在选择新疆的阿拉尔市和图木舒克市时，可以从行程安排、交通方式和住宿三个方面进行考虑。
1. 行程安排：阿拉尔市和图木舒克市都有许多旅游景点，但阿拉尔市的行程安排更紧凑，可能更适合时间有限的游客。例如，在阿拉尔市，你可以在两天内参观交河故城、坎儿井、苏公塔等景点，而图木舒克市的行程安排则可能更宽松一些。
2. 交通方式：阿拉尔市和图木舒克市都有公路和航空运输，但图木舒克市距离库车机场更近，可能更容易到达。此外，虽然阿拉尔市没有铁路通达，但距离库车站仅有约60公里，也可以考虑前往库车站再前往图木舒克市。
3. 住宿：在阿拉尔市和图木舒克市都有许多酒店可供选择，但图木舒克市的酒店选择可能更多，包括安然四季酒店、汉庭酒店、速8酒店等。
总的来说，阿拉尔市和图木舒克市在行程安排、交通方式和住宿方面都有各自的特点，选择哪个城市更好取决于你的个人需求和偏好。
