环境在畜禽养殖生产中占有重要的地位，但影响环境的因素是复杂多变的，将各种环境因素均控制在各自的“适宜区”范围内，不仅技术上难度很大，在经济上也是不可行的。事实上，畜禽养殖生产既无必要也不应该盲目追求“适宜区”的最佳环境，把畜禽养成“温室花朵”并不利于生产。充分认识和利用畜禽的适应能力，给畜禽以适当的“锻炼”，在“代偿区”环境条件下，畜禽在应激初期（动员阶段）生产力和健康可能会受到一定程度的影响，但应激进入抵抗阶段获得适应后，畜禽也得到了锻炼，生产力和健康水平将恢复甚至有所提高。当然，这种锻炼应是渐进的，尽量避免和预防“障碍区”环境的强烈、长时间的应激，以防导致应激失败或获得的适应又重新丧失，使生产和健康遭受严重损失。
由此可见，对畜禽养殖环境的认识，既要注意到畜禽的适应能力是有限的，又要认识到畜禽有一定的适应能力，既要看到应激对畜禽生产不利的一面，又要认识到应激也能适应的一面，适当的应激可使畜禽得到一定的锻炼。因此，环境调控和管理必须注意创造适宜环境和给畜禽以适当锻炼的关系，这样才能既有利于畜禽生产性能的发挥，又节约环境工程投资和能耗。
1、粪便污染
目前畜禽养殖产生了大量粪便，畜禽粪便中含有大量氮、磷和有机污染物等。由于以往畜禽养殖场（户）环境意识差，畜禽粪便随意堆放，并随雨水进入水系。因此，畜禽粪便成为继工业污染、生活污水垃圾污染之后的第三大污染源，是造成农村环境污染的主要原因。
2、水质污染
畜禽养殖场排出的污水，严重污染地下水。高浓度的污水排入河中，造成水质不断恶化。污水对周边农民的生产生活带来极大影响，有些已对集中饮用水源地构成严重威胁。
3、大气污染
畜禽粪便经过发酵后会产生大量的氨氮、硫化氢、粪臭素、甲烷等有害气体，这些气体不但会破坏生态，而且还会直接影响人类健康。在畜禽养殖过程中，由于对粪便处置不当，相当部分养殖场周围紧靠公路、村庄，设置的粪场散发出非常难闻的气味，严重影响了周边居民的生产生活，老百姓苦不堪言，过往行人怨声载道，养殖户自己也深受其害。
畜禽粪便是规模养殖场重要的污染源，畜禽粪便处理的好坏，不仅关系到养殖场所的卫生，更重要的是由于大量蚊蝇孳生，病原体的扩散，往往导致疫病发生率上升。因此，畜禽粪便的处理是畜禽健康养殖十分重要的一环。
解决粪便的污染：
（1）是畜禽规模养殖场必须建有对畜禽粪便、废水和其他固体废弃物进行综合利用的化粪池沉淀池等设施，圈舍内设置有处理畜禽粪污、排污的通道和设施
。（2）要对养殖规模较小的养殖场，要结合新农村建设、实行“三改”有效解决畜禽粪便的污染。对于无“三改”条件的养殖户应有与养殖规模相适应的粪便堆积处，以便对畜禽粪便进行堆积发酵，以杀灭粪便中的细菌、病毒、寄生虫卵及其他病原体，以保持良好的卫生环境。
