可容纳1.05万人同时候车。车站共设置了84台窗口售票机和39台自动售票机。检票进站全部由自动验票系统控制。
北京南站的主站房以天坛鸟瞰效果为基本形状，整个建筑外形呈扇贝状，其最高点标高40米。
地面层为铁路站台层，共设13个站台，24股道，地下一层为整个车站的换乘空间，面积119940平方米，在这一层，旅客可以自由选择地铁、公交、社会车辆出站。地下二层为地铁4号线。地下三层为地铁14号线。
北京南站地铁是几号线
如果要在北京南站9号检票口坐地铁，应当在地铁4号线双井站下车。在双井站出站后，沿左侧向北行走约700米即可抵达北京南站。此外，也可以在地铁14号线大望路站转乘地铁4号线前往北京南站，出站后沿右侧向南行走约500米即可抵达南站。在坐地铁前，应当提前规划好换乘方案以及行程时间，避免误点或者迟到。
北京南站有两条地铁线路经过，分别是地铁4号线（安河桥北—天宫院）和地铁14号线（北京南站—善各庄）
北京地铁(Beijing Subway)是服务于中国北京市的城市轨道交通系统。其规划始于1953年，工程始建于1965年，最早的路线竣工于1969年，1971年开始运营，是中国的第一个地铁系统 。
截至2015年12月，北京地铁共有18条运营线路(包括17条地铁线路和1条机场轨道)，组成覆盖北京市11个市辖区，拥有334座运营车站(转车站重复计算，不重复计算转车站则为278座车站)、总长554千米运营线路的轨道交通系统。
2016年4月29日，北京地铁创下单日客运量最高值，达到1303.86万人次。2017年8月14日起，北京市民“刷手机”就可乘坐地铁。12月30日，北京市又有三条地铁新线开通试运营。三条地铁新线为北京首条磁悬浮地铁s1线、国内首条全自动运行地铁燕房线和现代有轨电车西郊线。2018年5月实现刷二维码乘车。
