多芒寺初建于清朝乾隆年间，据《大乐洲传》及《多芒寺志》记载，当年慈诚多杰大师显现神变，帮助清朝战胜了边境的甲绒国后，受到了乾隆皇帝的礼遇，受封为国师，并赐予了玉玺及各类礼物。慈诚多杰大师回到藏地后，准备择地建寺，高树显密法幢。当他行至此地，见到山清水秀之间，当时有一施主正在念诵《贤劫经》，大师观察天时地理都很吉祥，遂于此建寺，因《贤劫经》的异名是《多芒经》，便取寺名为“多芒”。
多芒寺在三十年代及文革中被毁两次，1980年，宗教政策落实后，寺主帝查活佛及德巴堪布、拉些堪布在法王如意宝晋美彭措前殷重发愿，使寺院逐步恢复到了现在的规模。
多芒寺的分寺有数十座之多，较有名的有炉霍的加拉寺，丹巴县的杨?寺，阿坝县的汶哥寺、年可寺、布则寺、色尔寺、觉达寺、?达寺，金川县的观音寺、更查尔寺、囊塘县的更查尔寺。分寺的修学与管理都遵循多芒寺的规矩，分寺的大德也多在多芒寺学法一段时间，其堪布位及红帽也由多芒寺授予。
从建寺到现在，多芒寺的大德中共成就了十三尊虹身，其中三位只剩下头发与指甲，如今有许多大德的传记传世，著名的有∶仁青华桑活佛，他一生止语，精进修学，成就了马头金刚本尊。民国时有青海的部落集结军队，欲行侵扰，军队将至寺院时，活佛稳住僧众，又从头上现出马头，马头一声长嘶，将敌军从马上震落于地，落荒逃跑；安则丸可喇嘛，他一生精进修持莲师愤怒金刚，数十年前有一藏绒魔王来扰乱多芒寺的僧众，活佛大显神变，身体变现成本尊莲师愤怒金刚，将整个寺庙笼罩在本尊的威猛火光之中，迅速降伏了魔王，保护了寺院与僧众。观音菩萨的化身，《大圆满陇钦心髓前行引导文》的著作者华智仁波切也在多芒寺修行了较长时间，当时华智仁波切看到寺院僧众生活清苦，修学精进，赞叹在末法时代，多芒寺是使释迦牟尼佛法真正住世的寺院，在此寺修行短暂时间也能获得很大的功德和加持。
