1、天气不稳定，暴雨连连，水温变化幅度大，鱼苗转运下塘后易产生应激反应，尤其是早苗体质弱，更易染病。
2、高密度、高投入、高产量养殖模式，使环境污染越来越严重，个体间传染病机率增大。
3、为了预防鱼病，养殖户习惯性进行化学药物预防，乱用滥用杀虫和杀菌药（二氧化氯、三氯异氰脲酸等），破坏水体微生态平衡和鱼苗的免疫系统，导致鱼苗易发病，尤其是苗种场，使用二氧化氯等杀菌药几乎是家常便饭，经常杀得水质清淡，严重破坏了鱼苗的体表免疫屏障。
4、养殖户在鱼苗下塘前只注重降低水中有害化学物质的含量，而常常忽视水体中良好菌相的培育，鱼苗发病后，更只知用化学药物消毒，使水体微生态环境更加恶化，不知用生态方法防治。
应对罗非鱼苗死亡，不少养殖场和养殖户使用酵素菌技术，探索出了一些行之有效的防治措施，值得借鉴。
一、苗种场在做好健康育苗措施的基础上，使用酵素菌产品调水育朝苗。增城市水产行业协会会长黎潮胜的苗场使用酵素菌产品标苗，不影响鱼苗的雄性率，对比往年，标粗成活率提高了30%,朝苗生猛整齐。
二、苗场和鱼苗经销商指导养殖户使用酵素菌产品培水，规避了鱼苗烂身、烂尾的现象。
三、养殖户在做好常规清塘消毒的基础上，将水体pH值调至7.2-8.5后，使用酵素菌产品培水，然后放苗。
四、鱼苗出现轻度烂身时，调好水体pH在7.2-8.5之间，用复合酚或其它消毒药物消毒一次，五天后再使用酵素菌调水。海南文昌罗豆镇养殖户昌韦军去年4月标粗池7-8朝苗出现烂身烂尾，用常规消毒、杀虫、调水方法处理后没有好转，他改用酵素菌技术处理，三天后鱼苗恢复正常，坚持使用酵素菌后，再没有发生鱼苗烂身烂尾现象。据珠海平沙基地飞东渔药连锁店梁辉东介绍，2010年该基地使用酵素菌产品培水后，投苗鱼塘鱼苗平安、整齐。
寄生虫病是水产养殖动物的常见病害之一。草鱼养殖中常见的寄生虫有锚头骚、车轮虫、绦虫等，被寄生虫寄生之后，常常引起自身食欲下降、呼吸困难、出血，继而引发细菌性感染等，甚至导致死亡。在养殖过程中，应秉承“预防为主，防大于治”的思路，定期杀虫或驱虫，使用杀虫剂还是驱虫剂，要根据实际情况去分析。
草鱼锚头骚
1.预防阶段：寄生虫少的情况，定期用生石灰、硫酸铜、高锰酸钾等对池塘消毒，同时定期内服加泼洒天然植物类驱虫剂，能够有效防控常见寄生虫的增殖，尤其是寄生虫流行发病季节，可以适当提高频率。
2.治疗阶段：如果已经有寄生虫大规模爆发，调水的同时，配合温和的杀虫剂控制病情，待寄生虫数量下降、控制伤亡后。改用植物精油类驱虫剂，防止寄生虫反复即可。
综合思路为，能驱虫解决的就不要用杀虫剂，因为杀虫剂在杀灭寄生虫的同时，同样会损害鱼的肝肠，从而影响鱼体摄食和生长。污染水质，影响溶氧。会出现“杀敌一千，自损八百”的情况。即便治好，产生的耐药性以及毒副残留都是不可避免的问题。
